Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hà Nội.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 18450/CT-PC ngày 13/4/2017 của Cục Thuế thành phố Hà Nội về hoàn thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 3 Điều 1 Luật số 106/2016/QH13 ngày 19/6/2016 của Quốc hội sửa đổi, bổ sung Điều 13 của Luật thuế giá trị gia tăng số 13/2008/QH12 đã được sửa đổi, bổ sung một số Điều theo Luật số 31/2013/QH13 quy định: “3. Khoản 1 và Khoản 2 Điều 13 được sửa đổi, bổ sung như sau:

…

2. Cơ sở kinh doanh trong tháng, quý có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu nếu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ ba trăm triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý, trừ trường hợp hàng hóa nhập khẩu để xuất khẩu, hàng hóa xuất khẩu không thực hiện việc xuất khẩu tại địa bàn hoạt động hải quan theo quy định của Luật hải quan. Thực hiện hoàn thuế trước, kiểm tra sau đối với người nộp thuế sản xuất hàng hóa xuất khẩu không vi phạm pháp luật về thuế, hải quan trong thời gian hai năm liên tục; người nộp thuế không thuộc đối tượng rủi ro cao theo quy định của Luật quản lý thuế.”

Tại khoản 6 Điều 1 Nghị định số 100/2016/NĐ-CP ngày 01/7/2016 của Chính phủ sửa đổi bổ sung Điều 10 Nghị định số 209/2013/NĐ-CP quy định: “3. Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo; trường hợp vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ tiêu thụ nội địa nếu sau khi bù trừ với số thuế phải nộp, số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu còn lại từ 300 triệu đồng trở lên thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế. Cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế giá trị gia tăng đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.”

Tại khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC sửa đổi bổ sung Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC hướng dẫn:

“4. Hoàn thuế đối với hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu

a) Cơ sở kinh doanh trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng), quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu có số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ từ 300 triệu đồng trở lên thì được hoàn thuế giá trị gia tăng theo tháng, quý; trường hợp trong tháng, quý số thuế giá trị gia tăng đầu vào chưa được khấu trừ chưa đủ 300 triệu đồng thì được khấu trừ vào tháng, quý tiếp theo.

Cơ sở kinh doanh trong tháng/quý vừa có hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu, vừa có hàng hóa, dịch vụ bán trong nước thì cơ sở kinh doanh phải hạch toán riêng số thuế GTGT đầu vào sử dụng cho sản xuất kinh doanh hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu. Trường hợp không hạch toán riêng được thì số thuế giá trị gia tăng đầu vào của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu được xác định theo tỷ lệ giữa doanh thu của hàng hóa, dịch vụ xuất khẩu trên tổng doanh thu hàng hóa, dịch vụ của các kỳ khai thuế giá trị gia tăng tính từ kỳ khai thuế tiếp theo kỳ hoàn thuế liền trước đến kỳ đề nghị hoàn thuế hiện tại.”

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty CP thương mại Việt Á đề nghị hoàn thuế GTGT theo điểm 4 khoản 3 Điều 1 Thông tư số 130/2016/TT-BTC với kỳ phát sinh số thuế GTGT đề nghị hoàn từ tháng 5/2016-10/2016, tuy nhiên qua công tác kiểm tra, xác minh, Chi cục Thuế quận Nam Từ Liêm xác định trong giai đoạn phát sinh số thuế đề nghị hoàn, Công ty Việt Á đã kê khai, khấu trừ thuế GTGT mặt hàng gỗ dán mua vào từ Công ty TNHH An Thành Huy Hà Nội - là doanh nghiệp mua gỗ dăm chủ yếu từ doanh nghiệp khác thuộc diện rủi ro cao về thuế, đã bị xử lý đối với hành vi sử dụng hóa đơn bất hợp pháp và đã chuyển hồ sơ cho cơ quan công an để điều tra, truy cứu trách nhiệm hình sự, nếu số tiền thuế GTGT đầu vào còn lại chưa đủ 300 triệu đồng thì Công ty chưa được hoàn thuế GTGT.

Tổng cục Thuế có ý kiến để Cục Thuế thành phố Hà Nội được biết./.