Công văn 5021/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2019 là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án đầu tư. Văn bản này giải quyết các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong quá trình thực hiện hoàn thuế, đảm bảo áp dụng thống nhất quy định pháp luật.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới tại địa bàn cùng tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương hoặc khác tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương đang trong giai đoạn đầu tư thì được hoàn thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư.
• Doanh nghiệp phải thực hiện bù trừ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho dự án đầu tư với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (nếu có). Sau khi bù trừ, nếu số thuế GTGT lũy kế của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.

- Các trường hợp không được hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật. Các trường hợp chưa góp đủ vốn điều lệ tính đến thời điểm đề nghị hoàn thuế sẽ không được giải quyết hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư đó.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư. Cụ thể là chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành, nghề có điều kiện, giấy chứng nhận đủ điều kiện kinh doanh hoặc chưa có văn bản chấp thuận của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên theo dự án đầu tư.

- Hướng dẫn về kê khai và bù trừ thuế GTGT

• Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai thuế GTGT riêng đối với dự án đầu tư (sử dụng Mẫu số 02/GTGT) và thực hiện bù trừ với tờ khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện (Mẫu số 01/GTGT).
• Việc bù trừ thuế phải được thực hiện nghiêm túc và chính xác trước khi xác định số thuế GTGT đủ điều kiện đề nghị hoàn. Chỉ phần thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư sau khi bù trừ đạt từ 300 triệu đồng trở lên mới được xem xét hoàn thuế.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế và người nộp thuế

• Người nộp thuế có trách nhiệm tự kê khai, tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, trung thực của hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT, đặc biệt là các điều kiện về vốn điều lệ và giấy phép con đối với ngành nghề kinh doanh có điều kiện.
• Cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm thanh tra, kiểm tra và đối chiếu thực tế hồ sơ của doanh nghiệp để đảm bảo việc hoàn thuế đúng đối tượng, đúng chế độ, tránh thất thoát ngân sách nhà nước.