Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Bình Phước.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 621/CT-TTr ngày 14/06/2010 của Cục Thuế tỉnh Bình Phước hỏi về việc xử lý sau thanh tra đối với doanh nghiệp kinh doanh xây dựng. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

1. Về thuế GTGT.

Tại Điểm 15, Mục II, Phần A, Thông tư số 120/2003/TT-BTC ngày 22/12/2003 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 158/2003/NĐ-CP ngày 10/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế giá trị gia tăng và Luật sửa đổi, bổ sung một số Điều của Luật thuế giá trị gia tăng quy định đối tượng không chịu thuế GTGT : "15- Duy tu, sửa chữa, phục chế, xây dựng các công trình văn hóa, nghệ thuật, công trình phục vụ lợi ích công cộng, cơ sở hạ tầng và nhà tình nghĩa bằng nguồn vốn đóng góp của nhân dân và vốn viện trợ nhân đạo, kể cả trường hợp được nhà nước cấp hỗ trợ một phần vốn không quá 30% tổng số vốn thực chi cho công trình".

Tại Khoản 3, Điều 66 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/06/2007 của Chính phủ quy định về việc xử lý vi phạm pháp luật về thuế và cưỡng chế thi hành quyết định hành chính thuế quy định: "Việc xử lý đối với hành vi vi phạm pháp luật về thuế đã xảy ra trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành được áp dụng theo quy định của pháp luật có hiệu lực thi hành tại thời Điểm đó.

Trường hợp mức xử phạt đối với cùng một hành vi quy định tại Nghị định này nhẹ hơn mức xử phạt quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành thì được áp dụng mức xử phạt theo quy định của Nghị định này, kể cả trường hợp hành vi vi phạm đã bị lập biên bản, nhưng cơ quan có thẩm quyền chưa ra quyết định xử lý hoặc đã ra quyết định xử lý nhưng đang trong thời hiệu giải quyết khiếu nại".

Căn cứ quy định trên, trường hợp đơn vị có xây dựng công trình phục vụ lợi ích công cộng (trường học) bằng nguồn vốn viện trợ nhân đạo, trong đó vốn đối ứng của Nhà nước vượt quá 30% tổng số vốn thực chi cho công trình thì thuộc đối tượng chịu thuế GTGT.

Việc xử lý vi phạm pháp luật về thuế đối với hành vi kê khai sai số thuế GTGT phải nộp năm 2004, 2005, 2006 được thực hiện theo quy định của pháp luật có hiệu lực thi hành tại thời Điểm năm 2004, 2005, 2006. Trường hợp sau thời Điểm Nghị định số 98/2007/NĐ-CP có hiệu lực thi hành, cơ quan thuế qua thanh tra, kiểm tra mới phát hiện thì việc xử phạt được thực hiện theo hướng dẫn tại Khoản 3, Điều 66 Nghị định số 98/2007/NĐ-CP.

2. Về thuế TNDN.

Tại Điểm 1.6, Mục XII, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC ngày 14/06/2007 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế và hướng dẫn thi hành Nghị định số 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành một số Điều của Luật Quản lý thuế quy định:

"1. Ấn định số thuế phải nộp:

Người nộp thuế nộp thuế theo phương pháp kê khai bị ấn định số thuế phải nộp trong các trường hợp sau:

1.6. Qua kiểm tra, thanh tra thuế có căn cứ chứng minh người nộp thuế không hạch toán kế toán hoặc có hạch toán kế toán nhưng số liệu trên sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác, trung thực dẫn đến không xác định đúng các yếu tố làm căn cứ tính số thuế phải nộp.

2. ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp:

Người nộp thuế theo phương pháp kê khai bị ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp trong các trường hợp sau:

2.1. Trường hợp kiểm tra thuế, thanh tra thuế có căn cứ chứng minh người nộp thuế hạch toán kế toán không đúng quy định, số liệu trên sổ kế toán không đầy đủ, không chính xác, trung thực dẫn đến không xác định đúng các yếu tố làm căn cứ tính số thuế phải nộp trừ trường hợp bị ấn định số thuế phải nộp".

Tại Điểm 3, Mục XII, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC nêu trên quy định:

"3. Căn cứ ấn định thuế:

Cơ quan thuế ấn định thuế đối với người nộp thuế theo kê khai có vi phạm pháp luật thuế dựa vào một hoặc đồng thời các căn cứ sau:

3.1. Cơ sở dữ liệu của cơ quan thuế thu thập từ:

- Người nộp thuế khai báo với cơ quan thuế về doanh thu, chi phí, thu nhập, số thuế phải nộp trong các kỳ khai thuế trước.

- Tổ chức, cá nhân có liên quan đến người nộp thuế.

- Các cơ quan quản lý Nhà nước khác.

3.2. Tham khảo, đối chiếu số thuế phải nộp của cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng, cùng qui mô tại địa phương. Trường hợp không có cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng, cùng qui mô thì so sánh với số thuế phải nộp bình quân của một số cơ sở kinh doanh cùng ngành nghề, cùng mặt hàng tại địa phương".

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Bình Phước căn cứ tình hình thực tế tại doanh nghiệp để ấn định số thuế phải nộp hay ấn định từng yếu tố liên quan đến việc xác định số thuế phải nộp. Căn cứ ấn định thuế được thực hiện theo quy định tại Điểm 3, Mục XII, Phần B Thông tư số 60/2007/TT-BTC.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Bình Phước biết./.