Công văn 2699/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành năm 2014 nhằm hướng dẫn chi tiết về thủ tục hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ, giải quyết các vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện quy định tại Thông tư số 128/2013/TT-BTC.

Văn bản này áp dụng đối với các Chi cục Hải quan trên toàn quốc và các doanh nghiệp tham gia vào hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ, bao gồm doanh nghiệp chế xuất, doanh nghiệp trong khu phi thuế quan, và các doanh nghiệp nội địa thực hiện mua bán hàng hóa với thương nhân nước ngoài nhưng được chỉ định giao nhận hàng hóa tại Việt Nam.

• Trong thời hạn tối đa 15 ngày làm việc kể từ ngày người xuất khẩu tại chỗ giao hàng hóa cho người nhập khẩu tại chỗ (có đầy đủ chứng từ xác nhận việc giao nhận hàng hóa), người nhập khẩu tại chỗ phải hoàn thành thủ tục đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ.
• Việc chậm trễ hoặc không thực hiện đăng ký tờ khai đúng thời hạn quy định sẽ bị xử lý vi phạm hành chính theo các quy định hiện hành về xử phạt trong lĩnh vực hải quan và quản lý thuế.

• Đối với người xuất khẩu tại chỗ: Doanh nghiệp cần chuẩn bị và nộp tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ, hóa đơn thương mại (hoặc hóa đơn giá trị gia tăng, hóa đơn xuất khẩu), hợp đồng mua bán có điều khoản chỉ định giao hàng tại Việt Nam, và chứng từ giao nhận hàng hóa.
• Đối với người nhập khẩu tại chỗ: Doanh nghiệp nộp tờ khai hải quan nhập khẩu tại chỗ, hóa đơn thương mại, tờ khai hải quan xuất khẩu tại chỗ đã được cơ quan hải quan phía xuất khẩu thông quan, cùng các chứng từ chuyên ngành khác nếu hàng hóa thuộc diện quản lý chuyên ngành hoặc yêu cầu giấy phép.
• Cơ quan hải quan thực hiện việc tiếp nhận, kiểm tra hồ sơ và kiểm tra thực tế hàng hóa (nếu có) dựa trên nguyên tắc quản lý rủi ro, đảm bảo tính đồng bộ giữa tờ khai xuất khẩu và tờ khai nhập khẩu đối ứng.

• Trường hợp doanh nghiệp xuất khẩu và doanh nghiệp nhập khẩu thực hiện thủ tục tại các Chi cục Hải quan khác nhau, cơ quan hải quan nơi mở tờ khai xuất khẩu có trách nhiệm kiểm tra, thông quan và phối hợp chặt chẽ với cơ quan hải quan nơi mở tờ khai nhập khẩu để xác nhận hoàn thành quy trình.
• Quy trình luân chuyển thông tin và chứng từ giữa hai cơ quan hải quan phải được thực hiện nhanh chóng, tạo điều kiện thuận lợi tối đa cho doanh nghiệp và tránh gây ách tắc dòng hàng hóa sản xuất.

• Đối với hàng hóa là nguyên liệu, vật tư nhập khẩu để gia công hoặc sản xuất xuất khẩu, khi thực hiện xuất khẩu tại chỗ sản phẩm, doanh nghiệp phải thực hiện thủ tục thanh khoản, hoàn thuế hoặc không thu thuế theo quy định.
• Cơ quan hải quan chỉ chấp nhận thanh khoản hoặc hoàn thuế khi doanh nghiệp cung cấp đầy đủ tờ khai xuất khẩu tại chỗ và tờ khai nhập khẩu tại chỗ đối ứng đã được thông quan hoàn toàn, chứng minh hàng hóa đã thực sự được đưa vào chuỗi sản xuất hoặc tiêu dùng của đối tác nhập khẩu tại chỗ.

Công văn 2699/TCHQ-GSQL có hiệu lực hướng dẫn thực hiện ngay từ ngày ban hành, đóng vai trò là cơ sở pháp lý quan trọng giúp thống nhất quy trình nghiệp vụ hải quan đối với loại hình xuất nhập khẩu tại chỗ trên toàn quốc.