Kính gửi: Cục thuế tỉnh Khánh Hòa.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 2967/CT-THNVDT ngày 18/5/2010 của Cục thuế tỉnh Khánh Hòa đề nghị hướng dẫn về vướng mắc trong quá trình thực hiện Thông tư số 03/2009/TT-BTC ngày 13/01/2009 của Bộ Tài chính. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

- Tại Điểm 1, Mục I, Thông tư số 03/2009/TT-BTC nêu trên quy định: “Doanh nghiệp nhỏ và vừa được giảm 30% số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của quý IV năm 2008 và số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp của năm 2009 theo hướng dẫn tại Mục II Thông tư này”.

- Tại Điểm 6, Mục IV, Phần E, Thông tư số 134/2007/TT-BTC ngày 23/11/2007 của Bộ Tài chính quy định:

“Cơ sở kinh doanh đang trong thời gian ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra quyết toán thuế kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì cơ sở kinh doanh không hưởng miễn thuế, giảm thuế đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm. Số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm cơ sở kinh doanh phải kê khai nộp vào Ngân sách Nhà nước theo mức thuế suất hiện hành hoặc mức thuế suất ưu đãi (nếu có) cơ sở kinh doanh đang được hưởng”.

- Tại Điểm 2.8, Mục I, Phần H, Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính quy định:

“Doanh nghiệp trong thời gian đang được hưởng ưu đãi miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra kiểm tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế thì doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định”.

Căn cứ theo các quy định nêu trên, trường hợp doanh nghiệp nhỏ và vừa đáp ứng Điều kiện được hưởng ưu đãi giảm thuế theo Thông tư số 03/2009/TT-BTC nêu trên khi cơ quan thuế kiểm tra, thanh tra phát hiện tăng số thuế thu nhập doanh nghiệp của thời kỳ miễn thuế, giảm thuế (kể cả trường hợp chưa kê khai để hưởng ưu đãi) thì:

+ Đối với giai đoạn từ 01/01/2007 đến 31/12/2008: Cơ sở kinh doanh không hưởng miễn thuế, giảm thuế đối với số thuế thu nhập doanh nghiệp phát hiện tăng thêm.

+ Đối với giai đoạn từ 01/01/2009 trở đi: Doanh nghiệp được hưởng miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định. Tuỳ theo lỗi của doanh nghiệp, cơ quan có thẩm quyền kiểm tra, thanh tra áp dụng các mức xử phạt vi phạm pháp luật về thuế theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục thuế biết./.