Công văn 5339/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc, tạo điều kiện thuận lợi cho doanh nghiệp và cơ quan thuế các cấp trong quá trình chuyển đổi, thực hiện các quy định mới về hóa đơn theo Nghị định 51/2010/NĐ-CP và Thông tư 153/2010/TT-BTC.

Nội dung trọng tâm và các hướng dẫn cốt lõi của Công văn 5339/TCT-CS:

1. Xử lý hóa đơn do Bộ Tài chính phát hành còn tồn đọng

• Doanh nghiệp, tổ chức kinh tế được tiếp tục sử dụng hóa đơn tự in, hóa đơn đặt in đã thông báo phát hành theo quy định cũ đến hết ngày 31/12/2010 nếu đáp ứng đủ điều kiện theo quy định chuyển tiếp.
• Đối với hóa đơn mua của cơ quan thuế, các đơn vị phải thực hiện kiểm kê, thanh quyết toán và báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn trước khi chuyển sang áp dụng hình thức hóa đơn mới từ ngày 01/01/2011.
• Cơ quan thuế các cấp có trách nhiệm thu hồi, hủy bỏ số lượng hóa đơn do Bộ Tài chính phát hành còn tồn kho tại cơ quan thuế và tại các doanh nghiệp không tiếp tục sử dụng.

2. Hướng dẫn về tạo, phát hành và sử dụng hóa đơn đặt in, tự in

• Doanh nghiệp thuộc đối tượng được tạo hóa đơn tự in phải đảm bảo các điều kiện về hệ thống máy móc, thiết bị, phần mềm bán hàng và phần mềm kế toán theo đúng quy định tại Thông tư 153/2010/TT-BTC.
• Quy trình thông báo phát hành hóa đơn phải được thực hiện nghiêm túc: Doanh nghiệp phải gửi Thông báo phát hành hóa đơn kèm theo hóa đơn mẫu đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất 05 ngày trước khi bắt đầu sử dụng.
• Quy định rõ trách nhiệm của tổ chức nhận in hóa đơn: Chỉ được in hóa đơn theo đúng hợp đồng, không được in trùng số, in lậu và phải thực hiện thanh lý hợp đồng in theo quy định của pháp luật.

3. Quản lý và sử dụng hóa đơn đối với hộ, cá nhân kinh doanh

• Hộ, cá nhân kinh doanh không thuộc đối tượng được tự in hoặc đặt in hóa đơn sẽ được cơ quan thuế cấp hóa đơn lẻ theo từng lần phát sinh doanh thu để sử dụng.
• Hướng dẫn chi tiết thủ tục mua hóa đơn lẻ tại cơ quan thuế, bao gồm đơn đề nghị cấp hóa đơn lẻ, tờ khai thuế và các chứng từ chứng minh giao dịch mua bán hàng hóa, dịch vụ thực tế.

4. Chế độ báo cáo và kiểm tra tình hình sử dụng hóa đơn

• Doanh nghiệp có trách nhiệm nộp Báo cáo tình hình sử dụng hóa đơn theo quý cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp chậm nhất là ngày 20 của tháng đầu quý tiếp theo.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra của cơ quan thuế nhằm phát hiện và xử lý nghiêm các hành vi vi phạm về hóa đơn như: sử dụng hóa đơn bất hợp pháp, lập hóa đơn khống, không lập hóa đơn khi bán hàng hóa, dịch vụ.

5. Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc hỗ trợ người nộp thuế

• Tổ chức các lớp tập huấn, tuyên truyền sâu rộng về nội dung của Nghị định 51/2010/NĐ-CP và Thông tư 153/2010/TT-BTC cho toàn thể cán bộ thuế và cộng đồng doanh nghiệp trên địa bàn.
• Thành lập các bộ phận hỗ trợ trực tiếp để giải đáp kịp thời các vướng mắc phát sinh của doanh nghiệp trong quá trình tạo, phát hành và sử dụng hóa đơn mới.

Tóm lại, Công văn 5339/TCT-CS đóng vai trò như một cẩm nang hướng dẫn thực thi chi tiết, giúp đồng bộ hóa quy trình quản lý hóa đơn trên toàn quốc, đảm bảo tính minh bạch và ngăn ngừa các hành vi gian lận thuế trong giai đoạn chuyển giao cơ chế quản lý hóa đơn cũ và mới.