Công văn 3575/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng, giải quyết các vướng mắc thực tế liên quan đến chính sách thuế đối với các dự án sử dụng nguồn vốn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA). Văn bản này đưa ra các hướng dẫn chi tiết về thuế giá trị gia tăng (GTGT), thuế nhà thầu nước ngoài, thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và thuế thu nhập cá nhân (TNCN) áp dụng cho các chủ đầu tư, nhà thầu thực hiện dự án ODA tại Việt Nam.

- Chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với dự án ODA

• Dự án ODA không hoàn lại: Chủ đầu tư hoặc nhà thầu chính được hoàn lại số thuế GTGT đã trả khi mua hàng hóa, dịch vụ tại Việt Nam để thực hiện dự án. Việc hoàn thuế được thực hiện theo quy định của pháp luật về quản lý thuế và thuế GTGT hiện hành.
• Điều kiện hoàn thuế GTGT: Để được hoàn thuế, đơn vị đề nghị phải có xác nhận của cơ quan chủ quản về việc dự án sử dụng nguồn vốn ODA không hoàn lại, có hóa đơn GTGT hợp pháp hoặc chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu, và chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào.
• Dự án ODA vay ưu đãi: Không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT theo diện dự án ODA không hoàn lại. Thuế GTGT đầu vào của hàng hóa, dịch vụ sử dụng cho dự án ODA vay ưu đãi được kê khai, khấu trừ hoặc hoàn thuế theo quy định chung áp dụng cho dự án đầu tư hoặc hàng hóa xuất khẩu.

- Thuế nhà thầu nước ngoài (FCT) đối với nhà thầu thực hiện dự án ODA

• Nghĩa vụ nộp thuế: Nhà thầu nước ngoài, nhà thầu phụ nước ngoài phát sinh thu nhập tại Việt Nam từ việc thực hiện hoạt động xây dựng, lắp đặt, cung cấp hàng hóa, dịch vụ cho dự án ODA phải thực hiện nghĩa vụ thuế nhà thầu (bao gồm thuế GTGT và thuế TNDN).
• Phương pháp tính thuế: Nhà thầu nước ngoài có thể áp dụng phương pháp kê khai (nếu đáp ứng đủ điều kiện về cơ sở thường trú và chế độ kế toán) hoặc phương pháp trực tiếp (tỷ lệ % trên doanh thu tính thuế) để thực hiện nghĩa vụ thuế của mình.
• Ưu tiên áp dụng Điều ước quốc tế: Trường hợp Hiệp định khung hoặc Hiệp định cụ thể về ODA được ký kết giữa Chính phủ Việt Nam và nhà tài trợ có quy định miễn thuế nhà thầu hoặc có quy định khác với pháp luật thuế trong nước, thì thực hiện theo quy định của Hiệp định quốc tế đó.

- Thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và Thuế thu nhập cá nhân (TNCN)

• Thuế TNDN của nhà thầu: Thu nhập phát sinh từ việc thực hiện hợp đồng dự án ODA của các doanh nghiệp, nhà thầu phải chịu thuế TNDN theo quy định hiện hành, trừ trường hợp được miễn thuế theo các cam kết quốc tế tại Hiệp định ODA đã được phê duyệt.
• Thuế TNCN đối với chuyên gia nước ngoài: Chuyên gia nước ngoài thực hiện chương trình, dự án ODA tại Việt Nam được miễn thuế TNCN đối với thu nhập từ việc thực hiện dự án ODA, với điều kiện phải đáp ứng đầy đủ các tiêu chuẩn quy định tại Quy chế chuyên gia nước ngoài và có xác nhận của cơ quan có thẩm quyền.

- Thủ tục, hồ sơ và trách nhiệm thực hiện

• Hồ sơ hoàn thuế: Đơn vị xin hoàn thuế phải chuẩn bị đầy đủ hồ sơ theo quy định, bao gồm Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước, văn bản phê duyệt dự án, xác nhận viện trợ không hoàn lại và bảng kê hóa đơn, chứng từ mua vào.
• Trách nhiệm của Ban Quản lý dự án: Chủ đầu tư hoặc Ban Quản lý dự án có trách nhiệm cung cấp đầy đủ, chính xác các tài liệu pháp lý liên quan đến dự án ODA cho nhà thầu để làm căn cứ thực hiện các thủ tục miễn, giảm hoặc hoàn thuế theo đúng quy định của pháp luật.