Công văn 4507/TCT-DNL năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc lập hóa đơn giá trị gia tăng (GTGT) đối với các khoản chi phí riêng phát sinh từ các bên tham gia hợp đồng (đặc biệt là hợp đồng dầu khí, hợp đồng hợp tác kinh doanh - BCC). Văn bản này tháo gỡ các vướng mắc về mặt chứng từ, hóa đơn và khấu trừ thuế cho các doanh nghiệp khi thực hiện các dự án hợp tác có sự phân chia chi phí.

- Phạm vi và đối tượng áp dụng hướng dẫn

• Áp dụng đối với các tổ chức, cá nhân, nhà thầu tham gia vào các hợp đồng hợp tác kinh doanh, hợp đồng dầu khí có phát sinh các khoản chi phí chung và chi phí riêng.
• Hướng dẫn cách thức xử lý hóa đơn khi một bên đứng ra chi trả trước các khoản chi phí riêng biệt phục vụ cho hoạt động của một bên khác hoặc cho hoạt động chung nhưng phân bổ lại cho từng bên.

- Nguyên tắc xuất hóa đơn giá trị gia tăng cho chi phí riêng

• Trường hợp bên điều hành hoặc một bên tham gia hợp đồng đứng tên mua hàng hóa, dịch vụ từ bên thứ ba để phục vụ cho hoạt động riêng của từng bên tham gia hợp đồng: Bên đứng tên mua phải thực hiện xuất hóa đơn GTGT giao lại cho bên thực tế sử dụng và chịu chi phí.
• Nội dung trên hóa đơn phải thể hiện rõ đây là khoản chi phí phân bổ hoặc chi hộ theo thỏa thuận tại hợp đồng đã ký kết giữa các bên.
• Giá trị trên hóa đơn xuất trả phải tương ứng với phần chi phí riêng mà bên kia thực tế gánh chịu, bao gồm cả tiền hàng chưa thuế, thuế suất và tiền thuế GTGT tương ứng.

- Quy định về kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào

• Bên nhận hóa đơn phân bổ chi phí riêng được sử dụng hóa đơn này làm căn cứ để kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.
• Thuế GTGT đầu vào chỉ được khấu trừ khi hóa đơn đáp ứng đầy đủ các điều kiện về hóa đơn hợp pháp, có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với các hóa đơn có giá trị từ 20 triệu đồng trở lên (bao gồm cả các khoản thanh toán bù trừ công nợ theo thỏa thuận hợp đồng).

- Hướng dẫn ghi nhận chi phí được trừ khi xác định thuế TNDN

• Các khoản chi phí riêng được phân bổ lại bằng hóa đơn GTGT hợp pháp sẽ được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của bên thực tế chịu chi phí.
• Khoản chi phí này phải liên quan trực tiếp đến hoạt động sản xuất, kinh doanh của dự án hoặc của bên tham gia hợp đồng và có đầy đủ chứng từ chứng minh theo quy định.

- Điều kiện để chứng từ phân bổ chi phí được cơ quan thuế chấp thuận

• Hợp đồng hợp tác kinh doanh hoặc hợp đồng dầu khí phải có điều khoản quy định rõ ràng về việc phân chia, phân bổ chi phí riêng và chi phí chung giữa các bên.
• Phải có quy chế tài chính hoặc văn bản thỏa thuận cụ thể về định mức, phương thức phân bổ chi phí được các bên thống nhất ký kết.
• Các chứng từ thanh toán, đối chiếu công nợ định kỳ giữa bên điều hành (hoặc bên chi hộ) và bên chịu chi phí phải rõ ràng, minh bạch và khớp đúng với số liệu trên hóa đơn đã xuất.