Công văn 3388/TCHQ-TXNK do Tổng cục Hải quan ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về việc xử lý thuế đối với các dự án đầu tư. Văn bản tập trung giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện ưu đãi thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định, thủ tục đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế, cũng như nghĩa vụ thuế khi doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển nhượng dự án đầu tư.

- Quy định về đối tượng và điều kiện hưởng ưu đãi thuế nhập khẩu tạo tài sản cố định

• Các dự án đầu tư thuộc lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc thực hiện tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn, đặc biệt khó khăn theo quy định của pháp luật đầu tư được hưởng quyền lợi miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa tạo tài sản cố định.
• Hàng hóa nhập khẩu được miễn thuế bao gồm: máy móc, thiết bị; phương tiện vận tải chuyên dùng trong dây chuyền công nghệ phục vụ trực tiếp cho hoạt động sản xuất của dự án; linh kiện, chi tiết, bộ phận rời đi kèm để lắp ráp đồng bộ hoặc sử dụng đồng bộ với máy móc, thiết bị.
• Để được áp dụng chính sách miễn thuế, dự án đầu tư phải được cấp Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư hoặc Quyết định chủ trương đầu tư của cơ quan nhà nước có thẩm quyền theo đúng quy định pháp luật hiện hành.

- Thủ tục đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế

• Chủ dự án đầu tư có trách nhiệm thực hiện đăng ký Danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tạo tài sản cố định với cơ quan hải quan nơi thực hiện dự án hoặc nơi đóng trụ sở chính trước khi tiến hành thủ tục nhập khẩu lô hàng đầu tiên của dự án.
• Hồ sơ đăng ký bao gồm: Công văn đề nghị đăng ký danh mục miễn thuế, Bản đăng ký danh mục hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu được miễn thuế kèm theo Phiếu theo dõi trừ lùi, Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư và các tài liệu kỹ thuật liên quan để chứng minh tính đồng bộ của máy móc, thiết bị.
• Cơ quan hải quan tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu quy chuẩn kỹ thuật và thực hiện cấp Phiếu theo dõi trừ lùi cho doanh nghiệp trong thời hạn quy định để làm cơ sở trừ lùi lượng hàng hóa thực tế nhập khẩu.

- Xử lý nghĩa vụ thuế khi thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển nhượng dự án

• Trường hợp doanh nghiệp thay đổi mục đích sử dụng đối với hàng hóa đã được miễn thuế nhập khẩu (như thanh lý, bán vào thị trường nội địa, tiêu hủy hoặc chuyển sang mục đích sử dụng khác), doanh nghiệp phải chủ động kê khai và nộp đủ thuế nhập khẩu theo trị giá tính thuế và thuế suất tại thời điểm thay đổi mục đích sử dụng.
• Đối với việc chuyển nhượng toàn bộ hoặc một phần dự án đầu tư cho tổ chức, cá nhân khác: Nếu bên nhận chuyển nhượng tiếp tục thực hiện dự án thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư thì hàng hóa tạo tài sản cố định đã nhập khẩu tiếp tục được miễn thuế; nếu bên nhận chuyển nhượng không thuộc đối tượng ưu đãi đầu tư thì phải nộp đủ thuế nhập khẩu theo quy định.
• Mọi hành vi tự ý chuyển nhượng, thanh lý hàng hóa nhập khẩu miễn thuế mà không thực hiện kê khai, nộp thuế với cơ quan hải quan sẽ bị coi là hành vi trốn thuế và bị xử lý nghiêm theo quy định của pháp luật về quản lý thuế.

- Chế độ báo cáo, kiểm tra và giám sát của cơ quan hải quan

• Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư có nghĩa vụ định kỳ báo cáo tình hình sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho cơ quan hải quan quản lý trực tiếp để phục vụ công tác giám sát.
• Cơ quan hải quan có quyền và trách nhiệm tiến hành kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của người nộp thuế nhằm xác định tính chính xác của việc sử dụng hàng hóa đúng mục đích ưu đãi của dự án đầu tư.
• Trường hợp phát hiện doanh nghiệp sử dụng hàng hóa sai mục đích hoặc không giải trình được lượng hàng hóa đã nhập khẩu miễn thuế, cơ quan hải quan sẽ thực hiện ấn định thuế, truy thu số thuế chưa nộp và áp dụng các biện pháp xử phạt vi phạm hành chính tương ứng.