Công văn 501/TCT-KK năm 2024 do Tổng cục Thuế ban hành ngày 07/02/2024 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải quyết các vướng mắc liên quan đến việc khai bổ sung làm tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế trên hồ sơ khai thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này giúp thống nhất cách áp dụng quy định pháp luật về quản lý thuế giữa người nộp thuế và cơ quan thuế các cấp.

- Cơ sở pháp lý áp dụng

Tổng cục Thuế đưa ra hướng dẫn dựa trên các căn cứ pháp lý cốt lõi sau:

• Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, cụ thể là Điều 47 quy định về quyền và nghĩa vụ khai bổ sung hồ sơ khai thuế của người nộp thuế khi phát hiện hồ sơ khai thuế đã nộp cho cơ quan thuế có sai sót.
• Nghị định số 126/2020/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế, trọng tâm là Khoản 5 Điều 7 về nguyên tắc, thời hạn và thủ tục khai bổ sung hồ sơ khai thuế.
• Thông tư số 80/2021/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 126/2020/NĐ-CP.

- Hướng dẫn chi tiết các trường hợp khai bổ sung tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế

Công văn 501/TCT-KK phân định rõ ràng cách thức xử lý đối với 03 trường hợp cụ thể dựa trên thời điểm người nộp thuế nộp hồ sơ khai bổ sung so với tiến trình giải quyết hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế:

Trường hợp 1: Khai bổ sung trước khi nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế (Mẫu số 01/HT)

• Bối cảnh: Người nộp thuế phát hiện sai sót và thực hiện khai bổ sung làm tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế (Chỉ tiêu [47] trên tờ khai GTGT) trước khi nộp Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước (Mẫu số 01/HT) gửi đến cơ quan thuế.
• Cách thức xử lý: Người nộp thuế được quyền khai bổ sung theo quy định chung tại Điều 47 Luật Quản lý thuế. Số thuế đề nghị hoàn trên hồ sơ hoàn thuế chính thức sẽ là số liệu đã được điều chỉnh tăng sau khi khai bổ sung.

Trường hợp 2: Khai bổ sung sau khi đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn nhưng trước khi cơ quan thuế ban hành quyết định hoàn thuế hoặc quyết định thanh tra, kiểm tra

• Bối cảnh: Người nộp thuế đã nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế (Mẫu số 01/HT), cơ quan thuế đang trong quá trình giải quyết nhưng chưa ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc chưa công bố quyết định kiểm tra, thanh tra thuế tại trụ sở người nộp thuế.
• Cách thức xử lý: Người nộp thuế vẫn được phép nộp hồ sơ khai bổ sung tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế. Cơ quan thuế sẽ căn cứ vào hồ sơ khai bổ sung này để thực hiện đối chiếu, kiểm tra và giải quyết thủ tục hoàn thuế theo số liệu mới đã được cập nhật, đảm bảo tính chính xác của số thuế được hoàn.

Trường hợp 3: Khai bổ sung sau khi cơ quan thuế đã ban hành Quyết định hoàn thuế

• Bối cảnh: Cơ quan thuế đã ban hành Quyết định hoàn thuế cho kỳ tính thuế đó. Tại thời điểm này, quy trình giải quyết đối với hồ sơ đề nghị hoàn thuế trước đó đã hoàn thành và kết thúc.
• Cách thức xử lý: Người nộp thuế không được phép khai bổ sung để tăng chỉ tiêu đề nghị hoàn thuế (Chỉ tiêu [47]) của kỳ tính thuế đã có quyết định hoàn thuế.
• Phương án giải quyết cho doanh nghiệp: Đối với số thuế GTGT đầu vào phát sinh tăng thêm do khai bổ sung sau khi đã có quyết định hoàn thuế, người nộp thuế phải thực hiện kê khai vào chỉ tiêu điều chỉnh tăng số thuế GTGT còn được khấu trừ của các kỳ trước (Chỉ tiêu [38]) trên tờ khai thuế GTGT của kỳ tính thuế hiện tại (kỳ phát hiện sai sót). Số thuế này sẽ được khấu trừ tiếp vào các kỳ sau hoặc được xem xét hoàn thuế ở các kỳ tiếp theo nếu đáp ứng đầy đủ điều kiện hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

- Những lưu ý quan trọng đối với người nộp thuế

Để tránh các rủi ro pháp lý và tối ưu hóa dòng tiền hoàn thuế, doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý các điểm sau:

• Rà soát kỹ lưỡng trước khi nộp hồ sơ hoàn: Doanh nghiệp cần kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ hóa đơn, chứng từ và số liệu kê khai trước khi chính thức nộp hồ sơ đề nghị hoàn thuế (Mẫu 01/HT) nhằm hạn chế tối đa việc phải khai bổ sung.
• Tuân thủ thời hạn: Việc khai bổ sung tăng số thuế đề nghị hoàn chỉ thực sự thuận lợi và được giải quyết trực tiếp trong cùng một đợt hoàn thuế nếu được thực hiện trước khi cơ quan thuế ra quyết định hoàn thuế hoặc quyết định thanh, kiểm tra.
• Xử lý đúng kỹ thuật kê khai: Nếu rơi vào trường hợp đã có quyết định hoàn thuế, tuyệt đối không tự ý điều chỉnh tăng Chỉ tiêu [47] của kỳ đã hoàn mà phải đưa vào Chỉ tiêu [38] của kỳ hiện tại để tránh bị hệ thống quản lý thuế của cơ quan thuế cảnh báo lỗi hoặc từ chối hồ sơ.