b) Trừ vào số tiền thuế phải nộp của lần nộp thuế tiếp theo;

c) Hoàn trả tiền thuế, tiền phạt nộp thừa khi người nộp thuế không còn nợ tiền thuế, tiền phạt (bao gồm cả trường hợp nộp thừa do thuộc đối tượng không chịu thuế giá trị gia tăng)".

Khoản 1, khoản 2.1 Phần D Thông tư số 130/2008/TT-BTC ngày 26/12/2008 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế thu nhập doanh nghiệp quy định:

“Doanh nghiệp nộp thuế tại nơi có trụ sở chính. Trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với địa bàn nơi doanh nghiệp đóng trụ sở chính thì số thuế được tính nộp ở nơi có trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất…”

…

“Số thuế thu nhập doanh nghiệp tỉnh nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp”

Khoản 7 Điều 11 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/02/2011 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, hướng dẫn thi hành Nghị định 85/2007/NĐ-CP ngày 25/5/2007 và Nghị định 106/2010/NĐ-CP của Chính phủ quy định:

"7. Khai thuế thu nhập doanh nghiệp đối với trường hợp doanh nghiệp có cơ sở sản xuất (bao gồm cả cơ sở gia công, lắp ráp) hạch toán phụ thuộc hoạt động tại địa bàn tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương khác với địa bàn nơi đơn vị đóng trụ sở chính thì khi nộp hồ sơ khai thuế thu nhập doanh nghiệp, doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai tập trung tại trụ sở chính cả phần phát sinh tại nơi đóng trụ sở chính và ở nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.

Số thuế thu nhập doanh nghiệp tỉnh nộp ở tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương nơi có cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp trong kỳ nhân (x) tỷ lệ chi phí của cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc với tổng chi phí của doanh nghiệp"

Doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính có trách nhiệm khai thuế, nộp thuế thu nhập doanh nghiệp đối với số thuế thu nhập phát sinh tại trụ sở chính và tại cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc theo phụ lục số 05/TNDN ban hành kèm theo Thông tư này (bao gồm khai tạm tính theo quý và khai quyết toán theo năm) cho cơ quan thuế quản lý trụ sở chính đồng thời gửi 1 bản cho các cơ quan thuế quản lý các cơ sở sản xuất hạch toán phụ thuộc.

... Doanh nghiệp khai quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp tại nơi đóng trụ sở chính, số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp được xác định bằng số thuế thu nhập doanh nghiệp phải nộp theo quyết toán trừ đi số đã tạm nộp tại nơi đóng trụ sở chính và tạm nộp tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc. Số thuế thu nhập doanh nghiệp còn phải nộp hoặc hoàn khi quyết toán cũng được phân bổ theo đúng tỷ lệ tại nơi đóng trụ sở chính và tại nơi có các cơ sở sản xuất phụ thuộc”.

Điểm b khoản 2 Điều 53 Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính quy định về hoàn trả tiền thuế:

“b) Trường hợp hoàn các khoản thuế (trừ thuế GTGT, thuế TNCN) mà người nộp thuế đăng ký thuế tại một địa phương nhưng nộp thuế tại nhiều địa phương khác, cơ quan thuế lập và gửi Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN cho Kho bạc nhà nước đồng cấp với cơ quan thu nơi người nộp thuế đăng ký kê khai, quyết toán thuế. Cơ quan thuế phải xác định và phân bổ số tiền phải hoàn trả cho từng địa phương nơi đã thu NSNN, mỗi địa phương ghi một dòng riêng trên Lệnh hoàn trả khoản thu NSNN. Kho bạc nhà nước đồng cấp trên địa bàn thực hiện chuyển toàn bộ số tiền hoàn trả cho người được hoàn trả; làm thủ tục hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm của địa phương mình, đồng thời, chuyển chứng từ để báo Nợ cho các KBNN nơi thu NSNN để hạch toán hoàn trả phần thuộc trách nhiệm hoàn trả của các địa phương đó”.

Căn cứ hướng dẫn nêu trên, trường hợp Công ty TNHH Cargill Việt Nam khi quyết toán thuế TNDN tại trụ sở chính, có số thuế TNDN nộp thừa thì số thuế nộp thừa được bù trừ cho số thuế còn phải nộp tại chi nhánh tỉnh Long An.

Đề nghị Cục Thuế tỉnh Đồng Nai kiểm tra hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Công ty TNHH Cargill Việt Nam. Trường hợp, trong hồ sơ đề nghị hoàn thuế của Công ty có đề nghị hoàn thuế kiêm bù trừ cho khoản phải nộp ngân sách Nhà nước (theo mẫu số 01/ĐNHT ban hành kèm theo Thông tư số 28/2011/TT-BTC ngày 28/2/2011 của Bộ Tài chính) với số thuế còn phải nộp tại tỉnh Long An thì Công ty TNHH Cargill Việt Nam không bị xử phạt về hành vi nộp chậm tiền thuế thu nhập doanh nghiệp. Trường hợp, Công ty không đề nghị bù trừ với số thuế còn phải nộp tại tỉnh Long An thì Công ty TNHH Cargill Việt Nam phải nộp số tiền thuế còn nợ vào ngân sách Nhà nước như thông báo của Cục Thuế tỉnh Long An và thực hiện nộp phạt tiền thuế chậm nộp theo quy định tại Nghị định số 98/2007/NĐ-CP ngày 07/6/2007 của Chính phủ.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Đồng Nai, Cục Thuế tỉnh Long An, Công ty TNHH Cargill Việt Nam được biết và thực hiện./.