Tổng cục Thuế nhận được công văn số 1198/CĐTNĐ-TC ngày 18/6/2015, công văn số 779/CĐTNĐ-TC ngày 05/5/2015 của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam và công văn 467/CT-KTT ngày 27/3/2015 của Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp vướng mắc về chính sách thuế GTGT đối với hoạt động duy tu, sửa chữa, bảo trì đường thủy nội địa của Đoạn Quản lý đường thủy nội địa số 15. về vấn đề này, căn cứ ý kiến của Bộ Giao thông Vận tải tại công văn số 10.003/BGTVT-TC ngày 31/7/2015, Kiểm toán Nhà nước tại công văn số 884/KTNN-TH ngày 24/7/2015 và của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ tại Điều 2 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính quy định về đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ tại Điều 4 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính quy định về đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng.

Căn cứ tại Điều 11 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính quy định về mức thuế suất 10%.

Căn cứ các hướng dẫn trên, về nguyên tắc, hoạt động duy tu, sửa chữa, bảo trì đường thủy nội địa thuộc đối tượng chịu thuế giá trị gia tăng, thuế suất 10%.

Tuy nhiên, theo trình bày của Cục Đường thủy nội địa Việt Nam tại công văn số 779/CĐTNĐ-TC ngày 05/5/2015: “Năm 2012 Cục ĐTNĐ Việt Nam giao kế hoạch cho Đoạn Quản lý ĐTNĐ số 15 thực hiện công tác quản lý, bảo trì và được Bộ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải cấp kinh phí đã bao gồm thuế GTGT đầu ra.

Đoạn Quản lý ĐTNĐ số 15 đã triển khai thực hiện theo đúng nhiệm vụ Cục ĐTNĐ Việt Nam giao, đã hạch toán và nộp thuế GTGT đầy đủ. Tuy nhiên, năm 2012, Kiểm toán Nhà nước đã thực hiện kiểm toán tại Cục ĐTNĐ Việt Nam và kết luận việc dự toán cho các công trình quản lý, bảo trì có tính thuế GTGT 10% là chưa đúng quy định tại Mục II Khoản 2.2.1 điểm c Thông tư liên tịch số 09/2008/TTLT-BTC-BGTVT ngày 30/01/2008 về việc hướng dẫn chế độ quản lý, thanh toán, quyết toán kinh phí sự nghiệp kinh tế quản lý, bảo trì đường thủy nội địa. Việc tính đầy đủ giá trị công trình bảo trì (có cả thuế GTGT) chỉ áp dụng cho Cục ĐTNĐ Việt Nam khi ký hợp đồng kinh tế thực hiện nhiệm vụ quản lý, bảo trì đường thủy nội địa với doanh nghiệp, đơn vị sự nghiệp có chức năng quản lý, bảo trì đường thủy nội địa thuộc cơ quan giao thông địa phương. Do Đoạn Quản lý ĐTNĐ số 15 là đơn vị Trung ương được giao dự toán ngân sách không phải là đơn vị thực hiện đấu thầu, đặt hàng giao kế hoạch do vậy không phải nộp thuế GTGT.

Năm 2013, triển khai kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Cục ĐTNĐ Việt Nam phê duyệt dự toán quản lý, bảo trì đường thủy nội địa cho Đoạn Quản lý ĐTNĐ số 15 và không phê duyệt thuế GTGT. Đoạn đã thực hiện theo đúng dự toán Cục duyệt và không hạch toán thuế GTGT đầu ra, thuế GTGT đầu vào được hạch toán trực tiếp vào chi phí. Do đó, Bộ Tài chính, Bộ Giao thông Vận tải cũng không cấp kinh phí cho đơn vị nộp thuế GTGT.

Vì vậy, căn cứ tình hình thực tế nêu trên: Đoạn Quản lý đường thủy nội địa số 15 không phải kê khai, điều chỉnh lại các hóa đơn GTGT đã xuất cho Cục Đường thủy nội địa Việt Nạm đối với hoạt động duy tu, sửa chữa, bảo trì đường thủy nội địa trong năm 2013 và không được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào tương ứng với doanh thu từ hoạt động duy tu, sửa chữa, bảo trì đường thủy nội địa này.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Đồng Tháp và Cục Đường thủy nội địa Việt Nam được biết./.