Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bình Thuận.

Trả lời công văn số 3280/CT - KTNB ngày 14/6/2018 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận về việc giải quyết khiếu nại đổi với Công ty CP Thủy sản Việt úc, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Điều 15 và Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành luật thuế thu nhập doanh nghiệp (đã được sửa đổi, bổ sung tại Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày 12/2/2015) quy định:

“Điều 15. Thuế suất ưu đãi

1. Thuế suất ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm áp dụng đối với:

d) Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Trường hợp doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc đã hưởng hết ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thì mức ưu đãi đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được xác định bằng mức ưu đãi áp dụng cho doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao quy định tại Khoản 1 Điều 15 và Khoản 1 Điều 16 Nghị định này trừ đi thời gian ưu đãi đã hưởng (cả về thuế suất và thời gian miễn, giảm nếu có);

6. Thời gian áp dụng thuế suất ưu đãi quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới; đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; đối với dự án ứng dụng công nghệ cao được tính từ ngày được cấp giấy chứng nhận dự án ứng dụng công nghệ cao.

Điều 16. Miễn thuế, giảm thuế

1. Miễn thuế 4 năm, giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới quy định tại Khoản 1 Điều 15 Nghị định này;

4. Thời gian miễn thuế, giảm thuế quy định tại Điều này được tính liên tục từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư mới được hưởng ưu đãi thuế, trường hợp không có thu nhập chịu thuế trong ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu từ dự án đầu tư mới thì thời gian miễn thuế, giảm thuế được tính từ năm thứ tư. Thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao tại Khoản 1 Điều này được tính từ thời điểm được công nhận là doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.”

- Tại Khoản 3 Điều 19 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ hướng dẫn về Luật thuế TNDN quy định:

“3. Trong cùng một thời gian, nếu doanh nghiệp được hưởng nhiều mức ưu đãi thuế khác nhau đối với cùng một khoản thu nhập thì doanh nghiệp được lựa chọn áp dụng mức ưu đãi thuế có lợi nhất.”

- Tại Khoản 4 Điều 18 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“4. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp do đáp ứng điều kiện về lĩnh vực ưu đãi đầu tư thì các khoản thu nhập từ lĩnh vực ưu đãi đầu tư và các khoản thu nhập như thanh lý phế liệu, phế phẩm của sản phẩm thuộc lĩnh vực được ưu đãi đầu tư, chênh lệch tỷ giá liên quan trực tiếp đến doanh thu, chi phí của lĩnh vực được ưu đãi, lãi tiền gửi ngân hàng không kỳ hạn, các khoản thu nhập có liên quan trực tiếp khác cũng được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp.”

- Tại Khoản 1 Điều 19 Thông tư số 78/2014/TT-BTC nêu trên quy định:

“d) Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo quy định của Luật công nghệ cao.

Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao theo quy định của Luật công nghệ cao được hưởng ưu đãi về thuế suất kể từ năm được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao.

Doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp tính trên toàn bộ thu phập của doanh nghiệp trừ các khoản thu nhập nêu tại điểm a, b, c Khoản 3 Điều 18 Thông tư này.

Trường hợp doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp hoặc đã hưởng hết ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp mà được cấp Giấy chứng nhận doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thì mức ưu đãi đối với doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao được xác định bằng mức ưu đãi áp dụng cho doanh nghiệp công nghệ cao, doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao quy định tại khoản 1 Điều 15 và khoản 1 Điều 16 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP trừ đi thời gian ưu đãi đã hưởng đối với doanh nghiệp mới thành lập, dự án đầu tư mới thành lập (cả về thuế suất và thời gian miễn, giảm nếu có).”

Căn cứ các quy định nêu trên, Tổng cục Thuế có ý kiến về nguyên tắc như sau:

Ưu đãi thuế TNDN đối với doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao (thời gian miễn, giảm thuế và thuế suất) áp dụng đối với thu nhập từ hoạt động ứng dụng công nghệ cao và các khoản thu nhập có liên quan trực tiếp đến hoạt động ứng dụng công nghệ cao; thời gian bắt đầu tính ưu đãi thuế TNDN kể từ năm doanh nghiệp được cấp giấy chứng nhận doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao; trường hợp các dự án của doanh nghiệp đã có thời gian hưởng ưu đãi thuế TNDN khác nhau thì thời gian ưu đãi thuế TNDN còn lại (xác định theo quy định tại điểm d Khoản 1 Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ - CP) được xác định riêng cho từng dự án.

Trường hợp nếu Công ty CP Thuỷ sản Việt Úc chọn hưởng ưu đãi thuế theo điều kiện doanh nghiệp nông nghiệp ứng dụng công nghệ cao thì dự án 1 không được hưởng ưu đãi 10% trong suốt thời gian thực hiện dự án theo điều kiện cũ.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Bình Thuận căn cứ quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật về thuế nêu trên và điều kiện thực tế của doanh nghiệp để giải quyết xử lý khiếu nại theo đúng quy định của pháp luật về thuế./.