Để hướng dẫn thực hiện chính sách thuế và ưu đãi thuế đối với chương trình, dự án sử dụng nguồn hỗ trợ phát triển chính thức (ODA), Bộ Tài chính đã ban hành Thông tư số 123/2007/TT-BTC ngày 23/10/2007, trong đó hướng dẫn cụ thể các loại thuế được miễn, các loại thuế phải nộp phù hợp với từng loại hình dự án ODA (viện trợ không hoàn lại hoặc vay ưu đãi); trách nhiệm của chủ dự án ODA, trách nhiệm của cơ quan thuế trong việc thực hiện nghĩa vụ trong quá trình thực hiện dự án ODA.

Tuy nhiên, thời gian vừa qua, Bộ Tài chính nhận được phản ánh về các vướng mắc liên quan đến việc thực hiện nghĩa vụ thuế trong quá trình thực hiện dự án, chủ yếu như sau:

- Tại hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ ký giữa chủ dự án và nhà thầu chính quy định giá hợp đồng không bao gồm các khoản thuế phải nộp và trách nhiệm thuộc về chủ dự án nhưng chủ dự án không lập kế hoạch bố trí vốn đối ứng nên không có nguồn để nộp thuế; không quy định cụ thể hoặc quy định không rõ ràng trách nhiệm thực hiện nghĩa vụ thuế theo quy định của pháp luật về thuế do bên nào chịu nên dẫn đến tranh chấp trong quá trình thực hiện, cá biệt có trường hợp đề nghị giải quyết bằng tòa án quốc tế (đối với trường hợp nhà thầu chính là nhà thầu nước ngoài); thỏa thuận về nghĩa vụ thuế của các bên không đúng quy định của pháp luật về thuế tại thời điểm ký hợp đồng (ví dụ: tại hợp đồng quy định cá nhân được miễn thuế thu nhập cá nhân, hoặc nhà thầu nước ngoài được miễn thuế thu nhập doanh nghiệp);

- Không lập kế hoạch tài chính, lập kế hoạch tài chính không kịp thời hoặc không đủ để nộp thuế trong quá trình thực hiện dự án dẫn đến không có nguồn vốn để nộp thuế khi phát sinh nghĩa vụ thuế, bị phạt chậm nộp thuế; có trường hợp bị cưỡng chế hải quan không được nhập khẩu các lô hàng;

- Nhà thầu chính thực hiện dự án ODA không biết hoặc không được chủ dự án cung cấp thông tin, văn bản quy định về nguồn vốn thực hiện dự án là viện trợ không hoàn lại, vay ưu đãi hoặc vốn hỗn hợp để xác định nghĩa vụ thuế của nhà thầu phù hợp với nguồn vốn của dự án;

- Chủ dự án, nhà thầu chính chưa chủ động nghiên cứu chính sách thuế áp dụng đối với dự án ODA từ khâu lập dự án, thỏa thuận tại các hợp đồng thầu đến khi tổ chức thực hiện phát sinh nhiều vướng mắc đôi khi ảnh hưởng đến chất lượng và thời gian thực hiện dự án.

Để đẩy nhanh việc giải ngân ODA, nâng cao hiệu quả quản lý và sử dụng vốn ODA, tránh gặp phải các vướng mắc nêu trên, Bộ Tài chính đề nghị các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân các địa phương khi phê duyệt dự án hoặc trong quá trình thực hiện dự án chỉ đạo chủ dự án, cơ quan thuế như sau:

- Thực hiện nghiêm túc, kịp thời các trách nhiệm về thực hiện nghĩa vụ thuế như hướng dẫn tại mục V Thông tư số 123/2007/TT-BTC ngày 23/10/2007. Trường hợp xảy ra các vướng mắc liên quan đến việc thực hiện các quy định pháp luật về thuế ảnh hưởng đến việc thực hiện dự án cần xác định rõ nguyên nhân, phối hợp với cơ quan tài chính, thuế để có biện pháp giải quyết kịp thời.

- Chủ dự án ODA chủ động liên hệ với các Cục thuế địa phương để được hướng dẫn về xác định nghĩa vụ thuế khi phê duyệt dự án và trong quá trình thực hiện dự án. Đối với các dự án ODA bao gồm dự án tại trung ương và dự án tại địa phương: căn cứ mô hình tổ chức thực hiện dự án, hình thức, giải ngân, chủ dự án thông báo cho Cục thuế địa phương có các dự án ODA để phối hợp tổ chức thực hiện.

Trong quá trình thực hiện nếu còn vướng mắc đề nghị phản ánh về Bộ Tài chính để phối hợp giải quyết kịp thời.