Công văn 4149/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2018 là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc áp dụng phương pháp tính thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã và tổ chức kinh tế. Văn bản này giúp làm rõ các quy định về điều kiện, thủ tục và cách thức xác định phương pháp tính thuế khấu trừ hoặc trực tiếp, đồng thời đồng bộ với các cải cách thủ tục hành chính thuế mới nhất.

Nguyên tắc xác định phương pháp tính thuế GTGT

Theo hướng dẫn của Tổng cục Thuế, việc xác định phương pháp tính thuế GTGT của cơ sở kinh doanh được thực hiện dựa trên mức doanh thu hàng năm hoặc theo sự tự nguyện đăng ký khi đáp ứng đủ các điều kiện về kế toán, hóa đơn, chứng từ. Cụ thể:

• Phương pháp khấu trừ thuế: Áp dụng đối với cơ sở kinh doanh có doanh thu hàng năm từ bán hàng hóa, cung ứng dịch vụ từ 1 tỷ đồng trở lên (trừ hộ, cá nhân kinh doanh); và các cơ sở kinh doanh có doanh thu dưới 1 tỷ đồng nhưng tự nguyện đăng ký áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Phương pháp tính trực tiếp trên GTGT: Áp dụng đối với doanh nghiệp, hợp tác xã có doanh thu hàng năm dưới 1 tỷ đồng (trừ trường hợp đăng ký tự nguyện áp dụng phương pháp khấu trừ); hộ và cá nhân kinh doanh; tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh không có cơ sở thường trú tại Việt Nam nhưng có doanh thu phát sinh tại Việt Nam.

Quy định về việc bãi bỏ Mẫu 06/GTGT và cách thức đăng ký mới

Một trong những nội dung cốt lõi của công văn là việc quán triệt tinh thần đơn giản hóa thủ tục hành chính theo Thông tư số 93/2017/TT-BTC của Bộ Tài chính:

• Chính thức bãi bỏ hoàn toàn thủ tục nộp Mẫu 06/GTGT (mẫu đăng ký áp dụng phương pháp tính thuế GTGT) đối với các doanh nghiệp, hợp tác xã.
• Phương pháp tính thuế GTGT của doanh nghiệp sẽ được xác định trực tiếp thông qua Hồ sơ khai thuế GTGT mà doanh nghiệp nộp cho cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Nếu doanh nghiệp nộp Tờ khai thuế GTGT theo Mẫu số 01/GTGT hoặc Mẫu số 02/GTGT, cơ quan thuế sẽ ghi nhận doanh nghiệp áp dụng phương pháp khấu trừ.
• Nếu doanh nghiệp nộp Tờ khai thuế GTGT theo Mẫu số 03/GTGT hoặc Mẫu số 04/GTGT, cơ quan thuế sẽ ghi nhận doanh nghiệp áp dụng phương pháp trực tiếp.

Hướng dẫn áp dụng đối với các trường hợp cụ thể

Tổng cục Thuế đưa ra hướng dẫn chi tiết nhằm đảm bảo tính ổn định và nhất quán trong việc kê khai thuế của người nộp thuế:

• Chu kỳ áp dụng ổn định: Phương pháp tính thuế GTGT sau khi đã được xác định thông qua tờ khai thuế đầu tiên của năm tài chính sẽ được áp dụng ổn định trong chu kỳ 2 năm liên tục.
• Đối với doanh nghiệp mới thành lập: Doanh nghiệp mới thành lập thực hiện lựa chọn phương pháp tính thuế bằng cách nộp tờ khai thuế GTGT tương ứng (Mẫu 01/GTGT hoặc Mẫu 04/GTGT) cho kỳ tính thuế đầu tiên phát sinh hoạt động mua bán, sử dụng hóa đơn.
• Chuyển đổi phương pháp khi hết chu kỳ: Khi kết thúc chu kỳ ổn định 2 năm, doanh nghiệp tự căn cứ vào doanh thu thực tế và điều kiện đáp ứng để lựa chọn phương pháp tính thuế cho chu kỳ tiếp theo bằng cách nộp tờ khai thuế phù hợp của kỳ đầu tiên năm tiếp theo.

Trách nhiệm triển khai của cơ quan thuế các cấp

Để đảm bảo việc thực thi đúng quy định pháp luật và tạo điều kiện thuận lợi cho người nộp thuế, Tổng cục Thuế yêu cầu Cục Thuế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương thực hiện:

• Tăng cường công tác tuyên truyền, phổ biến rộng rãi đến toàn bộ người nộp thuế trên địa bàn về việc bãi bỏ Mẫu 06/GTGT để tránh việc hiểu nhầm hoặc thực hiện sai lệch quy định.
• Chủ động rà soát hệ thống quản lý thuế, hỗ trợ doanh nghiệp thực hiện kê khai đúng mẫu tờ khai thuế GTGT ngay từ đầu năm tài chính hoặc ngay khi mới thành lập.
• Thực hiện thanh tra, kiểm tra việc tuân thủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ đối với các cơ sở kinh doanh áp dụng phương pháp khấu trừ nhằm ngăn chặn các hành vi trục lợi, gian lận hoàn thuế hoặc trốn thuế.