Kính gửi: Cục thuế tỉnh Bình Thuận.

Trả lời công văn số 254/CT-TTHT ngày 15/02/2012 của Cục Thuế tỉnh Bình Thuận nêu vướng mắc về khấu trừ thuế GTGT đầu vào của cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thủy, hải sản, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Tại Điểm 1, Mục II, Phần A Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn đối tượng không chịu thuế GTGT như sau:

“1. Sản phẩm trồng trọt (bao gồm cả sản phẩm rừng trồng), chăn nuôi, thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt chưa chế biến thành các sản phẩm khác hoặc chỉ qua sơ chế thông thường của tổ chức, cá nhân tự sản xuất, đánh bắt bán ra và ở khâu nhập khẩu.

Các sản phẩm mới qua sơ chế thông thường là sản phẩm mới được làm sạch, phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt lát, ướp muối, bảo quản lạnh và các hình thức bảo quản thông thường khác.

Ví dụ 1: phơi, sấy khô, bóc vỏ, tách hạt, cắt lát các sản phẩm trồng trọt; làm sạch, phơi, sấy khô, ướp muối, ướp đá các sản phẩm thủy sản, hải sản nuôi trồng, đánh bắt khác.”

Tại Điểm 1.2.c.4 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào như sau:

“c.4. Cơ sở sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp, nuôi trồng đánh bắt thủy, hải sản có tổ chức sản xuất khép kín, hạch toán kết quả sản xuất kinh doanh tập trung có sử dụng sản phẩm ở các khâu sản xuất nông nghiệp, lâm nghiệp; nuôi trồng, đánh bắt thủy, hải sản làm nguyên liệu để tiếp tục sản xuất chế biến ra sản phẩm chịu thuế GTGT (bao gồm sản phẩm nông, lâm, thủy sản chưa qua chế biến xuất khẩu hoặc sản phẩm đã qua chế biến thuộc đối tượng chịu thuế GTGT) được kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào phục vụ cho sản xuất kinh doanh ở tất cả các khâu đầu tư xây dựng cơ bản, sản xuất, chế biến. Trường hợp cơ sở có bán hàng hóa là sản phẩm nông, lâm, thủy hải sản chưa qua chế biến hoặc mới qua sơ chế thông thường thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT thì số thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào được tính khấu trừ theo tỷ lệ (%) doanh số hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT so với tổng doanh số của hàng hóa, dịch vụ bán ra.”

Căn cứ quy định trên, trường hợp Công ty TNHH Thông Thuận có trụ sở tại tỉnh Bình Thuận đầu tư 100% vốn thành lập Công ty TNHH Thủy sản Thông Thuận - Ninh Thuận có trụ sở tại tỉnh Ninh Thuận; Công ty TNHH Thủy sản Thông Thuận - Ninh Thuận hạch toán độc lập với Công ty TNHH Thông Thuận thì Công ty TNHH Thông Thuận không được kê khai và khấu trừ thuế GTGT đầu vào theo hướng dẫn tại Điểm 1.2.c.4 Mục III Phần B Thông tư số 129/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính. Sản phẩm tôm thịt do Công ty TNHH Thông Thuận nuôi trồng bán ra cho Công ty TNHH Thủy sản Thông Thuận - Ninh Thuận thuộc đối tượng không chịu thuế GTGT.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Bình Thuận biết.