Công văn 3419/TCT-CS năm 2024 do Tổng cục Thuế ban hành nhằm hướng dẫn và giải quyết các vướng mắc liên quan đến chính sách thu tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước. Văn bản tập trung làm rõ trách nhiệm của cơ quan thuế, thời hạn ban hành thông báo nộp tiền, thời điểm nộp tiền cấp quyền khi công trình đi vào vận hành, cũng như quy trình phối hợp liên ngành khi có sự thay đổi về chủ đầu tư hoặc thời gian vận hành dự án.

Dưới đây là nội dung tóm tắt chi tiết và chuyên sâu về các quy định pháp lý cốt lõi được đề cập trong Công văn 3419/TCT-CS:

• Trường hợp cơ quan thuế tính và thông báo nộp tiền: Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước là khoản thu mà cơ quan thuế thực hiện thông báo số tiền phải nộp dựa trên văn bản tính toán, quyết định phê duyệt từ cơ quan quản lý nhà nước có thẩm quyền về tài nguyên và môi trường chuyển sang (theo quy định tại Nghị định số 126/2020/NĐ-CP).
• Thời hạn ban hành thông báo nộp thuế: Chậm nhất là 10 ngày làm việc kể từ ngày cơ quan thuế nhận được quyết định, thông báo hoặc văn bản hợp pháp, đầy đủ từ cơ quan nhà nước có thẩm quyền chuyển đến.
• Trách nhiệm điều chỉnh thông tin: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền có trách nhiệm gửi kịp thời các văn bản điều chỉnh, bổ sung thông tin xác định số tiền phải nộp cho cơ quan thuế. Dựa trên các văn bản này, cơ quan thuế sẽ thực hiện điều chỉnh nghĩa vụ tài chính và phát hành thông báo nộp thuế điều chỉnh, bổ sung cho người nộp thuế.
• Nguyên tắc quản lý: Pháp luật về quản lý thuế hiện hành không có quy định cho phép cơ quan thuế trì hoãn hoặc không ban hành thông báo nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước sau khi đã nhận được đầy đủ văn bản, quyết định hợp pháp từ cơ quan có thẩm quyền.

• Thời điểm nộp tiền cấp quyền: Theo quy định tại Nghị định số 02/2023/NĐ-CP (sửa đổi, bổ sung Nghị định số 82/2017/NĐ-CP và Nghị định số 41/2021/NĐ-CP), tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước chỉ được nộp sau khi công trình đã chính thức đi vào vận hành và có Quyết định phê duyệt tiền cấp quyền của cơ quan có thẩm quyền.
• Xử lý đối với công trình chưa vận hành: Đối với các công trình đã được phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước nhưng tính đến thời điểm Nghị định số 02/2023/NĐ-CP có hiệu lực (ngày 20/3/2023) vẫn chưa đi vào vận hành, thì chỉ sau khi công trình chính thức đi vào vận hành mới phải thực hiện thủ tục điều chỉnh do thay đổi thời gian vận hành. Giá tính tiền cấp quyền sẽ áp dụng theo quyết định phê duyệt liền trước đó.

• Trường hợp không phải điều chỉnh Quyết định phê duyệt: Nếu công trình đã được phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước mà chỉ có sự thay đổi về tên chủ giấy phép (thực hiện cấp lại giấy phép) và không thay đổi bất kỳ căn cứ tính tiền nào theo quyết định phê duyệt trước đó, thì không phải thực hiện điều chỉnh lại Quyết định phê duyệt tiền cấp quyền.
• Yêu cầu đối với giấy phép cấp lại: Trong nội dung của giấy phép khai thác tài nguyên nước được cấp lại, cơ quan cấp phép phải quy định rõ ràng nghĩa vụ tài chính của chủ giấy phép mới, bao gồm cả nghĩa vụ nộp tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước đã được phê duyệt tại Quyết định trước đó.
• Trường hợp phải điều chỉnh tiền cấp quyền: Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước chỉ được xem xét điều chỉnh khi có sự thay đổi về nội dung giấy phép khai thác dẫn đến thay đổi căn cứ tính tiền hoặc thay đổi nội dung phê duyệt tiền cấp quyền trước đó (theo Nghị định số 41/2021/NĐ-CP).

• Bối cảnh vụ việc: Dự án Nhà máy Nhiệt điện Ô Môn IV ban đầu do Ban Quản lý dự án Điện 3 (thuộc Tập đoàn Điện lực Việt Nam - EVN) làm chủ đầu tư và đã được Bộ Tài nguyên và Môi trường phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước tại Quyết định số 2088/QĐ-BTNMT ngày 21/9/2020. Đến ngày 08/9/2023, UBND thành phố Cần Thơ ban hành Quyết định số 2094/QĐ-UBND chuyển đổi chủ đầu tư sang Tập đoàn Dầu khí Việt Nam (PVN), đồng thời thời gian vận hành công trình dự kiến thay đổi từ năm 2023 sang năm 2028.
• Yêu cầu phối hợp liên ngành: Tổng cục Thuế chỉ đạo Cục Thuế thành phố Cần Thơ phải chủ động có văn bản trao đổi, phối hợp với cơ quan tài nguyên và môi trường địa phương để làm rõ các nội dung sau:
  • Xác định trường hợp chuyển đổi chủ đầu tư và lùi thời gian vận hành này có thuộc diện không phải điều chỉnh lại Quyết định phê duyệt tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước hay không.
  • Xác định rõ loại giấy tờ pháp lý tương đương với giấy phép cấp lại (trong trường hợp không phải điều chỉnh quyết định phê duyệt) và kiểm tra xem văn bản đó đã ghi nhận đầy đủ nghĩa vụ tài chính của chủ đầu tư mới (PVN) hay chưa.
  • Yêu cầu cơ quan tài nguyên và môi trường xác định chính xác thời điểm công trình khai thác tài nguyên nước của Nhà máy Nhiệt điện Ô Môn IV chính thức đi vào vận hành.
• Thực hiện nghĩa vụ thuế: Sau khi có ý kiến xác minh bằng văn bản từ cơ quan tài nguyên và môi trường cùng hồ sơ cụ thể, Cục Thuế thành phố Cần Thơ sẽ tiến hành điều chỉnh nghĩa vụ thuế, đồng thời điều chỉnh hoặc bổ sung thông báo nộp thuế đã ban hành trước đó theo đúng trình tự pháp luật quản lý thuế.