Công văn 431/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành nhằm giải quyết các vướng mắc và hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) đối với các doanh nghiệp hoạt động trong khu chế xuất, khu công nghiệp chịu ảnh hưởng bởi việc điều chỉnh ưu đãi thuế do thực hiện cam kết WTO.

- Quy định pháp lý về khu chế xuất và việc chuyển đổi điều kiện ưu đãi thuế TNDN

• Theo Quy chế khu chế xuất ban hành kèm Nghị định số 332-HĐBT ngày 18/10/1991, khu chế xuất được xác định là khu công nghiệp tập trung chuyên sản xuất hàng xuất khẩu và thực hiện các dịch vụ phục vụ sản xuất hàng xuất khẩu cũng như hoạt động xuất khẩu.
• Theo hướng dẫn tại Công văn số 353/TCT-CS ngày 29/01/2010 của Tổng cục Thuế, các doanh nghiệp dệt may hoặc doanh nghiệp chế xuất vốn được hưởng ưu đãi thuế TNDN do đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu sẽ bị điều chỉnh ưu đãi khi Việt Nam thực hiện các cam kết WTO (theo các văn bản hướng dẫn gồm Nghị định số 24/2007/NĐ-CP, Nghị định số 124/2008/NĐ-CP, Thông tư số 134/2007/TT-BTC, Thông tư số 130/2008/TT-BTC và Công văn số 2348/BTC-TCT).
• Trường hợp doanh nghiệp chế xuất bị chấm dứt điều kiện ưu đãi về tỷ lệ xuất khẩu nhưng vẫn đáp ứng các điều kiện ưu đãi khác (như điều kiện sản xuất trong khu công nghiệp, khu chế xuất) thì khu chế xuất được chuyển sang hưởng các điều kiện ưu đãi như đối với khu công nghiệp. Doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại theo hướng dẫn tại Công văn số 2348/BTC-TCT.

- Nghĩa vụ nộp thuế của xí nghiệp trong Khu công nghiệp theo quy định cũ

• Dẫn chiếu theo Điều 15 Quy chế Khu công nghiệp ban hành kèm theo Nghị định số 192-CP ngày 28/12/1994 của Chính phủ, nghĩa vụ nộp thuế lợi tức (nay là thuế TNDN) của xí nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài được quy định như sau:
• Áp dụng mức thuế suất 18% trên lợi nhuận thu được đối với các xí nghiệp sản xuất thông thường trong khu công nghiệp.
• Áp dụng mức thuế suất 12% trên lợi nhuận thu được đối với các xí nghiệp thực hiện xuất khẩu ít nhất 80% sản phẩm của mình.
• Doanh nghiệp được áp dụng chính sách miễn thuế lợi tức trong vòng 02 năm kể từ khi bắt đầu có lãi từ hoạt động kinh doanh.

- Hướng dẫn áp dụng chính sách thuế TNDN đối với Công ty TNHH Proceeding

• Công ty TNHH Proceeding là doanh nghiệp 100% vốn nước ngoài, được thành lập từ năm 1996 tại Khu chế xuất Tân Thuận để thực hiện hoạt động gia công, sản xuất và xuất khẩu hàng may mặc. Ban đầu, Công ty được hưởng ưu đãi thuế TNDN dựa trên điều kiện đáp ứng tỷ lệ xuất khẩu.
• Đến năm 2007, do thực hiện cam kết WTO, Công ty thuộc diện bị điều chỉnh ưu đãi thuế và đã lựa chọn phương án xác định ưu đãi thuế cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN tại thời điểm cấp Giấy phép thành lập.
• Tổng cục Thuế đưa ra nguyên tắc xử lý: Nếu tại thời điểm thành lập, ngoài việc đáp ứng điều kiện về tỷ lệ xuất khẩu, Công ty TNHH Proceeding đồng thời đáp ứng được điều kiện sản xuất tại khu công nghiệp, khu chế xuất thì kể từ kỳ tính thuế năm 2007, Công ty được chuyển sang áp dụng mức thuế suất TNDN ưu đãi là 18% theo quy định tại Nghị định số 192-CP ngày 28/12/1994 của Chính phủ.
• Tổng cục Thuế đề nghị Công ty chủ động liên hệ trực tiếp với Cục Thuế địa phương quản lý để được hướng dẫn, kiểm tra và áp dụng mức ưu đãi cụ thể dựa trên khả năng đáp ứng các điều kiện ưu đãi thực tế của doanh nghiệp.