Công văn 2929/CT-TTHT do Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh ban hành năm 2013 là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ quan trọng liên quan đến việc áp dụng thuế suất thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) và các chính sách ưu đãi thuế đối với hoạt động sản xuất phần mềm. Văn bản này giúp tháo gỡ các vướng mắc thực tế của doanh nghiệp trong việc xác định điều kiện và mức ưu đãi thuế được hưởng.

• Mức thuế suất ưu đãi áp dụng: Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới trong lĩnh vực sản xuất sản phẩm phần mềm thuộc danh mục quy định của pháp luật được áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi 10% trong thời hạn 15 năm. Thời hạn áp dụng thuế suất ưu đãi này được tính liên tục từ năm đầu tiên doanh nghiệp có doanh thu từ dự án đầu tư mới.
• Chế độ miễn, giảm thuế TNDN: Bên cạnh ưu đãi về thuế suất, doanh nghiệp đáp ứng điều kiện còn được hưởng chế độ miễn thuế TNDN trong 4 năm và giảm 50% số thuế phải nộp trong 9 năm tiếp theo. Thời gian miễn, giảm thuế được tính liên tục từ năm đầu tiên có thu nhập chịu thuế từ dự án đầu tư. Trường hợp doanh nghiệp không có thu nhập chịu thuế trong 3 năm đầu kể từ năm đầu tiên có doanh thu thì thời gian miễn, giảm thuế được tính từ năm thứ tư.
• Điều kiện kỹ thuật bắt buộc: Để được thừa nhận là hoạt động sản xuất phần mềm và hưởng ưu đãi thuế, doanh nghiệp phải thực tế thực hiện các công đoạn trong quy trình sản xuất sản phẩm phần mềm theo đúng quy định của Bộ Thông tin và Truyền thông. Các hoạt động chỉ mang tính chất mua bán, phân phối hoặc gia công đơn giản không thuộc đối tượng được áp dụng ưu đãi này.
• Nguyên tắc hạch toán và phân bổ thu nhập: Doanh nghiệp có nhiều hoạt động sản xuất kinh doanh phải thực hiện hạch toán riêng khoản thu nhập từ hoạt động sản xuất phần mềm được hưởng ưu đãi thuế. Trường hợp không hạch toán riêng được, phần thu nhập ưu đãi sẽ được phân bổ theo tỷ lệ giữa doanh thu của hoạt động sản xuất phần mềm so với tổng doanh thu thực tế của doanh nghiệp trong kỳ tính thuế.

Doanh nghiệp cần chủ động chuẩn bị và lưu trữ đầy đủ hồ sơ chứng minh quy trình sản xuất phần mềm thực tế tại đơn vị (bao gồm các tài liệu thiết kế, mô tả thuật toán, quy trình kiểm thử và nghiệm thu sản phẩm). Việc thực hiện đúng chế độ kế toán, hóa đơn, chứng từ và nộp thuế theo kê khai là điều kiện tiên quyết để bảo toàn quyền lợi ưu đãi thuế khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra, kiểm tra tại trụ sở doanh nghiệp.