Ngày 09/10/2023, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn 4443/TCT-KK hướng dẫn về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT). Văn bản này nhằm đôn đốc, chấn chỉnh công tác giải quyết hoàn thuế tại Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, bảo đảm quyền lợi hợp pháp của người nộp thuế và tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của Luật Quản lý thuế.

Phạm vi áp dụng của công văn bao gồm toàn bộ hệ thống cơ quan thuế các cấp, từ Tổng cục Thuế, Cục Thuế các tỉnh, thành phố đến các Chi cục Thuế trực thuộc. Đối tượng chịu sự tác động trực tiếp là các doanh nghiệp, tổ chức, cá nhân có hoạt động đề nghị hoàn thuế GTGT theo quy định của pháp luật thuế hiện hành.

- Quy định nghiêm ngặt về thời hạn giải quyết hồ sơ hoàn thuế GTGT

• Đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau: Thời hạn giải quyết tối đa không quá 06 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế hợp lệ của người nộp thuế.
• Đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau: Thời hạn giải quyết tối đa không quá 40 ngày kể từ ngày cơ quan thuế nhận được đủ hồ sơ đề nghị hoàn thuế hợp lệ của người nộp thuế.
• Cơ quan thuế phải chịu trách nhiệm toàn diện về tính chính xác, kịp thời trong việc phân loại hồ sơ và ra quyết định hoàn thuế đúng thời hạn quy định.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc tiếp nhận và xử lý hồ sơ

• Thực hiện tiếp nhận hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế hoặc trực tiếp tại bộ phận một cửa, đảm bảo quy trình diễn ra liên tục, không bị gián đoạn.
• Ngay sau khi tiếp nhận hồ sơ, cơ quan thuế phải tiến hành đối chiếu, phân loại hồ sơ hoàn thuế dựa trên kết quả đánh giá rủi ro và các tiêu chí quy định tại Luật Quản lý thuế.
• Nghiêm cấm các hành vi tự ý kéo dài thời gian giải quyết hồ sơ, tự ý yêu cầu người nộp thuế cung cấp thêm các tài liệu, hồ sơ ngoài quy định của pháp luật mà không có lý do chính đáng bằng văn bản.

- Tăng cường ứng dụng công nghệ thông tin và quản lý rủi ro

• Đẩy mạnh việc áp dụng hệ thống quản lý rủi ro tự động trong việc phân loại hồ sơ hoàn thuế GTGT, giúp rút ngắn thời gian thẩm định và nâng cao tính khách quan trong quá trình xử lý.
• Tăng cường khai thác, đối chiếu dữ liệu hóa đơn điện tử để kiểm tra tính hợp pháp của các hóa đơn đầu vào, đầu ra của doanh nghiệp đề nghị hoàn thuế, kịp thời phát hiện các dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp.
• Thực hiện giám sát chặt chẽ tiến độ giải quyết hồ sơ hoàn thuế của từng công chức thuế, xử lý nghiêm các trường hợp thiếu trách nhiệm, gây nhũng nhiễu hoặc chậm trễ trong công tác hoàn thuế.

- Phối hợp liên ngành và xử lý các hồ sơ có dấu hiệu vi phạm

• Trong quá trình giải quyết hoàn thuế, nếu phát hiện doanh nghiệp có dấu hiệu vi phạm pháp luật hình sự hoặc có rủi ro cao về thuế, cơ quan thuế phải chủ động chuyển hồ sơ sang cơ quan công an để điều tra, xác minh theo quy định.
• Đối với phần số thuế đề nghị hoàn có nghi vấn, cơ quan thuế thực hiện tạm dừng hoàn thuế và thông báo rõ ràng bằng văn bản cho người nộp thuế; phần số thuế đủ điều kiện hoàn vẫn phải được giải quyết hoàn trả kịp thời cho doanh nghiệp.
• Chủ động phối hợp với cơ quan Hải quan, Ngân hàng thương mại và cơ quan thuế nước ngoài để xác minh nguồn gốc hàng hóa xuất khẩu, dòng tiền thanh toán qua ngân hàng nhằm làm rõ tính hợp pháp của hồ sơ hoàn thuế.

Công văn 4443/TCT-KK có hiệu lực thi hành kể từ ngày ban hành (09/10/2023). Đây là văn bản chỉ đạo nghiệp vụ quan trọng, yêu cầu Cục trưởng Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương phải trực tiếp chỉ đạo, chịu trách nhiệm trước Tổng cục Thuế và Bộ Tài chính về kết quả công tác hoàn thuế GTGT tại địa phương mình quản lý.