Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1554/CT-KTT ngày 02/8/2016, công văn số 1271/CT-KTT ngày 17/6/2016 của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp và công văn số 401/CT-TTRT ngày 28/4/2016 của Cục Thuế tỉnh Tiền Giang về việc khấu trừ thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 1, điểm a khoản 9 Điều 1 Thông tư số 26/2015/TT-BTC ngày 27/02/2015 của Bộ Tài chính (sửa đổi khoản 1 Điều 4 và khoản 2 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC) hướng dẫn như sau:

"1. Sửa đổi khoản 1 Điều 4 như sau:

"1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu."

…

9. Sửa đổi, bổ sung Điều 14 như sau:

a) Sửa đổi khoản 2 Điều 14 như sau:

"2. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ (kể cả tài sản cố định) sử dụng đồng thời cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT thì chỉ được khấu trừ số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ dùng cho sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng thuế GTGT đầu vào được khấu trừ và không được khấu trừ; trường hợp không hạch toán riêng được thì thuế đầu vào được khấu trừ tính theo tỷ lệ (%) giữa doanh thu chịu thuế GTGT, doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT so với tổng doanh thu của hàng hóa, dịch vụ bán ra bao gồm cả doanh thu không phải kê khai, tính nộp thuế không hạch toán riêng được.

Cơ sở kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế và không chịu thuế GTGT hàng tháng/quý tạm phân bổ số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào được khấu trừ trong tháng/quý, cuối năm cơ sở kinh doanh thực hiện tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được khấu trừ của năm để kê khai điều chỉnh thuế GTGT đầu vào đã tạm phân bổ khấu trừ theo tháng/quý.""

Tại khoản 5 Điều 3 Thông tư số 119/2014/TT-BTC ngày 25/8/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn: "Điều 3. Sửa đổi, bổ sung Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế giá trị gia tăng và Nghị định số 209/2013/NĐ-CP ngày 18/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều Luật Thuế giá trị gia tăng như sau:

5. Bổ sung ví dụ số 58a tại khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC như sau:

"Ví dụ số 58a: Doanh nghiệp A đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu và nhà máy để sản xuất khép kín từ khâu nuôi trồng (bao gồm cả thuê gia công nuôi trồng mà doanh nghiệp A đầu tư toàn bộ giống, ao, hồ, hàng rào, hệ thống tưới tiêu tàu thuyền và nguyên, vật liệu đầu vào khác như thức ăn chăn nuôi, thuốc thú y dịch vụ thú y . . . ), đến khâu chế biến phi-lê cá tra đông lạnh để xuất khẩu và bán trong nước. Trong quá trình sản xuất doanh nghiệp A đã mua thêm cá tra của các doanh nghiệp khác hoặc của các hộ nông dân. Cá tra mua ngoài trước khi đưa vào nhà máy đều được tập trung nuôi tại ao hồ của doanh nghiệp A cùng cá tra do doanh nghiệp A tự nuôi. Cá tra do doanh nghiệp tự nuôi và cá tra mua ngoài được đưa vào nhà máy chế biến thành sản phẩm cá tra phi-lê (cá fillet) qua công đoạn và theo quy trình: Cá nguyên liệu - làm sạch - cắt đầu, lột da - bỏ nội tạng - cắt phi-lê - ướp muối - đông lạnh - xuất bán. Doanh nghiệp A được thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT như sau:

- Doanh nghiệp A được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào của tài sản cố định và của hàng hóa, dịch vụ mua vào không hình thành tài sản cố định tại nhà máy phục vụ khâu sơ chế cá tra phi- lê theo quy trình nêu trên.

- Cá tra phi-lê có nguồn gốc do doanh nghiệp A tự nuôi để xuất khẩu được áp dụng thuế suất 0% và doanh nghiệp được khấu trừ toàn bộ thuế GTGT đầu vào có liên quan đến hoạt động xuất khẩu cá tra phi-lê. Trường hợp doanh nghiệp nuôi cá tra sau đó chế biến thành cá tra phi-lê vừa để xuất khẩu vừa để bán trong nước thì thuế GTGT đầu vào được phân bổ theo tỷ lệ % doanh thu xuất khẩu/Tổng Doanh thu (doanh thu xuất khẩu và doanh thu bán trong nước).""

Tại khoản 5 Điều 5 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn các trường hợp không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT:

"5. Doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản, hải sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho doanh nghiệp, hợp tác xã ở khâu kinh doanh thương mại không phải kê khai, tính nộp thuế GTGT. Trên hoá đơn GTGT, ghi dòng giá bán là giá không có thuế GTGT, dòng thuế suất và thuế GTGT không ghi, gạch bỏ.

Trường hợp doanh nghiệp, hợp tác xã nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ bán sản phẩm trồng trọt, chăn nuôi, thuỷ sản chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường cho các đối tượng khác như hộ, cá nhân kinh doanh và các tổ chức, cá nhân khác thì phải kê khai, tính nộp thuế GTGT theo mức thuế suất 5% hướng dẫn tại khoản 5 Điều 10 Thông tư này."

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, đề nghị Cục Thuế rà soát cụ thể, trường hợp nếu doanh nghiệp đầu tư xây dựng vùng nguyên liệu nuôi cá tra và nhà máy sản xuất, chế biến khép kín, sản phẩm đầu ra là cá tra phi - lê, sản phẩm này vừa xuất khẩu và bán trong nước; trong quá trình kinh doanh doanh nghiệp có mua cá tra nguyên liệu của tổ chức, cá nhân (từ người nông dân và doanh nghiệp khác trực tiếp nuôi trồng) để chế biến thành sản phẩm cá tra phi - lê vừa để xuất khẩu và bán trong nước thì đối chiếu với hướng dẫn tại ví dụ 58a được bổ sung vào khoản 4 Điều 14 Thông tư số 219/2013/TT-BTC nêu trên để hướng dẫn đơn vị thực hiện./.