Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1000/ITASCO ngày 6/10/2011 của Công ty cổ phần đầu tư, thương mại và dịch vụ - Vinacomin (Itasco) về quyết toán thuế Dự án Khu đô thị Vĩnh Thái, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại điểm 1.5 mục III phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/6/2007 của Bộ Tài chính quy định:

"1.5. Người nộp thuế nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất cho chi cục thuế quản lý địa phương nơi có đất chuyển quyền.

Trường hợp nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất theo cơ chế một cửa liên thông thì thực hiện theo quy định về cơ chế một cửa liên thông đó.".

- Tại điểm 1 mục III phần G Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định:

"1. Doanh nghiệp nộp hồ sơ khai thuế, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản cho cơ quan thuế địa phương nơi có bất động sản chuyển nhượng.

Hồ sơ khai thuế, nộp thuế, chứng từ nộp thuế thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản phát sinh tại địa phương nơi có bất động sản chuyển nhượng là căn cứ làm thủ tục quyết toán thuế nơi đặt trụ sở chính.".

Theo Cục Thuế TP Hà Nội và Công ty Itasco trình bày: Năm 2008, Cục Thuế TP Hà Nội có kiểm tra quyết toán thuế tại Công ty Itasco (thời kỳ kiểm tra năm 2006); năm 2009, Cục Thuế có thanh tra thuế tại Công ty Itasco (thời kỳ thanh tra năm 2007, 2008). Tại biên bản kiểm tra thuế, thanh tra thuế giai đoạn năm 2006-2008, Cục thuế TP Hà Nội đã tạm thời chưa xác định nghĩa vụ thuế liên quan đến khoản thu từ việc Công ty cổ phần vốn Thái Thịnh trả cho Công ty Itasco khi ký hợp đồng hợp tác kinh doanh đầu tư xây dựng Dự án Khu đô thị Vĩnh Thái. 

Về xác định nghĩa vụ thuế Dự án khu đô thị Vĩnh Thái, sau khi có ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, ý kiến của Lãnh đạo Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có công văn số 3286/TCT-CS ngày 13/9/2011 trả lời Công ty cổ phần đầu tư thương mại và dịch vụ - TKV (Itasco), đồng thời gửi Cục Thuế TP Hà Nội và Cục Thuế tỉnh Khánh Hòa của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số điều của Luật thuế GTGT quy định:

"1. Thuế suất 0%: áp dụng đối với hàng hoá, dịch vụ xuất khẩu; hoạt động xây dựng, lắp đặt công trình của doanh nghiệp chế xuất; hàng bán cho cửa hàng bán hàng miễn thuế; vận tải quốc tế hàng hoá, dịch vụ thuộc diện không chịu thuế GTGT khi xuất khẩu, trừ các trường hợp không áp dụng mức thuế suất 0% nêu tại điểm 1.3 Mục này."

Căn cứ quy định nêu thì trường hợp Liên doanh Incodemic-Intergeo-Liên đoàn Vật lý địa chất, đại điện là Công ty cổ phần Tư vấn, Đầu từ và Xây dựng Mỏ, ký hợp đồng thực hiện gói thầu: "Đo đạc địa hình; Đo vẽ địa chất, địa chất thuỷ văn, địa chất công trình; Khoan 03 lỗ khoan; Đo địa vật lý 03 lỗ khoan; Đo địa chất dọc 03 lỗ khoan; Lập báo cáo tổng kết kết quả thực hiện và trình Báo cáo kết quả thăm dò muối mỏ tại CHDCND Lào" cho Tổng công ty hoá chất Việt Nam, nếu các hoạt động nêu trên được thực hiện ở nước CHDCND Lào, ngoài lãnh thổ Việt Nam thì thuộc đối tượng không điều chỉnh của Luật thuế GTGT Việt Nam. Công ty cổ phần Tư vấn, Đầu từ và Xây dựng Mỏ xuất hoá đơn gạch bỏ dòng tiền thuế, thuế suất thuế GTGT.

Tổng cục Thuế trả lời Cục Thuế được biết và căn cứ hồ sơ cụ thể để giải quyết theo đúng quy định ./.