Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Thanh Hoá.

Trả lời Công văn số 2083/CT-KT ngày 21/7/2014 của Cục Thuế tỉnh Thanh Hoá về việc khấu trừ tiền hỗ trợ xây trường học và rà phá bom mình vào tiền thuê đất phải nộp, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại khoản 5, Điều 2 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP ngày 30/12/2010 của Chính phủ về sửa đổi, bổ sung một số điều của Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước quy định: “5. Bổ sung khoản 3 Điều 7 như sau:

"3. Trường hợp người được Nhà nước cho thuê đất thực hiện ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì được trừ số tiền đã ứng trước vào tiền thuê đất phải nộp theo hướng dẫn được duyệt; Mức được trừ không vượt quá số tiền thuê đất phải nộp.

Số tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng còn lại chưa được trừ vào tiền thuê đất phải nộp (nếu có) được tính vào vốn đầu tư của dự án".

- Tại Điều 3 Thông tư số 94/2011/TT-BTC ngày 29/6/2011 sửa đổi, bổ sung Thông tư số 120/2005/TT-BTC ngày 30/12/2005 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện Nghị định số 142/2005/NĐ-CP ngày 14/11/2005 của Chính phủ về thu tiền thuê đất, thuê mặt nước: "Điều 3. Bổ sung Mục IVa vào sau Mục III Phần B (hướng dẫn thực hiện khoản 5 Điều 2 Nghị định số 121/2010/NĐ-CP) như sau:

"Mục IVa. Khấu trừ tiền bồi thường giải phóng mặt bằng.

Trường hợp tổ chức, cá nhân trong nước; người Việt Nam định cư ở nước ngoài; tổ chức, cá nhân nước ngoài được Nhà nước cho thuê đất ứng trước tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt thì được ngân sách nhà nước hoàn trả bằng hình thức trừ toàn bộ sô tiền đã ứng trước theo phương án được duyệt vào tiền thuê đất phải nộp.

Trường hợp số tiền ứng trước về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án đã phê duyệt vượt quá tiền thuê đất phải nộp thì chỉ được trừ bằng tiền thuê đất phải nộp; số còn lại được tính vào chi phí đầu tư của dự án. Số tiền đã trừ vào tiền thuê đất phải nộp không được hạch toán vào chi phí đầu tư của dự án.

Trường hợp thuê đất trả tiền thuê đất hàng năm thì số tiền đã ứng trước (nếu có) về bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức thực hiện bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt được trừ vào tiền thuê đất phải nộp, được quy đổi ra thời gian tương ứng phải nộp tiền thuê đất theo giá thuê đất tại thời điểm xác định tiền thuê đất phải nộp kỳ đầu và được xác định là thời gian đã hoàn thành việc nộp tiền thuê đất hàng năm."

Căn cứ quy định nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Lọc dầu Nghi Sơn đã ứng trước tiền xây dựng thêm trường học mới và thực hiện rà phá bom mìn, đã được UBND tỉnh Thanh Hoá phê duyệt tại Quyết định số 154/QĐ-UBND ngày 11/01/2013 về việc phê duyệt Phương án giải phóng mặt bằng và tái định cư Khu C thuộc dự án Lọc hoá dầu Nghi Sơn được thực hiện như sau:

- Chi phí rà phá bom mìn đã được UBND tỉnh Thanh Hoá phê duyệt thuộc Phương án giải phóng mặt bằng và tái định cư Khu C thuộc dự án Lọc hoá dầu Nghi Sơn được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp theo quy định nêu trên. Chi phí rà phá bom mìn đã được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp thì Công ty không được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp, không được khấu trừ thuế GTGT đầu vào.

- Số tiền hỗ trợ xây dựng thêm trường học mới không được khấu trừ vào tiền thuê đất phải nộp, Công ty được tính vào chi phí được trừ khi xác định thu nhập chịu thuế thu nhập doanh nghiệp theo hướng dẫn tại điểm 2 Công văn số 3545/TCT-CS ngày 25/10/2013 của Tổng cục Thuế.

Đề nghị Cục Thuế căn cứ hồ sơ, tài liệu do Công ty cung cấp để xác định số tiền bồi thường, hỗ trợ, tái định cư và kinh phí tổ chức bồi thường, giải phóng mặt bằng theo phương án được cấp có thẩm quyền phê duyệt theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế được biết./.