Công văn 3848/TCT-CS được Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn chi tiết về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), trọng tâm là các quy định liên quan đến điều kiện, hồ sơ và thủ tục hoàn thuế GTGT đối với dự án đầu tư của các doanh nghiệp.

Phạm vi áp dụng của văn bản hướng dẫn này bao gồm các cơ quan thuế quản lý trực tiếp tại địa phương và các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế đang thực hiện dự án đầu tư mới trên lãnh thổ Việt Nam, có phát sinh số thuế GTGT đầu vào cần được khấu trừ hoặc hoàn thuế.

- Điều kiện hoàn thuế giá trị gia tăng đối với dự án đầu tư

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư mới (bao gồm cả dự án đầu tư được chia thành nhiều giai đoạn đầu tư hoặc nhiều phân kỳ đầu tư) đang trong giai đoạn đầu tư có số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư lũy kế chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng trình tự, thủ tục quy định của pháp luật về đầu tư, bao gồm việc đăng ký đầu tư, cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc phê duyệt chủ trương đầu tư của cơ quan nhà nước có thẩm quyền.
• Số thuế GTGT đầu vào phát sinh trong giai đoạn đầu tư phải được hạch toán riêng biệt, rõ ràng và không được bù trừ chung với hoạt động sản xuất kinh doanh đang diễn ra của cơ sở kinh doanh (trừ trường hợp pháp luật có quy định khác).

- Các trường hợp không được hoàn thuế giá trị gia tăng dự án đầu tư

• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh không góp đủ số vốn điều lệ như đã đăng ký theo quy định của pháp luật doanh nghiệp và điều lệ của công ty.
• Dự án đầu tư của cơ sở kinh doanh ngành, nghề đầu tư kinh doanh có điều kiện nhưng chưa đáp ứng đủ điều kiện kinh doanh theo quy định của Luật Đầu tư hoặc chưa được cấp giấy phép kinh doanh ngành nghề có điều kiện.
• Dự án đầu tư khai thác tài nguyên, khoáng sản được cấp phép từ ngày 01/7/2016 hoặc dự án đầu tư sản xuất sản phẩm hàng hóa mà tổng trị giá tài nguyên, khoáng sản cộng với chi phí năng lượng chiếm từ 51% giá thành sản phẩm trở lên tính trên chu kỳ sản xuất.

- Nguyên tắc phân loại và xử lý hồ sơ hoàn thuế của cơ quan thuế

• Cơ quan thuế thực hiện phân loại hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp thành hai nhóm: hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước kiểm tra sau và hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước hoàn thuế sau theo đúng quy định của Luật Quản lý thuế.
• Quá trình kiểm tra, đối chiếu hóa đơn, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt và các tài liệu liên quan đến dự án đầu tư phải được thực hiện chặt chẽ nhằm ngăn chặn hành vi gian lận, trục lợi tiền hoàn thuế từ ngân sách nhà nước.
• Đối với các trường hợp có dấu hiệu vi phạm hoặc chưa rõ ràng về nguồn gốc hàng hóa, dịch vụ mua vào, cơ quan thuế có quyền yêu cầu giải trình hoặc tiến hành xác minh trước khi ra quyết định hoàn thuế.

Công văn 3848/TCT-CS có hiệu lực áp dụng kể từ ngày ban hành. Văn bản này là cơ sở pháp lý quan trọng giúp các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương thống nhất phương án xử lý hồ sơ hoàn thuế GTGT, đồng thời hỗ trợ doanh nghiệp tháo gỡ các vướng mắc về dòng tiền trong quá trình triển khai dự án đầu tư.