Công văn 16656/CHQ-GSQL năm 2025 do Cục Hải quan ban hành hướng dẫn chi tiết về thủ tục hải quan nhập khẩu và các nghĩa vụ liên quan khi thực hiện sáp nhập công ty. Đây là văn bản hướng dẫn quan trọng giúp các doanh nghiệp thực hiện quá trình sáp nhập (M&A) chuyển giao tài sản, nguyên liệu, máy móc thiết bị nhập khẩu một cách đúng quy định pháp luật, tránh các rủi ro về thuế và thủ tục hải quan.

Khi thực hiện sáp nhập doanh nghiệp, công ty nhận sáp nhập sẽ kế thừa toàn bộ quyền, lợi ích hợp pháp và nghĩa vụ của công ty bị sáp nhập theo quy định của Luật Doanh nghiệp. Cụ thể trong lĩnh vực hải quan:

• Công ty nhận sáp nhập chịu trách nhiệm kế thừa toàn bộ các khoản nợ thuế, tiền chậm nộp, tiền phạt (nếu có) của công ty bị sáp nhập đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu.
• Kế thừa các quyền lợi về ưu đãi thuế, hoàn thuế, không thu thuế đối với các lô hàng nhập khẩu chưa hoàn thành thủ tục hoặc đang trong quá trình sản xuất, xuất khẩu.
• Tiếp quản và thực hiện các hợp đồng gia công, sản xuất xuất khẩu, hoặc các dự án ưu đãi đầu tư mà công ty bị sáp nhập đang thực hiện dở dang.

Đối với máy móc, thiết bị, phương tiện vận tải nhập khẩu tạo tài sản cố định đã được miễn thuế nhập khẩu của công ty bị sáp nhập chuyển giao sang công ty nhận sáp nhập:

• Thông báo chuyển giao tài sản: Doanh nghiệp phải thực hiện thông báo cho cơ quan hải quan nơi quản lý danh mục miễn thuế hoặc nơi đăng ký tờ khai hải quan trước đó về việc chuyển giao tài sản do sáp nhập.
• Thủ tục đăng ký tờ khai mới: Công ty nhận sáp nhập thực hiện đăng ký tờ khai hải quan mới đối với tài sản nhận chuyển giao theo diện thay đổi mục đích sử dụng hoặc chuyển nhượng quyền sở hữu, trong đó ghi rõ lý do sáp nhập doanh nghiệp.
• Chính sách thuế: Nếu công ty nhận sáp nhập vẫn tiếp tục sử dụng tài sản đó vào dự án ưu đãi đầu tư thuộc đối tượng miễn thuế thì được tiếp tục miễn thuế nhập khẩu. Trường hợp không thuộc đối tượng ưu đãi, doanh nghiệp phải kê khai và nộp đủ các loại thuế theo quy định tại thời điểm chuyển nhượng.

Đối với nguyên liệu, vật tư, linh kiện nhập khẩu để gia công, sản xuất xuất khẩu chưa đưa vào sản xuất hoặc đã sản xuất nhưng chưa xuất khẩu sản phẩm:

• Báo cáo quyết toán và kiểm kê: Công ty bị sáp nhập phải thực hiện chốt số liệu tồn kho, lập báo cáo quyết toán tình hình sử dụng nguyên liệu, vật tư nhập khẩu gửi cơ quan hải quan quản lý trực tiếp tính đến thời điểm sáp nhập.
• Thủ tục chuyển giao nguyên liệu: Doanh nghiệp thực hiện thủ tục chuyển giao nguyên liệu, vật tư, máy móc thiết bị thuê, mượn từ công ty bị sáp nhập sang công ty nhận sáp nhập. Thủ tục này được thực hiện thông qua tờ khai hải quan xuất khẩu, nhập khẩu tại chỗ hoặc theo hướng dẫn chuyển giao quyền và nghĩa vụ hợp đồng gia công.
• Tiếp tục theo dõi và báo cáo: Công ty nhận sáp nhập có trách nhiệm theo dõi, sử dụng đúng mục đích và thực hiện báo cáo quyết toán định kỳ đối với lượng nguyên liệu, vật tư nhận chuyển giao này cho cơ quan hải quan.

Để đảm bảo quá trình sáp nhập diễn ra thông suốt và đúng pháp luật, các bên liên quan cần lưu ý:

• Đối với doanh nghiệp: Phải chủ động rà soát, đối chiếu số liệu tồn kho thực tế với số liệu trên hệ thống hải quan trước khi sáp nhập. Thực hiện đầy đủ nghĩa vụ khai báo, nộp hồ sơ sáp nhập doanh nghiệp, quyết định sáp nhập và các chứng từ pháp lý liên quan cho cơ quan hải quan có thẩm quyền.
• Đối với cơ quan hải quan: Thực hiện kiểm tra, giám sát quá trình chuyển giao tài sản, nguyên liệu; hỗ trợ doanh nghiệp cập nhật thông tin mã số thuế mới (nếu có thay đổi) trên hệ thống thông tin hải quan; tiến hành kiểm tra sau thông quan hoặc kiểm tra tình hình sử dụng hàng hóa tại trụ sở doanh nghiệp khi cần thiết để đảm bảo tính tuân thủ pháp luật.