Kính gửi: Ủy ban nhân dân thành phố Hồ Chí Minh

Bộ Tài chính nhận được công văn số 3917/UBND-TM ngày 09/07/2015 của UBND thành phố Hồ Chí Minh về việc miễn thuế thu nhập doanh nghiệp khi chuyển nhượng nhà xưởng của Công ty TNHH Sản xuất cân Nhơn Hòa tại khu đất 124/9B đường Ung Văn Khiêm, quận Bình Thạnh. Về vấn đề này, Bộ Tài chính có ý kiến như sau:

- Giai đoạn trước năm 2009: Tại Khoản 3 Điều 11 Nghị định số 164/2003/NĐ-CP ngày 22/12/2003 của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11 ngày 17/6/2003 của Quốc hội khóa 11 và Khoản 3 Điều 11 Nghị định số 24/2007/NĐ-CP ngày 14/02/2007 quy định chi tiết thi hành Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 09/2003/QH11 nêu trên quy định: Tổ chức sản xuất, kinh doanh bán nhà xưởng cùng với chuyển quyền sử dụng đất hoặc chuyển quyền thuê đất để di chuyển địa điểm theo quy hoạch không thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất.

- Giai đoạn từ năm 2009: Tại Khoản 2 Điều 3 của Luật thuế thu nhập doanh nghiệp số 14/2008/QH12 ngày 03/06/2008 của Quốc hội khóa 12 quy định thu nhập từ chuyển nhượng bất động sản là thu nhập khác của doanh nghiệp. Tại Nghị định của Chính phủ quy định chi tiết thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp bỏ quy định về đối tượng không thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất đối với trường hợp tổ chức sản xuất, kinh doanh bán nhà xưởng cùng với chuyển quyền sử dụng đất hoặc chuyển quyền thuê đất để di chuyển địa điểm theo quy hoạch.

- Khoản 2 Điều 16 Thông tư số 78/2014/TT-BTC ngày 18/06/2014 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành Nghị định số 218/2013/NĐ-CP ngày 26/12/2013 của Chính phủ quy định và hướng dẫn thi hành Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“2. Thu nhập từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản bao gồm: thu nhập từ chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất (gồm cả chuyển nhượng dự án gắn với chuyển nhượng quyền sử dụng đất, quyền thuê đất theo quy định của pháp luật); Thu nhập từ hoạt động cho thuê lại đất của doanh nghiệp kinh doanh bất động sản theo quy định của pháp luật về đất đai không phân biệt có hay không có kết cấu hạ tầng, công trình kiến trúc gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng nhà, công trình xây dựng gắn liền với đất, kể cả các tài sản gắn liền với nhà, công trình xây dựng đó nếu không tách riêng giá trị tài sản khi chuyển nhượng không phân biệt có hay không có chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển nhượng quyền thuê đất; Thu nhập từ chuyển nhượng các tài sản gắn liền với đất; Thu nhập từ chuyển nhượng quyền sở hữu hoặc quyền sử dụng nhà ở.”

Căn cứ các quy định nêu trên, trước năm 2009, doanh nghiệp thực hiện bán nhà xưởng cùng với chuyển quyền sử dụng đất hoặc chuyển quyền thuê đất để di chuyển địa điểm theo quy hoạch theo Quyết định của Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố thì doanh nghiệp được hưởng ưu đãi không thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất. Từ năm 2009 trở đi, chính sách thuế thu nhập doanh nghiệp đã được sửa đổi, bổ sung (Luật thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành đã bỏ quy định ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp di chuyển địa điểm theo quy hoạch) nên doanh nghiệp thực hiện chuyển nhượng nhà xưởng và quyền sử dụng đất không được hưởng chính sách ưu đãi nêu trên và phải kê khai nộp thuế thu nhập doanh nghiệp từ hoạt động chuyển nhượng bất động sản theo quy định.

Thực tế trường hợp Công ty TNHH Sản xuất cân Nhơn Hòa thuộc đối tượng UBND thành phố Hồ Chí Minh phê duyệt danh sách các đơn vị sản xuất kinh doanh gây ô nhiễm cần phải di dời trên địa bàn quận Bình Thạnh (theo Quyết định số 5333/QĐ-UB ngày 29/10/2004). Chấp hành chủ trương nêu trên, Công ty đã mua đất mở rộng mặt bằng nhà máy tại quận Thủ Đức và di dời nhà xưởng tại quận Bình Thạnh về ổn định sản xuất tại đây. Năm 2006, do quy hoạch của địa phương khu đất của Công ty thuộc dự án xây dựng trường học nên Công ty không được chuyển nhượng mặt bằng nhà xưởng tại số 124/9B đường Ung Văn Khiêm, Phường 25, Quận Bình Thạnh, đồng thời, địa phương đã tạm ứng tiền cho Công ty nhằm hỗ trợ Công ty giảm bớt khó khăn khi di dời và đầu tư cơ sở sản xuất mới (vào thời điểm này, việc chuyển nhượng quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất để di dời theo quy hoạch của Công ty thuộc trường hợp được hưởng ưu đãi không thuộc diện chịu thuế thu nhập doanh nghiệp). Nhưng thực tế, đến năm 2013, địa phương không còn kế hoạch sử dụng mặt bằng để làm trường học nên đã trả lại mặt bằng cho Công ty và Công ty cũng đã hoàn trả số tiền đã được tạm ứng.

Như vậy, quá trình thực hiện di dời và chuyển nhượng quyền sử dụng đất của Công ty được thực hiện một phần trước năm 2009 (thời gian được hưởng ưu đãi không thuộc diện chịu thuế thu nhập từ chuyển quyền sử dụng đất, chuyển quyền thuê đất) và một phần sau năm 2009 (thời gian không được hưởng chính sách ưu đãi nêu trên) do địa phương điều chỉnh chính sách và quy hoạch.

Từ các nội dung nêu trên, Bộ Tài chính đề nghị UBND thành phố Hồ Chí Minh nghiên cứu chỉ đạo Cục Thuế, Sở Tài chính tổng hợp quá trình xử lý đối với trường hợp của Công ty và báo cáo phương án phù hợp để có căn cứ báo cáo Thủ tướng Chính phủ xem xét quyết định theo thẩm quyền.

Bộ Tài chính thông báo để UBND thành phố Hồ Chí Minh được biết và thực hiện./.