Công văn 3144/TCT-CS năm 2015 do Tổng cục Thuế ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng về chính sách thuế giá trị gia tăng (GTGT), đặc biệt tập trung vào các quy định liên quan đến khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với các dự án đầu tư. Dưới đây là tóm tắt chi tiết các nội dung cốt lõi của văn bản này:

- Đối tượng và phạm vi áp dụng chính sách thuế GTGT

• Văn bản hướng dẫn áp dụng đối với các doanh nghiệp, tổ chức kinh tế đang hoạt động có phát sinh dự án đầu tư mới hoặc các doanh nghiệp mới thành lập từ dự án đầu tư.
• Xác định rõ quyền lợi và nghĩa vụ của người nộp thuế trong việc kê khai, khấu trừ và hoàn thuế GTGT đối với các chi phí phát sinh trong giai đoạn đầu tư tạo tài sản cố định.

- Quy định về kê khai thuế GTGT đối với dự án đầu tư

• Doanh nghiệp đang hoạt động nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ khi có dự án đầu tư mới (tại cùng tỉnh, thành phố hoặc khác tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương) đang trong giai đoạn đầu tư thì phải lập hồ sơ khai thuế riêng cho dự án đầu tư.
• Số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư phải được bù trừ với số thuế GTGT phải nộp của hoạt động sản xuất kinh doanh đang thực hiện của trụ sở chính trước khi xác định số thuế được hoàn.

- Điều kiện và thủ tục hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư

• Sau khi thực hiện bù trừ với hoạt động sản xuất kinh doanh của trụ sở chính, nếu số thuế GTGT đầu vào của dự án đầu tư chưa được khấu trừ hết từ 300 triệu đồng trở lên thì doanh nghiệp được xem xét hoàn thuế GTGT cho dự án đầu tư.
• Dự án đầu tư phải được thực hiện theo đúng tiến độ, có đầy đủ hồ sơ pháp lý như Giấy chứng nhận đăng ký đầu tư, quyết định phê duyệt dự án và các hóa đơn, chứng từ mua vào hợp pháp, không vi phạm các quy định về góp vốn điều lệ.

- Hướng dẫn xử lý thuế GTGT đối với chi nhánh và ban quản lý dự án

• Trường hợp chủ đầu tư thành lập Ban quản lý dự án hoặc Chi nhánh trực thuộc để quản lý dự án đầu tư, nếu các đơn vị này có con dấu riêng, tài khoản tiền gửi ngân hàng riêng và trực tiếp quản lý chi phí đầu tư thì được thực hiện kê khai, hoàn thuế GTGT độc lập theo mã số thuế phụ thuộc.
• Khi dự án đầu tư hoàn thành bàn giao để đi vào hoạt động sản xuất kinh doanh, số thuế GTGT đầu vào chưa được hoàn (nếu có) sẽ được chuyển giao cho đơn vị tiếp quản để tiếp tục kê khai, khấu trừ theo quy định.

- Các lưu ý quan trọng về tính hợp lệ của hóa đơn, chứng từ

• Doanh nghiệp phải đảm bảo các hóa đơn mua vào phục vụ cho dự án đầu tư phải mang tên, mã số thuế của chủ đầu tư hoặc của Ban quản lý dự án/Chi nhánh được ủy quyền.
• Các khoản thanh toán cho hàng hóa, dịch vụ mua vào từ 20 triệu đồng trở lên phải có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt theo đúng quy định để được chấp nhận khấu trừ và hoàn thuế.