Ngày 17/3/2014 Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Phương Đông (Công ty Phương Đông) có công văn số 09/2014/PĐ về việc thuế giá trị gia tăng (GTGT) đã nộp đối với tiền bồi thường tài nguyên rừng, nội dung:

Tháng 4/2011 Công ty Phương Đông được UBND tỉnh Lâm Đồng giao đất (có cây rừng tự nhiên) tại huyện Bảo Lâm, tỉnh Lâm Đồng. Các bên hữu quan đã họp xác định giá trị bồi thường giá trị tài nguyên rừng phải nộp ngân sách Nhà nước của Công ty bao gồm cả thuế GTGT là 2.299.060.000 đồng.

Ngày 31/10/2011, Sở Tài chính tỉnh Lâm Đồng đã ra Quyết định số 420/QĐ-STC về việc phê duyệt tổng số tiền bồi thường tài nguyên rừng mà Công ty Phương Đông phải nộp ngân sách Nhà nước là 2.299.060.000 đồng.

Ngày 28/12/2011, Công ty Phương Đông đã nộp tiền vào ngân sách Nhà nước tại tỉnh Lâm Đồng bằng Giấy nộp tiền vào NSNN số 0010133 với tổng số tiền 2.299.060.000 đồng (gồm: thuế GTGT 285.222.000 đồng, sản phẩm rừng tự nhiên 423.005.000 đồng, thu bán cây đứng 1.590.833.000 đồng), và đã kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đã nộp này tại Cục Thuế tỉnh Bình Thuận.

Hiện Công ty Phương Đông đề nghị được xem xét đối với số thuế GTGT đã nộp theo Giấy nộp tiền vào NSNN số 0010133 ngày 28/12/2011.

Ngày 17/7/2013 Sở Tài chính tỉnh Lâm Đồng đã có công văn số 1669/STC-NS hướng dẫn chung: khoản thu tiền bồi thường tài nguyên rừng được xác định trên cơ sở không bao gồm thuế GTGT.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng liên hệ với Sở Tài chính tỉnh Lâm Đồng và Công ty Phương Đông để xác định chính xác số tiền bồi thường tài nguyên rừng và số thuế GTGT liên quan mà Công ty Phương Đông phải nộp, và xác định trong tổng số 2.299.060.000 đồng Công ty Phương Đông đã nộp thì số đã nộp về thuế GTGT liên quan là bao nhiêu.

Trường hợp theo quy định, khoản thu tiền bồi thường tài nguyên rừng không tính thuế GTGT, thì số thuế GTGT mà Công ty Phương Đông đã nộp nêu trên được xác định là nộp thừa. Công ty Phương Đông được hoàn lại số tiền thuế GTGT nộp thừa vào ngân sách Nhà nước này theo hướng dẫn tại Điều 28 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính và Điều 33 Thông tư số 156/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính. Căn cứ quy định và thực tế Công ty Phương Đông đã nộp số thuế GTGT nêu trên tại tỉnh Lâm Đồng và đã kê khai thuế GTGT đầu vào này tại tỉnh Bình Thuận, chấp thuận cho Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng giữ nguyên số thuế GTGT của Công ty Phương Đông đã nộp. Cục Thuế tỉnh Bình Thuận căn cứ vào giấy nộp tiền vào ngân sách Nhà nước số 0010133 nêu trên, giữ nguyên số thuế GTGT đầu vào đã kê khai của Công ty Phương Đông, không điều chỉnh lại số thuế GTGT phải nộp cùng kỳ và không thực hiện việc xử phạt.

Công ty Phương Đông có trách nhiệm liên hệ với các cơ quan chức năng để được xác định giá trị bồi thường tài nguyên rừng không có thuế GTGT và thực hiện việc nộp tiền bồi thường tài nguyên rừng theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Công ty TNHH Đầu tư và Phát triển Phương Đông, Cục Thuế tỉnh Lâm Đồng, Cục Thuế tỉnh Bình Thuận biết và thực hiện./.