Trả lời văn thư số 1212/NMS-TCKT ngày 12/12/2014 của Công ty về khấu trừ, hoàn thuế giá trị gia tăng, Cục Thuế TP có ý kiến như sau:

Căn cứ Điều 154 Luật Doanh nghiệp số 60/2005/QH11 ngày 29/11/2005 của Quốc hội nước Cộng hòa xã hội chủ nghĩa Việt Nam quy định về chuyển đổi công ty:

“Công ty trách nhiệm hữu hạn (TNHH) có thể được chuyển đổi thành công ty cổ phần hoặc ngược lại.

…

Sau khi đăng ký kinh doanh, công ty được chuyển đổi chấm dứt tồn tại; công ty chuyển đổi được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và nghĩa vụ tài sản khác của công ty được chuyển đổi.”

Căn cứ Điều 18 Thông tư số 219/2014/TT-BTC ngày 31/12/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn về thuế giá trị gia tăng (GTGT) quy định đối tượng và trường hợp được hoàn thuế GTGT:

“1. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế nếu có số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết trong tháng (đối với trường hợp kê khai theo tháng) hoặc trong quý (đối với trường hợp kê khai theo quý) thì được khấu trừ vào kỳ tiếp theo; trường hợp lũy kế sau ít nhất mười hai tháng tính từ tháng đầu tiên hoặc sau ít nhất bốn quý tính từ quý đầu tiên phát sinh số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết mà vẫn còn số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết thì cơ sở kinh doanh được hoàn thuế.

…

5. Cơ sở kinh doanh nộp thuế GTGT theo phương pháp khấu trừ thuế được hoàn thuế GTGT khi chuyển đổi sở hữu, chuyển đổi doanh nghiệp, sáp nhập, hợp nhất, chia, tách, giải thể, phá sản, chấm dứt hoạt động có số thuế GTGT nộp thừa hoặc số thuế GTGT đầu vào chưa được khấu trừ hết.”

Căn cứ các quy định nêu trên:

1) Về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp:

Ngày 10/9/2014, Tổng Cục Thuế có công văn số 3920/TCT-CS hướng dẫn về việc khấu trừ thuế GTGT đầu vào đối với trường hợp thanh toán trong nội bộ doanh nghiệp, Cục Thuế TP cũng đã có công văn số 8253/CT-TTHT ngày 02/10/2014 trả lời cho Công ty, đề nghị Công ty nghiên cứu và thực hiện theo hướng dẫn của Tổng Cục Thuế tại văn bản này (bản chụp đính kèm).

2) Về khấu trừ thuế GTGT đầu vào và hoàn thuế GTGT trong trường hợp Công ty sau khi chuyển đổi loại hình doanh nghiệp:

Trường hợp của Công ty theo trình bày đã thực hiện chuyển đổi loại hình doanh nghiệp từ Công ty TNHH sản xuất và thương mại thép Nguyễn Minh thành Công ty cổ phần sản xuất và thương mại thép Nguyễn Minh (mã số thuế, cơ cấu và vốn chủ sở hữu, địa chỉ trụ sở chính, địa chỉ các chi nhánh không thay đổi) thì công ty được chuyển đổi chấm dứt tồn tại, công ty chuyển đổi được hưởng các quyền và lợi ích hợp pháp, chịu trách nhiệm về các khoản nợ chưa thanh toán, hợp đồng lao động và nghĩa vụ tài sản khác của công ty được chuyển đổi. Trường hợp tại thời điểm chuyển đổi (tháng 4/2014) Công ty được chuyển đổi có số thuế GTGT đầu vào lũy kế liên tục từ tháng 3/2012 đến tháng 4/2014 chưa được khấu trừ hết thì được lập hồ sơ hoàn thuế GTGT hoặc đề nghị cơ quan thuế xác nhận số thuế GTGT đầu vào còn được khấu trừ chưa lập hồ sơ hoàn thuế GTGT để chuyển sang Công ty chuyển đổi để được tiếp tục kê khai khấu trừ thuế GTGT đầu vào tháng 5/2014.

Trường hợp Công ty chuyển đổi có số thuế GTGT đầu vào lũy kế âm liên tục kể từ kỳ kê khai thuế GTGT tháng 3/2012 đến kỳ kê khai thuế GTGT tháng 11/2014 chưa được khấu trừ hết (bao gồm số thuế GTGT còn chưa được khấu trừ hết, được kế thừa từ Công ty được chuyển đổi) thì Công ty chuyển đổi thuộc đối tượng và trường hợp hoàn thuế GTGT theo quy định tại Khoản 1 Điều 18 Thông tư số 219/2013/TT-BTC, Công ty lập hồ sơ hoàn thuế GTGT theo quy định tại Điều 46 Thông tư số 156/2013/TT-BTC ngày 06/11/2013 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Quản lý thuế, gửi cơ quan thuế trực tiếp quản lý để được xem xét giải quyết hoàn thuế cho Công ty.

Cục Thuế TP thông báo Công ty biết để thực hiện theo đúng quy định tại các văn bản quy phạm pháp luật đã được trích dẫn tại văn bản này.