Công văn 344/TCT-CS do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) theo tháng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc cho doanh nghiệp và cơ quan thuế địa phương trong việc xác định điều kiện, đối tượng và phương pháp tính phân bổ số thuế GTGT đầu vào được hoàn.

- Đối tượng và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT theo tháng

• Doanh nghiệp trong tháng có hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ lũy kế từ 300 triệu đồng trở lên thì được xét hoàn thuế GTGT theo tháng.
• Trường hợp số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ trong tháng chưa đạt mức 300 triệu đồng thì không được hoàn thuế theo tháng mà phải kết chuyển sang tháng tiếp theo để tính khấu trừ hoặc cộng dồn cho đến khi đủ điều kiện hoàn thuế.
• Cơ sở kinh doanh đề nghị hoàn thuế phải thực hiện đầy đủ chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ theo quy định của pháp luật và có tài khoản tiền gửi mở tại ngân hàng theo mã số thuế của doanh nghiệp.

- Phương pháp xác định số thuế GTGT đầu vào được hoàn cho hàng xuất khẩu

• Đối với cơ sở kinh doanh vừa có hoạt động bán hàng trong nước vừa có hoạt động xuất khẩu: Doanh nghiệp có nghĩa vụ phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho hoạt động xuất khẩu hàng hóa, dịch vụ.
• Trường hợp không hạch toán riêng được: Số thuế GTGT đầu vào được hoàn cho hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu xuất khẩu trên tổng doanh thu của kỳ khai thuế tương ứng.
• Số thuế GTGT đầu vào được hoàn của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu không được vượt quá 10% doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu đó trong kỳ.

- Hồ sơ và thủ tục đề nghị hoàn thuế GTGT

• Doanh nghiệp cần chuẩn bị Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định của Bộ Tài chính.
• Bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào và bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ bán ra trong kỳ đề nghị hoàn thuế.
• Tờ khai hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu đã làm xong thủ tục hải quan theo quy định của pháp luật hải quan.
• Chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu theo đúng quy định hiện hành.
• Hợp đồng xuất khẩu hàng hóa, cung ứng dịch vụ ký kết với phía nước ngoài.

- Nguyên tắc xử lý đối với các trường hợp đặc biệt

• Trường hợp hàng hóa xuất khẩu bị trả lại: Doanh nghiệp phải thực hiện kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã được hoàn hoặc giảm số thuế GTGT đầu vào tương ứng với giá trị hàng hóa bị trả lại trong kỳ phát sinh.
• Đối với các dự án đầu tư có hoạt động xuất khẩu: Việc hoàn thuế được thực hiện theo hướng dẫn riêng về hoàn thuế dự án đầu tư nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện pháp lý liên quan.
• Cơ quan thuế có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu chặt chẽ thông tin trên tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán qua ngân hàng để đảm bảo tính hợp pháp, hợp lệ của hồ sơ hoàn thuế trước khi ra quyết định hoàn thuế cho doanh nghiệp.

Lưu ý: Các hướng dẫn tại Công văn 344/TCT-CS nhằm thống nhất quy trình xử lý hồ sơ hoàn thuế tại các Chi cục Thuế và Cục Thuế địa phương, giảm thiểu phiền hà cho doanh nghiệp xuất khẩu đồng thời ngăn chặn các hành vi gian lận hoàn thuế GTGT.