Công văn 2546/TCHQ-GSQL được Tổng cục Hải quan ban hành năm 2015 nhằm hướng dẫn cụ thể về việc nộp bổ sung Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) đối với hàng hóa nhập khẩu. Đây là văn bản nghiệp vụ quan trọng giúp tháo gỡ vướng mắc cho doanh nghiệp và cơ quan hải quan địa phương trong quá trình thực hiện thủ tục áp dụng thuế suất ưu đãi đặc biệt.

- Quy định về thời điểm khai báo và nộp bổ sung C/O

• Người khai hải quan phải nộp C/O tại thời điểm làm thủ tục hải quan để được áp dụng mức thuế suất ưu đãi đặc biệt theo các Hiệp định thương mại tự do (FTA) mà Việt Nam ký kết hoặc tham gia.
• Trường hợp chưa có bản chính C/O tại thời điểm làm thủ tục hải quan, người khai hải quan phải khai báo rõ việc nộp bổ sung C/O trên tờ khai hải quan và thực hiện nộp bổ sung trong thời hạn quy định.
• Thời hạn nộp bổ sung C/O thông thường là trong vòng 30 ngày kể từ ngày đăng ký tờ khai hải quan. Trong thời gian chưa nộp bổ sung C/O, doanh nghiệp phải khai báo và nộp thuế theo mức thuế suất ưu đãi tối huệ quốc (MFN) hoặc thuế suất thông thường.

- Hướng dẫn xử lý thuế khi nộp bổ sung C/O hợp lệ

• Khi người khai hải quan nộp bổ sung C/O hợp lệ trong thời hạn quy định, cơ quan hải quan có trách nhiệm kiểm tra, đối chiếu tính hợp lệ của C/O được nộp.
• Nếu C/O được xác định là hợp lệ và đáp ứng đầy đủ các điều kiện quy định, cơ quan hải quan tiến hành tính lại thuế theo mức thuế suất ưu đãi đặc biệt tương ứng.
• Số tiền thuế chênh lệch nộp thừa (do trước đó đã nộp theo mức thuế suất cao hơn) sẽ được cơ quan hải quan xử lý hoàn trả cho doanh nghiệp theo đúng quy định của pháp luật về quản lý thuế.

- Áp dụng đối với các Hiệp định thương mại tự do có quy định riêng

• Đối với các Hiệp định thương mại tự do (FTA) mà Việt Nam là thành viên có quy định riêng biệt về thời hạn nộp bổ sung C/O (khác với thời hạn chung 30 ngày), thì thực hiện theo quy định tại Thông tư hướng dẫn thực hiện Hiệp định đó hoặc theo cam kết quốc tế.
• Doanh nghiệp cần chủ động đối chiếu quy định của từng FTA cụ thể để đảm bảo quyền lợi về thời hạn nộp bổ sung C/O và thủ tục hoàn thuế liên quan.

- Trách nhiệm của cơ quan hải quan địa phương

• Cục Hải quan các tỉnh, thành phố có trách nhiệm chỉ đạo các Chi cục Hải quan trực thuộc thực hiện thống nhất hướng dẫn tại Công văn này, đảm bảo tạo thuận lợi cho hoạt động xuất nhập khẩu của doanh nghiệp.
• Tăng cường công tác kiểm tra, giám sát tính hợp lệ, hợp pháp của C/O nộp bổ sung, tránh tình trạng lợi dụng chính sách để gian lận xuất xứ hoặc trốn thuế.
• Hỗ trợ, hướng dẫn người khai hải quan thực hiện đúng quy trình khai báo bổ sung trên hệ thống thông quan điện tử.