Công văn 4640/TCT-CS năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn chi tiết về việc chuyển đổi phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế. Đây là văn bản quan trọng giúp tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thay đổi phương thức khai thuế từ khấu trừ sang trực tiếp và ngược lại, đảm bảo tính thống nhất trong quản lý thuế.

- Nguyên tắc chuyển đổi phương pháp tính thuế GTGT

• Doanh nghiệp, hợp tác xã đang áp dụng phương pháp khấu trừ thuế nếu có doanh thu hàng năm dưới mức 1 tỷ đồng (trừ trường hợp đăng ký tự nguyện) hoặc không thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ thì phải chuyển sang áp dụng phương pháp trực tiếp.
• Doanh nghiệp mới thành lập hoặc doanh nghiệp có doanh thu dưới 1 tỷ đồng nhưng thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và đăng ký tự nguyện thì được áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Thời gian áp dụng phương pháp tính thuế ổn định trong vòng 2 năm liên tục kể từ năm bắt đầu áp dụng.

- Xử lý hóa đơn khi chuyển đổi phương pháp tính thuế

• Khi chuyển từ phương pháp khấu trừ sang phương pháp trực tiếp: Doanh nghiệp phải thực hiện hủy các hóa đơn GTGT còn tồn chưa sử dụng. Đồng thời, doanh nghiệp tiến hành đăng ký sử dụng hóa đơn bán hàng với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Khi chuyển từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ: Doanh nghiệp phải ngừng sử dụng hóa đơn bán hàng, thực hiện thủ tục hủy hóa đơn bán hàng còn tồn và đăng ký phát hành hóa đơn GTGT theo quy định.

- Xử lý thuế GTGT đầu vào khi chuyển đổi phương pháp

• Đối với doanh nghiệp chuyển từ phương pháp khấu trừ sang phương pháp trực tiếp: Số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết tính đến thời điểm chuyển đổi sẽ không được tiếp tục khấu trừ hoặc hoàn thuế. Số thuế này được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN).
• Đối với doanh nghiệp chuyển từ phương pháp trực tiếp sang phương pháp khấu trừ: Thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ, tài sản cố định mua vào trong thời gian áp dụng phương pháp trực tiếp không được kê khai, khấu trừ khi doanh nghiệp chuyển sang phương pháp khấu trừ.

- Thủ tục và thời hạn thông báo chuyển đổi

• Doanh nghiệp phải gửi Thông báo về việc áp dụng phương pháp tính thuế GTGT (Mẫu số 06/GTGT) đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp để đăng ký chuyển đổi phương pháp tính thuế.
• Thời hạn nộp thông báo chậm nhất là ngày 20 tháng 12 của năm trước liền kề năm chuyển đổi phương pháp tính thuế.
• Trường hợp doanh nghiệp không nộp thông báo đúng hạn hoặc không đủ điều kiện áp dụng phương pháp khấu trừ thì cơ quan thuế sẽ chuyển sang áp dụng phương pháp trực tiếp theo quy định của pháp luật.