Trả lời văn bản số 009/SLV.2011/CV-AC ngày 25/03/2011 của Công ty về hoá đơn, Cục thuế TP có ý kiến như sau:

- Căn cứ tiết b4 điểm 2.1.1; tiết b6, b7 điểm 3.1 mục III Phần B Thông tư số 134/2008/TT-BTC ngày 31/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn thực hiện nghĩa vụ thuế áp dụng đối với tổ chức, cá nhân nước ngoài kinh doanh tại Việt Nam hoặc có thu nhập tại Việt Nam (gọi tắt là thuế nhà thầu):

“Đối với dịch vụ giao nhận, kho vận quốc tế, doanh thu tính thuế gía trị gia tăng (GTGT) không bao gồm cước vận chuyển quốc tế phải trả cho hãng vận chuyển (hàng không, đường biển)”

“Doanh thu tính thuế thu nhập doanh nghiệp (TNDN) của hãng vận tải biển nước ngoài là toàn bộ tiền cước thu được từ hoạt động vận chuyển hành khách, vận chuyển hàng hoá và các khoản phụ thu khác mà hãng vận tải biển được hưởng từ cảng xếp hàng của Việt Nam đến cảng cuối cùng bốc dỡ hàng hoá đó (bao gồm cả tiền cước của các lô hàng phải chuyển tải qua các cảng trung gian) và/hoặc tiền cước thu được do vận chuyển hàng hoá giữa các cảng Việt Nam.

Tiền cước vận chuyển làm căn cứ tính thuế TNDN không bao gồm tiền cước đã tính thuế TNDN tại cảng Việt Nam đối với chủ tàu nước ngoài và tiền cước trả cho doanh nghiệp vận tải Việt Nam do đã tham gia vận chuyển hàng từ Cảng Việt Nam đến một cảng trung gian.”

“Đối với dịch vụ giao nhận, kho vận quốc tế, doanh thu tính thuế TNDN không bao gồm cước vận chuyển quốc tế phải trả cho hãng vận chuyển (hàng không, đường biển).”

- Căn cứ công văn số 3947/TCT-CS ngày 25/09/2009 của Tổng cục Thuế hướng dẫn về việc lập hoá đơn và khấu trừ thuế GTGT trong trường hợp Đại lý tại Việt Nam thu hộ Hãng giao nhận kho vận, chuyển phát nước ngoài quy định: “Trường hợp Hãng giao nhận kho vận, chuyển phát nước ngoài hoạt động tại Việt Nam thông qua Đại lý, khi Đại lý đứng ra thu hộ doanh thu cho Hãng nước ngoài thì Đại lý thực hiện xuất hoá đơn cho khách hàng như sau:

+ Đại lý ghi rõ trên hoá đơn là tiền thu hộ Hãng nước ngoài, dòng tiền hàng ghi giá trị dịch vụ thanh toán cho Hãng nước ngoài (không bao gồm thuế GTGT), dòng thuế suất thuế GTGT không ghi và gạch chéo, dòng thuế GTGT ghi đúng số thuế GTGT Đại lý khấu trừ nộp thay Hãng nước ngoài theo hướng dẫn tại Thông tư số 134/2008/TT-BTC nêu trên.

+ Đối với khách hàng là doanh nghiệp chế xuất: Đại lý ghi rõ trên hoá đơn là tiền thu hộ Hãng nước ngoài, dòng tiền hàng ghi giá trị dịch vụ thanh toán cho Hãng nước ngoài, dòng thuế suất thuế GTGT và thuế GTGT không ghi và gạch chéo.

Trường hợp hoạt động giao nhận kho vận bao gồm cước vận tải quốc tế: việc lập hoá đơn được thực hiện như hướng dẫn nêu trên đối với hai loại khách hàng, trên hoá đơn ghi rõ giá trị dịch vụ thu hộ chịu thuế GTGT và giá trị dịch vụ thu hộ chịu thuế GTGT (cước vận tải quốc tế) với thuế suất 0%.

Khách hàng được sử dụng hoá đơn do Đại lý thu hộ Hãng nước ngoài xuất để khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo quy định, kể cả những hoá đơn xuất từ ngày 1/1/2009”

Trường hợp Công ty có cung ứng dịch vụ giao nhận hàng hoá cho các doanh nghiệp trong khu chế xuất (khu phí thuế quan), có thu hộ Hãng giao nhận nước ngoài các khoản dịch vụ giao nhận, kho vận quốc tế thì khi thanh toán tiền cho các Hãng giao nhận nước ngoài, Công ty phải khấu trừ thuế nhà thầu (thuế TNDN) và lập hoá đơn theo quy định nêu trên.

Trường hợp trong doanh thu thu hộ các Hãng giao nhận nước ngoài có bao gồm cước vận tải quốc tế từ Việt Nam ra nước ngoài thì trước khi thanh toán tiền cước vận tải quốc tế cho Hãng vận chuyển nước ngoài, Công ty phải có trách nhiệm khấu trừ thuế nhà thầu (thuế TNDN 2% trên doanh thu cước vận tải quốc tế)

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.