Tổng cục Thuế nhận được công văn số 009/CV.NGOCTRI.2016 ngày 19/7/2016 của Công ty Cổ phần chế biến thực phẩm Ngọc Trí (Công ty Ngọc Trí) về chính sách thuế TNDN đối với hoạt động chế biến thủy sản và công văn số 131/BC-CT ngày 19/8/2016 của Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu báo cáo về các vấn đề liên quan đến kiến nghị của Công ty Ngọc Trí. Về vấn đề này, sau khi báo cáo Bộ Tài chính. Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Phụ lục Danh mục địa bàn ưu đãi thuế TNDN ban hành kèm theo Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn đối với tỉnh Bạc Liêu: toàn bộ các huyện.

- Tại khoản 2, Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ quy định: Thu nhập miễn thuế TNDN như sau:

“1. Thu nhập từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản, sản xuất muối của hợp tác xã; thu nhập của hợp tác xã hoạt động trong lĩnh vực nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp thực hiện ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn hoặc địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập của doanh nghiệp từ trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản ở địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn; thu nhập từ hoạt động đánh bắt hải sản.”.

- Tại khoản 1 Điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính như sau:

“Điều 6. Sửa đổi, bổ sung một số nội dung tại Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC (đã được sửa đổi, bổ sung tại Điều 4 Thông tư số 151/2014/TT-BTC) như sau:

1. Sửa đổi, bổ sung Khoản 1a Điều 8 Thông tư số 78/2014/TT-BTC như sau:

"Điều 8. Thu nhập được miễn thuế:

“…

a) Thu nhập từ trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, nuôi trồng, chế biến nông sản, thủy sản của hợp tác xã và của doanh nghiệp được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này là thu nhập từ sản phẩm do doanh nghiệp, hợp tác xã tự trồng trọt, chăn nuôi, nuôi trồng và thu nhập từ chế biến nông sản, thủy sản (bao gồm cả trường hợp hợp tác xã, doanh nghiệp mua sản phẩm nông sản, thủy sản về chế biến).

Thu nhập của sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản được ưu đãi thuế (bao gồm ưu đãi về thuế suất, miễn giảm thuế) quy định tại Thông tư này phải đáp ứng đồng thời các điều kiện sau:

- Tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên.

- Sản phẩm, hàng hóa từ chế biến nông sản, thủy sản không thuộc diện chịu thuế tiêu thụ đặc biệt, trừ trường hợp do Thủ tướng Chính phủ quyết định theo đề xuất của Bộ Tài chính.

Doanh nghiệp phải xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

- Về ưu đãi thuế TNDN liên quan đến hoạt động chế biến thủy sản đông lạnh xuất khẩu, Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu đã có công văn số 412/CT-TTHT ngày 15/7/2015 trả lời của Công ty Ngọc Trí.

- Ngày 20/7/2016, Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu đã có Quyết định số 673/QĐ-CT về việc xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua thanh tra việc chấp hành pháp luật thuế tại Công ty Ngọc Trí.

- Tại báo cáo số 131/BC-CT ngày 19/8/2016, Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu đã nêu:

“- Việc Công ty Ngọc Trí không xác định được giá vốn của từng loại sản phẩm và của từng lần xuất bán, mà chỉ xác định chung cho tất cả các mặt hàng mà Công ty xuất bán trong tháng hoặc cả năm.

Như vậy, Công ty Ngọc Trí không xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản để được hưởng ưu đãi thuế TNDN.

- Việc Công ty Ngọc Trí không cung cấp được cho đoàn Thanh tra sổ sách kế toán liên quan đến việc xác định giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm và bảng tính giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm của từng loại sản phẩm.

Do đó, đoàn Thanh tra không có căn cứ để xác định tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên.

Đoàn thanh tra kết luận về ưu đãi thuế TNDN năm 2015 của Công ty Ngọc Trí như sau:

- Công ty Ngọc Trí không đủ điều kiện để được miễn thuế TNDN đối với phần thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản theo quy định tại khoản 1, điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính;

- Công ty Ngọc Trí được hưởng thuế suất thuế TNDN 10%, giảm 50% số thuế phải nộp quy định tại Giấy chứng nhận đầu tư số 60121000020 ngày 19/01/2010 của UBND tỉnh Bạc Liêu (dự án mới thành lập tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn).”.

Theo quy định tại Luật số 71/2014/QH13, Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015 của Chính phủ và Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính thì từ kỳ tính thuế năm 2015, thu nhập của doanh nghiệp từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội đặc biệt khó khăn được miễn thuế TNDN nếu đáp ứng đồng thời các điều kiện ưu đãi về thu nhập từ hoạt động chế biến nông sản, thủy sản. Doanh nghiệp phải xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản để được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.

Theo báo cáo của Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu thì: Công ty cổ phần chế biến thực phẩm Ngọc Trí không xác định riêng thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản và không cung cấp được sổ sách kế toán liên quan đến việc xác định giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm của từng loại sản phẩm, do đó đoàn Thanh tra Cục Thuế tỉnh Bạc Liêu không có căn cứ để xác định tỷ lệ giá trị nguyên vật liệu là nông sản, thủy sản trên chi phí sản xuất hàng hóa, sản phẩm (giá thành sản xuất hàng hóa, sản phẩm) từ 30% trở lên để được miễn thuế TNDN đối với phần thu nhập sản phẩm, hàng hóa chế biến từ nông sản, thủy sản theo quy định tại khoản 1, điều 6 Thông tư số 96/2015/TT-BTC ngày 22/6/2015 của Bộ Tài chính.

Tổng cục Thuế thông báo để Cục Thuế và Công ty được biết.