Kính gửi: Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh

Tổng cục Thuế nhận được Công văn số 3175/CT-KTNB ngày 19/4/2011 của Cục Thuế Thành phố Hồ Chí Minh về việc ưu đãi thuế TNDN từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp (có hiệu lực thi hành kể từ kỳ tính thuế năm 2004) đã quy định như sau:

Khoản 2 Điều 50: “Các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài đã được cấp Giấy phép đầu tư và các cơ sở kinh doanh trong nước đã được cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư thì tiếp tục được hưởng các ưu đãi về thuế ghi trong Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư.”

Khoản 3 Điều 50: “Việc giải quyết những tồn tại về thuế, quyết toán thuế, miễn, giảm thuế và xử lý vi phạm hành chính về thuế thu nhập doanh nghiệp trước ngày 01 tháng 01 năm 2004 được thực hiện theo quy định tương ứng trong các văn bản quy phạm pháp luật về thuế thu nhập doanh nghiệp, pháp luật về đầu tư nước ngoài tại Việt Nam, pháp luật về khuyến khích đầu tư trong nước và các văn bản quy phạm pháp luật khác đã ban hành trước ngày Nghị định này có hiệu lực thi hành.”

Như vậy, theo quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 50 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP nêu trên thì các doanh nghiệp có vốn đầu tư nước ngoài, doanh nghiệp trong nước chuyên hoạt động trong lĩnh vực đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, phát triển nhà nếu đang được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp theo các văn bản pháp luật (trước thời điểm 01/01/2004), các ưu đãi này đã được ghi trên Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do cơ quan có thẩm quyền cấp cho doanh nghiệp và còn thời gian ưu đãi còn lại thì tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế TNDN kéo dài sang năm 2004 và các năm tiếp theo.

Tuy nhiên, cũng tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP nêu trên (Điều 15) lại quy định: “Không áp dụng mức thuế suất ưu đãi; miễn thuế, giảm thuế quy định tại Chương V Nghị định này đối với thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.” Như vậy kể từ thời điểm 01/01/2004 các doanh nghiệp sẽ không được tiếp tục hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.

Để đảm bảo quyền lợi của các doanh nghiệp chuyên hoạt động trong lĩnh vực đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, phát triển nhà, Bộ Tài chính đã báo cáo Thủ tướng Chính phủ cho phép các doanh nghiệp đang hưởng ưu đãi theo Giấy phép đầu tư, Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do cơ quan có thẩm quyền cấp trước ngày 01/01/2004 thì tiếp tục được hưởng ưu đãi về thuế TNDN (kể cả thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất).

Trên cơ sở ý kiến chỉ đạo của Thủ tướng Chính phủ, ngày 29/3/2005, Bộ Tài chính đã ban hành Công văn số 3571 TC/TCT về việc ưu đãi miễn giảm thuế TNDN đối với cơ sở kinh doanh đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, phát triển nhà, trong đó có nội dung hướng dẫn như sau: “2. Doanh nghiệp Nhà nước chuyển thành công ty cổ phần được hưởng ưu đãi miễn giảm thuế TNDN theo Luật khuyến khích đầu tư trong nước nhưng không cần làm thủ tục cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư theo quy định tại khoản 1 Điều 26 Nghị định số 64/2002/NĐ-CP ngày 19/6/2002 của Chính phủ về việc chuyển doanh nghiệp Nhà nước thành công ty cổ phần cũng được hưởng ưu đãi miễn giảm thuế thu nhập doanh nghiệp bao gồm cả thuế thu nhập doanh nghiệp từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất đối với đất được nhà nước giao hoặc có quyền sử dụng đất trước ngày 01/01/2004 để đầu tư xây dựng cơ sở hạ tầng và phát triển nhà.”

Căn cứ các quy định tại Nghị định số 164/2003/NĐ-CP nêu trên thì nội dung hướng dẫn tại khoản 2 Công văn số 3571TC/TCT được hiểu là chỉ áp dụng đối với các doanh nghiệp Nhà nước chuyển thành công ty cổ phần theo quy định tại Nghị định số 64/2002/NĐ-CP ngày 19/6/2002 của Chính phủ nếu thời điểm chuyển đổi thành Công ty cổ phần trước ngày 01/01/2004. Các trường hợp chuyển đổi thành Công ty cổ phần sau ngày 01/01/2004 sẽ không được hưởng ưu đãi đối với thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất, vì theo quy định tại khoản 1 Điều 26 Nghị định 64/2002/NĐ-CP nêu trên thì các doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa sau ngày 01/01/2004 được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp như đối với doanh nghiệp mới thành lập. Mà đối với doanh nghiệp mới thành lập từ thời điểm 01/01/2004 thì không được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ hoạt động chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất (theo quy định tại Điều 15 Nghị định 164/2003/NĐ-CP nêu trên).

Tuy nhiên, trong quá trình thực hiện thực tế có phát sinh các trường hợp doanh nghiệp nhà nước cổ phần hóa sau ngày 01/01/2004 nhưng đã thực hiện các dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, đầu tư phát triển nhà nước ngày 01/01/2004 thuộc danh mục ngành nghề, lĩnh vực hưởng ưu đãi đầu tư theo Luật khuyến khích và đầu tư trong nước và các văn bản hướng dẫn thi hành và đã được cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư đối với các dự án này và còn thời gian ưu đãi còn lại kể từ ngày 01/01/2004 thì doanh nghiệp cổ phần sau chuyển đổi phải được tiếp tục hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất theo đúng quy định tại khoản 2 và khoản 3 Điều 50 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP nêu trên.

Do đó, để hướng dẫn cụ thể việc thực hiện Công văn số 3571 TC/TCT ngày 29/3/2005 của Bộ Tài chính đảm bảo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật nêu trên, ngày 15/10/2009, Tổng cục Thuế đã ban hành Công văn số 4242/TCT-PC về việc thực hiện Công văn số 3571TC/TCT ngày 29/3/2005 của Bộ Tài chính và tiếp theo đó là Công văn số 1957/TCT-PC ngày 04/6/2010 về việc hướng dẫn bổ sung Công văn số 4242/TCT-PC ngày 15/10/2009, trong đó hướng dẫn rõ các điều kiện để được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất đối với trường hợp doanh nghiệp nhà nước chuyển thành công ty cổ phần trước và sau ngày 01/01/2004. Đối với trường hợp doanh nghiệp Nhà nước chuyển thành công ty cổ phần sau ngày 01/01/2004 nhưng có thực hiện dự án đầu tư phát triển cơ sở hạ tầng, đầu tư phát triển nhà nước ngày 01/01/2004 thì một trong các điều kiện để được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất đối với các dự án này là “thuộc trường hợp hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp ghi trên Giấy chứng nhận ưu đãi đầu tư do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp đối với các dự án này và còn thời gian ưu đãi về thuế TNDN cho năm 2004 và các năm tiếp theo”.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế thành phố Hồ Chí Minh biết và thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật và các văn bản hướng dẫn của Bộ Tài chính và Tổng cục Thuế nêu trên.