Tổng cục Thuế nhận được công văn số TVJV/NBIA/MOF/0015 ngày 30/12/2013 của Liên danh Taisei-Vinaconex, Nhà thầu chính dự án xây dựng nhà ga hành khách T2- Cảng hàng không quốc tế Nội Bài báo cáo về việc nhà thầu chính phải nộp thuế GTGT hai lần đối với hàng hóa nhập khẩu (một lần ở khâu nhập khẩu, một lần ở khâu thanh toán cho nhà thầu phụ). Sau khi lấy ý kiến các Vụ của Bộ Tài chính (Vụ Chính sách thuế, Vụ Pháp chế), báo cáo và được sự đồng ý Bộ Tài chính, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại khoản 1, 2 Điều 15 Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11/1/2012 của Bộ Tài chính về thuế GTGT hướng dẫn như sau:

“1. Có hóa đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT".

Tại khoản 1, 2 Điều 15 Thông tư số 219/2013/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn như sau:

“1. Có hoá đơn giá trị gia tăng hợp pháp của hàng hóa, dịch vụ mua vào hoặc chứng từ nộp thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu hoặc chứng từ nộp thuế GTGT thay cho phía nước ngoài theo hướng dẫn của Bộ Tài chính áp dụng đối với các tổ chức nước ngoài không có tư cách pháp nhân Việt Nam và cá nhân nước ngoài kinh doanh hoặc có thu nhập phát sinh tại Việt Nam.

2. Có chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt gồm chứng từ thanh toán qua ngân hàng và chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt khác hướng dẫn tại khoản 3 và khoản 4 Điều này”.

Trường hợp theo trình bày của Nhà thầu chính (Liên danh Taisei-Vinaconex - Bên B) thực hiện Dự án xây dựng nhà ga hành khách T2 - Cảng hàng không quốc tế Nội Bài, sau khi xem xét tính chất đặc thù của Dự án, Tổng cục Thuế chấp thuận:

Trường hợp Nhà thầu chính (Liên danh Taisei-Vinaconex - Bên B) và Chủ đầu tư (Bên A) đã thống nhất và được cơ quan hải quan chấp thuận Bên B đứng tên trên tờ khai hải quan nhập khẩu máy móc thiết bị từ nước ngoài, đã thực hiện nộp thuế GTGT ở khâu nhập khẩu đối với số máy móc, thiết bị này, đồng thời Nhà thầu chính nộp thuế GTGT một lần nữa khi nhận hóa đơn GTGT từ Nhà thầu phụ thì Nhà thầu chính được kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với số thuế GTGT đã nộp ở khâu nhập khẩu và số thuế GTGT trên hóa đơn GTGT đã trả cho Nhà thầu phụ.

Tổng cục Thuế trả lời để Liên doanh Taisei-Vinaconex được biết.