Công văn 3549/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành năm 2024 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng nhằm giải đáp các vướng mắc liên quan đến chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN), đặc biệt tập trung vào việc xác định điều kiện và phương thức áp dụng ưu đãi thuế đối với các dự án đầu tư mới và dự án đầu tư mở rộng của doanh nghiệp.

Để đưa ra các hướng dẫn cụ thể, Tổng cục Thuế căn cứ vào hệ thống văn bản quy phạm pháp luật về thuế TNDN đang có hiệu lực thi hành, bao gồm:

• Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của các Luật về thuế.
• Nghị định số 218/2013/NĐ-CP của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp.
• Thông tư số 78/2014/TT-BTC và Thông tư số 96/2015/TT-BTC của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế TNDN và các điều kiện hưởng ưu đãi thuế.

Công văn làm rõ các nguyên tắc cốt lõi khi doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mở rộng nhằm tăng công suất, quy mô hoặc đổi mới công nghệ:

• Tiêu chí xác định đầu tư mở rộng: Dự án đầu tư mở rộng phải đáp ứng một trong các tiêu chí tối thiểu về nguyên giá tài sản cố định tăng thêm, tỷ trọng nguyên giá tài sản cố định tăng thêm hoặc công suất thiết kế tăng thêm theo quy định của pháp luật thuế TNDN tại thời điểm dự án đi vào hoạt động.
• Phương thức lựa chọn ưu đãi: Doanh nghiệp có dự án đầu tư mở rộng đáp ứng đủ điều kiện được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi thuế TNDN theo dự án đang hoạt động cho thời gian còn lại (nếu dự án đang hoạt động thuộc diện được hưởng ưu đãi) hoặc được áp dụng thời gian miễn thuế, giảm thuế đối với phần thu nhập tăng thêm do đầu tư mở rộng mang lại.
• Nguyên tắc hạch toán: Doanh nghiệp bắt buộc phải hạch toán riêng phần thu nhập từ hoạt động đầu tư mở rộng. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập tăng thêm được xác định theo tỷ lệ giữa nguyên giá tài sản cố định đầu tư mới đưa vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh trên tổng nguyên giá tài sản cố định của doanh nghiệp.

Đối với các dự án đầu tư mới, Tổng cục Thuế hướng dẫn các điều kiện tiên quyết để được hưởng chính sách ưu đãi:

• Dự án đầu tư mới phải là dự án thực hiện lần đầu hoặc dự án hoạt động độc lập với dự án đang hoạt động của doanh nghiệp, được cấp giấy chứng nhận đầu tư hoặc thực hiện thủ tục đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư.
• Địa bàn hoặc lĩnh vực thực hiện dự án phải thuộc danh mục địa bàn ưu đãi thuế TNDN hoặc lĩnh vực đặc biệt ưu đãi đầu tư theo quy định.
• Không áp dụng ưu đãi thuế TNDN đối với dự án đầu tư mới được hình thành từ việc chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi hình thức sở hữu doanh nghiệp theo quy định của pháp luật hiện hành.

Để đảm bảo quyền lợi hợp pháp và tránh các rủi ro pháp lý khi quyết toán thuế, doanh nghiệp cần lưu ý:

• Chủ động rà soát, đối chiếu các điều kiện thực tế của dự án đầu tư với các tiêu chí kỹ thuật và pháp lý được hướng dẫn tại Công văn này.
• Thực hiện lưu trữ đầy đủ hồ sơ, chứng từ chứng minh việc đáp ứng điều kiện ưu đãi, đặc biệt là hồ sơ chứng minh nguyên giá tài sản cố định tăng thêm và việc hạch toán riêng doanh thu, chi phí của dự án đầu tư.
• Liên hệ trực tiếp với cơ quan thuế quản lý trực tiếp để được hướng dẫn cụ thể đối với các trường hợp đặc thù phát sinh tại đơn vị.