Trả lời công văn số 4149/CT-TTHT ngày 08/6/2012 của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh và công văn số 1805/2012 ngày 18/5/2012 của Công ty PEPSICO Việt Nam về việc hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT), sau khi báo cáo và được sự đồng ý của Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ khoản 3 Điều 18 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/01/2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế GTGT: "Trường hợp cơ sở kinh doanh đang hoạt động thuộc đối tượng nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với tỉnh, thành phố nơi đóng trụ sở chính, đang trong giai đoạn đầu tư chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế, nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Cơ sở kinh doanh phải kê khai, lập hồ sơ hoàn thuế riêng đối với trường hợp này."

Căn cứ khoản 3.c Điều 10, Điều 41 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ và Nghị định số 106/2010/NĐ-CP ngày 28/10/2010 của Chính phủ;

Căn cứ điểm 2.16 (b.2) Phụ lục 4 ban hành kèm theo Thông tư số 153/2010/TT-BTC ngày 28 tháng 9 năm 2010 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 51/2010/ND-CP ngày 14/5/2010 của Chính phủ quy định về hoá đơn bán hàng hoá, cung ứng dịch vụ.

Căn cứ các quy định và hướng dẫn nêu trên, thì:

- Trường hợp Công ty Pepsico Việt Nam trụ sở chính tại thành phố Hồ Chí Minh có dự án đầu tư thành lập Chi nhánh Công ty Pepsico Việt Nam tại tỉnh Đồng Nai (Công ty mua nhà máy Sanmigel tại tỉnh Đồng Nai) đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế thì Công ty lập Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (mẫu số 02/GTGT) và nộp cho Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh theo hướng dẫn tại điểm 3 (c) Điều 10 Thông tư số 28/2011/TT-BTC. Khi dự án đầu tư thành lập Chi nhánh Công ty pepsico Việt Nam tại Đồng Nai đã hoàn thành và hoàn tất các thủ tục về đăng ký kinh doanh, đăng ký nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, Công ty Pepsico Việt Nam phải tổng hợp số thuế GTGT phát sinh, số thuế GTGT đã hoàn, số thuế GTGT của dự án chưa được hoàn và kê khai trên chỉ tiêu số [31] Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (mẫu số 02/GTGT ban hành theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC) để bàn giao cho Chi nhánh Công ty Pepsico Việt Nam tại Đồng Nai.

- Về hoá đơn, chứng từ điều chuyển tài sản: Trường hợp Công pepsico Việt Nam trụ sở chính tại Thành phố Hồ Chí Minh điều chuyển tài sản cho Chi nhánh hạch toán phụ thuộc - Chi nhánh Công ty Pepsico Việt Nam tại Đồng Nai thì phải có lệnh điều chuyển tài sản kèm theo bộ hồ sơ nguồn gốc tài sản và không phải xuất hoá đơn

- Căn cứ biên bản bàn giao (kèm theo chứng từ) của Công ty Pepsico Việt Nam về số thuế GTGT chưa được hoàn của dự án đầu tư (có xác nhận của Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh), Chi nhánh Công ty Pepsico Việt Nam tại Đồng Nai tiếp tục kê khai thuế GTGT đầu vào của dự án chưa được hoàn vào Chỉ tiêu số [21] "Thuế GTGT chưa được hoàn kỳ trước chuyển sang" trên Tờ khai thuế GTGT dành cho dự án đầu tư (mẫu số 02/GTGT).

+ Trường hợp Chi nhánh Công ty Pepsico Việt Nam tại Đồng Nai đang trong giai đoạn đầu tư, chưa đi vào hoạt động, nếu thời gian đầu tư từ 01 năm trở lên thì được hoàn thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ sử dụng cho đầu tư theo từng năm. Trường hợp, nếu số thuế GTGT luỹ kế của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT. Thủ tục hồ sơ đề nghị hoàn thuế GTGT theo hướng dẫn tại Điều 41 Thông tư số 28/2011/TT-BTC;

+ Khi Chi nhánh Công ty đi vào hoạt động, phát sinh thuế GTGT đầu ra,  thuế GTGT đầu vào phục vụ SXKD của Chi nhánh thì Chi nhánh phải kê khai bù trừ số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào cho dự án đầu tư mới cùng với việc kê khai thuế GTGT của hoạt động sản xuất kinh doanh theo quy định. Sau khi bù trừ nếu có số thuế GTGT của hàng hoá, dịch vụ mua vào sử dụng cho đầu tư mà chưa được khấu trừ hết từ 200 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư. Trương hợp số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh và dự án đầu tư dưới 200 triệu đông và 3 tháng chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.

Tổng cục Thuế thông báo để Công ty Pepsico Việt Nam, Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh và Cục Thuế tỉnh Đồng Nai được biết.