b) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới, bao gồm: sản xuất thép cao cấp; sản xuất sản phẩm tiết kiệm năng lượng; sản xuất máy móc, thiết bị phục vụ cho sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, ngư nghiệp, diêm nghiệp; sản xuất thiết bị tưới tiêu; sản xuất, tinh chế thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản; phát triển ngành nghề truyền thống.

Từ ngày 01 tháng 01 năm 2016, thu nhập của doanh nghiệp quy định tại khoản này được áp dụng thuế suất 17%.

4. Áp dụng thuế suất 20% đối với thu nhập của Quỹ tín dụng nhân dân và tổ chức tài chính vi mô.

Từ ngày 01 tháng 01 năm 2016, thu nhập của Quỹ tín dụng nhân dân và tổ chức tài chính vi mô được áp dụng thuế suất 17%”

- Tại khoản 9, Điều 1 Luật số 71/2014/QH13 ngày 26/11/2014 của Quốc hội quy định về việc sửa đổi, bổ sung khoản 3 Điều 2 Luật số 32/2013/QH13 như sau:

“3. Doanh nghiệp có dự án đầu tư được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp tại thời điểm cấp phép hoặc cấp giấy chứng nhận đầu tư theo quy định của pháp luật về đầu tư. Trường hợp pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp có thay đổi mà doanh nghiệp đáp ứng điều kiện ưu đãi thuế theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung thì doanh nghiệp được quyền lựa chọn hưởng ưu đãi về thuế suất và về thời gian miễn thuế, giảm thuế theo quy định của pháp luật tại thời điểm cấp phép hoặc theo quy định của pháp luật mới được sửa đổi, bổ sung cho thời gian còn lại.

Tính đến hết kỳ tính thuế năm 2015, trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư đang được áp dụng thuế suất ưu đãi 20% quy định tại khoản 3 Điều 13 Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 được sửa đổi, bổ sung theo Luật số 32/2013/QH13 thì kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 được chuyển sang áp dụng mức thuế suất 17% cho thời gian còn lại.”

- Tại khoản 3 và khoản 4, Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định:

“3. Thuế suất 20% trong thời gian mười năm áp dụng đối với:

a) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới tại địa bàn có điều kiện kinh tế - xã hội khó khăn quy định tại Phụ lục ban hành kèm theo Nghị định này;

b) Thu nhập của doanh nghiệp từ thực hiện dự án đầu tư mới: Sản xuất thép cao cấp; sản xuất sản phẩm, tiết kiệm năng lượng; sản xuất máy móc, thiết bị phục vụ cho sản xuất nông, lâm, ngư, diêm nghiệp; sản xuất thiết bị tưới tiêu; sản xuất, tinh chế thức ăn gia súc, gia cầm, thủy sản; phát triển ngành nghề truyền thống.

Doanh nghiệp thực hiện dự án đầu tư mới vào các lĩnh vực, địa bàn ưu đãi thuế quy định tại các Điểm a, b Khoản này kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 áp dụng thuế suất 17%.

4. Thuế suất 20% đối với quỹ tín dụng nhân dân và tổ chức tài chính vi mô và kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2016 áp dụng thuế suất là 17%.”

- Tại khoản 20, Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP ngày của Chính phủ quy định về việc sửa đổi, bổ sung khoản 2, Điều 20 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP như sau:

“a) Doanh nghiệp có dự án đầu tư mà tính đến hết kỳ tính thuế năm 2013 còn đang trong thời gian hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, kể cả trường hợp dự án đầu tư đã được cấp Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận đầu tư hoặc Giấy chứng nhận đăng ký doanh nghiệp (đối với dự án đầu tư trong nước gắn với việc thành lập doanh nghiệp mới có vốn đầu tư dưới 15 tỷ đồng và không thuộc Danh mục lĩnh vực đầu tư có điều kiện) nhưng chưa được hưởng ưu đãi theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp trước thời điểm Nghị định này có hiệu lực thi hành thì được hưởng ưu đãi cho thời gian còn lại theo quy định của các văn bản quy phạm pháp luật đó. Trường hợp đang hưởng ưu đãi theo đầu tư mở rộng thì tiếp tục hưởng ưu đãi theo đầu tư mở rộng; trường hợp đang hưởng ưu đãi theo đầu tư mới thì tiếp tục hưởng ưu đãi theo đầu tư mới; trường hợp mức ưu đãi tại Nghị định này cao hơn mức ưu đãi đang hưởng (kể cả trường hợp thuộc diện nhưng chưa được hưởng) thì được chuyển sang áp dụng ưu đãi theo Nghị định này cho thời gian còn lại.

…

e) Tính đến hết kỳ tính thuế năm 2015 trường hợp doanh nghiệp có dự án đầu tư đang được áp dụng thuế suất ưu đãi 20% quy định tại Khoản 3 Điều 15 Nghị định này thì kể từ 01 tháng 01 năm 2016 được chuyển sang áp dụng thuế suất 17% cho thời gian còn lại”

Căn cứ theo các quy định nêu trên, trường hợp Công ty thành lập theo giấy phép đầu tư số 519/GP do Ủy ban nhà nước về Hợp tác và Đầu tư cấp lần đầu ngày 28/01/1993 với ngành nghề kinh doanh sản xuất sản phẩm dược, cận dược dùng để chữa bệnh cho người theo danh mục được Bộ Y tế cho phép và có trụ sở tại Thành phố Hồ Chí Minh, tính đến hết kỳ tính thuế năm 2015 Công ty đang còn trong thời gian thời gian áp dụng thuế suất thuế TNDN ưu đãi là 20%. Do Công ty không thuộc trường hợp được áp dụng thuế suất 20% quy định tại Điểm a, b Khoản 3 Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP do đó không thuộc diện được chuyển sang áp dụng thuế suất thuế TNDN 17% kể từ ngày 01/1/2016 theo quy định tại khoản 3, Điều 15 Nghị định số 218/2013/NĐ-CP và khoản 20, Điều 1 Nghị định số 12/2015/NĐ-CP nêu trên.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh được biết./.