Công văn 1988/TCHQ-TXNK năm 2015 do Tổng cục Hải quan ban hành hướng dẫn chi tiết về việc xử lý thuế nhập khẩu đối với hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định của các dự án phức hợp. Đây là văn bản pháp lý quan trọng giúp tháo gỡ khó khăn cho doanh nghiệp và thống nhất quy trình thực hiện tại các cục hải quan địa phương đối với loại hình dự án có nhiều hạng mục công trình đan xen giữa đối tượng được hưởng ưu đãi và không được hưởng ưu đãi đầu tư.

- Nguyên tắc áp dụng ưu đãi thuế nhập khẩu đối với dự án phức hợp

• Hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định của dự án phức hợp chỉ được miễn thuế nhập khẩu đối với các hạng mục công trình, phân khu chức năng thực tế thuộc lĩnh vực hoặc địa bàn được hưởng ưu đãi đầu tư theo quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu và pháp luật về đầu tư.
• Đối với các hạng mục công trình không thuộc diện ưu đãi đầu tư (ví dụ: khu biệt thự, căn hộ cao cấp để bán hoặc cho thuê thương mại trong một dự án khu nghỉ dưỡng phức hợp), hàng hóa nhập khẩu để tạo tài sản cố định cho các hạng mục này phải nộp đủ thuế nhập khẩu theo quy định hiện hành.
• Trường hợp dự án có các hạng mục cơ sở hạ tầng dùng chung cho cả phần được ưu đãi và phần không được ưu đãi (như hệ thống cấp thoát nước, trạm biến áp, đường giao thông nội bộ, khuôn viên cảnh quan), việc xác định miễn thuế nhập khẩu đối với hàng hóa xây dựng các hạng mục này sẽ được phân bổ theo tỷ lệ diện tích sàn xây dựng hoặc tỷ lệ vốn đầu tư tương ứng của phần dự án được hưởng ưu đãi.

- Quy định về đăng ký Danh mục hàng hóa miễn thuế

• Chủ đầu tư dự án phức hợp có trách nhiệm tự xác định, bóc tách và kê khai chi tiết danh mục hàng hóa nhập khẩu miễn thuế cho từng hạng mục công trình cụ thể được hưởng ưu đãi trước khi thực hiện đăng ký với cơ quan hải quan.
• Hồ sơ đăng ký danh mục hàng hóa miễn thuế phải đính kèm các tài liệu pháp lý liên quan bao gồm: Giấy chứng nhận đầu tư, thuyết minh dự án, thiết kế cơ sở hoặc luận chứng kinh tế kỹ thuật đã được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt để làm căn cứ đối chiếu.
• Cơ quan hải quan nơi tiếp nhận hồ sơ có trách nhiệm kiểm tra tính hợp lệ, đối chiếu quy mô, công suất của dự án để thực hiện cấp Phiếu theo dõi trừ lùi hàng hóa nhập khẩu miễn thuế đúng quy định, tránh việc lợi dụng chính sách để nhập khẩu miễn thuế cho các hạng mục không được ưu đãi.

- Công tác kiểm tra, giám sát sau thông quan và xử lý vi phạm

• Cơ quan hải quan sẽ tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan tại trụ sở của doanh nghiệp nhằm xác định tính chính xác của việc phân bổ, lắp đặt và sử dụng hàng hóa nhập khẩu miễn thuế tại các hạng mục công trình của dự án phức hợp.
• Trường hợp phát hiện doanh nghiệp sử dụng hàng hóa đã được miễn thuế vào các hạng mục công trình không thuộc diện ưu đãi hoặc tự ý chuyển nhượng, thay đổi mục đích sử dụng mà không khai báo, cơ quan hải quan sẽ tiến hành truy thu đủ số tiền thuế miễn sai quy định.
• Doanh nghiệp vi phạm sẽ bị xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực hải quan và phải nộp tiền chậm nộp tính trên số tiền thuế truy thu theo quy định của Luật Quản lý thuế.