Tổng quan về Công văn 3639/TCHQ-TXNK

Công văn 3639/TCHQ-TXNK được Tổng cục Hải quan ban hành nhằm hướng dẫn và thống nhất thực hiện việc xử lý tiền thuế giá trị gia tăng (GTGT) nộp nhầm, nộp thừa tại khâu nhập khẩu. Đây là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng giúp các Cục Hải quan tỉnh, thành phố và người nộp thuế tháo gỡ các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện thủ tục hoàn thuế, đảm bảo quyền lợi hợp pháp của doanh nghiệp và tuân thủ đúng quy định của pháp luật quản lý thuế hiện hành.

Các nội dung trọng tâm của Công văn 3639/TCHQ-TXNK

- Nguyên tắc xác định tiền thuế GTGT nộp nhầm, nộp thừa khâu nhập khẩu

• Tiền thuế GTGT được xác định là nộp thừa khi người nộp thuế có số tiền thuế đã nộp lớn hơn số tiền thuế phải nộp đối với từng mặt hàng, tờ khai hải quan trong thời hạn quy định.
• Các trường hợp nộp nhầm, nộp thừa thường phát sinh do: khai sai mã số HS, áp sai thuế suất, nhầm lẫn trong quá trình chuyển khoản nộp thuế, hoặc do hàng hóa thực tế nhập khẩu có số lượng, trị giá thấp hơn so với khai báo trên tờ khai hải quan đã nộp thuế.
• Việc xác định số tiền thuế nộp thừa phải căn cứ trên hồ sơ hải quan, chứng từ nộp tiền vào ngân sách nhà nước và các văn bản hướng dẫn phân loại, áp mã, áp giá của cơ quan hải quan.

- Thẩm quyền và quy trình giải quyết hoàn trả tiền thuế nộp thừa

• Cơ quan hải quan nơi phát sinh khoản thuế nộp thừa có trách nhiệm tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của người nộp thuế.
• Đối với thuế GTGT hàng nhập khẩu đã nộp nhầm, nộp thừa, cơ quan hải quan thực hiện kiểm tra, đối chiếu số liệu trên hệ thống kế toán thuế tập trung và hệ thống thông tin quản lý hải quan.
• Sau khi xác định chính xác số tiền thuế GTGT nộp thừa, cơ quan hải quan ban hành Quyết định hoàn thuế hoặc văn bản xác nhận số tiền thuế nộp thừa để làm cơ sở xử lý bước tiếp theo theo quy định của Luật Quản lý thuế.

- Cơ chế phối hợp giữa cơ quan Hải quan và cơ quan Thuế

• Do đặc thù thuế GTGT khâu nhập khẩu liên quan đến cả hai cơ quan quản lý (Hải quan quản lý khâu nhập khẩu, Thuế quản lý khâu nội địa), Công văn nhấn mạnh việc phối hợp chặt chẽ để tránh hoàn trùng hoặc khấu trừ trùng lặp.
• Cơ quan hải quan có trách nhiệm truyền thông tin về quyết định hoàn thuế, xác nhận số thuế nộp thừa sang cơ quan thuế quản lý trực tiếp doanh nghiệp thông qua hệ thống trao đổi thông tin điện tử giữa hai ngành.
• Cơ quan thuế địa phương căn cứ trên thông tin do cơ quan hải quan cung cấp để thực hiện việc hoàn trả hoặc bù trừ nghĩa vụ thuế nội địa cho doanh nghiệp theo đúng quy định, đồng thời kiểm soát chặt chẽ việc kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào của doanh nghiệp đối với tờ khai hải quan có phát sinh số thuế nộp thừa đã được xử lý.

- Trách nhiệm của người nộp thuế

• Người nộp thuế có nghĩa vụ kê khai trung thực, chính xác các khoản thuế nộp nhầm, nộp thừa và chuẩn bị đầy đủ hồ sơ pháp lý theo quy định tại Thông tư 38/2015/TT-BTC (được sửa đổi, bổ sung tại Thông tư 39/2018/TT-BTC) và các văn bản liên quan.
• Doanh nghiệp phải tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác của hồ sơ, số liệu đề nghị hoàn thuế và việc chưa thực hiện kê khai khấu trừ hoặc hoàn thuế tại cơ quan thuế đối với số thuế GTGT khâu nhập khẩu đang đề nghị cơ quan hải quan xử lý.

Ý nghĩa và tác động của văn bản

Công văn 3639/TCHQ-TXNK đóng vai trò quan trọng trong việc chuẩn hóa quy trình nghiệp vụ của cơ quan hải quan các cấp, giảm thiểu sự chậm trễ trong việc giải quyết hồ sơ hoàn thuế cho doanh nghiệp. Đồng thời, văn bản này giúp tăng cường tính minh bạch, ngăn chặn các hành vi gian lận thuế, trục lợi ngân sách nhà nước thông qua việc hoàn trùng thuế GTGT ở cả hai khâu nhập khẩu và nội địa.