Công văn 16603/BTC-CST do Bộ Tài chính ban hành là văn bản hướng dẫn quan trọng nhằm tháo gỡ các vướng mắc liên quan đến công tác hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với hàng hóa xuất khẩu. Văn bản này tập trung làm rõ các quy định tại Luật số 106/2016/QH13 và Thông tư số 130/2016/TT-BTC, đặc biệt là việc xác định đối tượng không được hoàn thuế đối với trường hợp hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu.

- Phạm vi áp dụng và mục tiêu của Công văn 16603/BTC-CST

• Văn bản hướng dẫn thống nhất cho các Cục Thuế tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương về việc thực hiện hoàn thuế GTGT đối với hoạt động xuất khẩu nhằm đảm bảo tính đồng bộ trong hệ thống quản lý thuế.
• Giải quyết triệt để các vướng mắc phát sinh trong thực tế khi doanh nghiệp thực hiện hoạt động kinh doanh xuất nhập khẩu, đảm bảo tính minh bạch và đúng quy định pháp luật.
• Đảm bảo việc áp dụng nhất quán các quy định mới của Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật Thuế giá trị gia tăng, Luật Thuế tiêu thụ đặc biệt và Luật Quản lý thuế (Luật số 106/2016/QH13).

- Quy định cụ thể về hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn thuế

Theo hướng dẫn của Bộ Tài chính, quy định không hoàn thuế GTGT đối với hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu được áp dụng cụ thể như sau:

• Trường hợp không được hoàn thuế: Cơ sở kinh doanh có hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu (bao gồm cả trường hợp xuất khẩu vào khu phi thuế quan hoặc xuất khẩu ra nước ngoài) thì không thuộc đối tượng được hoàn thuế GTGT đối với số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa này tại khâu xuất khẩu.
• Phân biệt với hoạt động sản xuất, gia công: Quy định không hoàn thuế nêu trên không áp dụng đối với trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu nguyên liệu, vật tư, linh kiện để phục vụ cho hoạt động sản xuất, gia công hàng hóa xuất khẩu. Các trường hợp này vẫn được xem xét hoàn thuế GTGT theo quy định nếu đáp ứng đầy đủ các điều kiện về khấu trừ, hoàn thuế đối với hàng xuất khẩu.
• Mục đích quy định: Nhằm hạn chế tình trạng gian lận hoàn thuế GTGT thông qua hình thức tạm nhập tái xuất hoặc mua bán lòng vòng hàng hóa nhập khẩu rồi xuất khẩu mà không qua quá trình chế biến, sản xuất tạo ra giá trị gia tăng tại Việt Nam.

- Hướng dẫn kê khai, khấu trừ thuế GTGT đầu vào

Đối với số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu không được hoàn thuế, Bộ Tài chính hướng dẫn phương án xử lý cho doanh nghiệp:

• Doanh nghiệp được thực hiện kê khai, khấu trừ số thuế GTGT đầu vào này với số thuế GTGT đầu ra của hoạt động sản xuất kinh doanh trong nước nếu đáp ứng đủ điều kiện khấu trừ theo quy định.
• Trường hợp doanh nghiệp không hạch toán riêng được số thuế GTGT đầu vào của hàng hóa nhập khẩu sau đó xuất khẩu với số thuế GTGT đầu vào của hoạt động sản xuất kinh doanh khác, doanh nghiệp phải thực hiện phân bổ theo tỷ lệ doanh thu của từng hoạt động theo quy định của pháp luật về thuế GTGT.

- Trách nhiệm của cơ quan thuế địa phương

• Các Cục Thuế có trách nhiệm phổ biến, hướng dẫn và hỗ trợ người nộp thuế trên địa bàn hiểu rõ và thực hiện đúng tinh thần của Công văn 16603/BTC-CST.
• Tăng cường công tác thanh tra, kiểm tra đối với các hồ sơ hoàn thuế GTGT của doanh nghiệp có hoạt động xuất khẩu, đặc biệt lưu ý kiểm tra tính hợp pháp của nguồn gốc hàng hóa để tránh việc trục lợi chính sách hoàn thuế.
• Giải quyết kịp thời các hồ sơ đề nghị hoàn thuế hợp lệ của doanh nghiệp, tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động sản xuất kinh doanh và xuất khẩu lành mạnh.