Kính gửi: Cục Thuế tỉnh Long An.

Tổng cục Thuế nhận được công văn số 169/CT-KTNB ngày 27/01/2014 của Cục Thuế tỉnh Long An báo cáo về trường hợp của Công ty TNHH sản xuất thương mại Phương Quân kiến nghị về thuế GTGT. Về vấn đề này, Tổng cục Thuế có ý kiến như sau:

Căn cứ Điểm 2, Điều 15, Thông tư số 06/2012/TT-BTC ngày 11 tháng 1 năm 2012 của Bộ Tài chính hướng dẫn thi hành một số điều của Luật thuế GTGT, hướng dẫn thi hành Nghị định 123/2008/NĐ-CP ngày 8/12/2008 và Nghị định số 121/2011 ngày 22/7/2011 của Chính phủ hướng dẫn:

"2. Có chứng từ thanh toán qua ngân hàng đối với hàng hóa, dịch vụ mua vào (bao gồm cả hàng hóa nhập khẩu) từ hai mươi triệu đồng trở lên, trừ trường hợp tổng giá trị hàng hóa, dịch vụ mua vào từng lần theo hóa đơn dưới hai mươi triệu đồng theo giá đã có thuế GTGT.

a) Chứng từ thanh toán qua ngân hàng được hiểu là có chứng từ chứng minh việc chuyển tiền từ tài khoản của bên mua sang tài khoản của bên bán mở tại các tổ chức cung ứng dịch vụ thanh toán theo các hình thức thanh toán phù hợp với quy định của pháp luật hiện hành như séc, ủy nhiệm chi hoặc lệnh chi, ủy nhiệm thu, thẻ ngân hàng, sim điện thoại (ví điện tử) và các hình thức thanh toán khác theo quy định (bao gồm cả trường hợp bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua sang tài khoản bên bán mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân hoặc bên mua thanh toán từ tài khoản của bên mua mang tên chủ doanh nghiệp tư nhân sang tài khoản bên bán nếu tài khoản này đã được đăng ký giao dịch với cơ quan thuế).

…

c) Đối với hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp có giá trị hàng hóa, dịch vụ mua từ hai mươi triệu đồng trở lên, cơ sở kinh doanh căn cứ vào hợp đồng mua hàng hóa, dịch vụ bằng văn bản, hóa đơn giá trị gia tăng và chứng từ thanh toán qua ngân hàng của hàng hóa, dịch vụ mua trả chậm, trả góp để kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào, đồng thời ghi rõ thời hạn thanh toán vào phần ghi chú trên bảng kê hóa đơn, chứng từ hàng hóa, dịch vụ mua vào. Trường hợp chưa có chứng từ thanh toán qua ngân hàng do chưa đến thời điểm thanh toán theo hợp đồng, cơ sở kinh doanh vẫn được kê khai, khấu trừ thuế giá trị gia tăng đầu vào".

Theo trình bày của Cục thuế tỉnh Long An, Cục thuế tiến hành kiểm tra sau hoàn thuế đối với Công ty TNHH sản xuất thương mại Phương Quân (Công ty Phương Quân) có xuất khẩu gạo sang Trung Quốc, xác định một số chứng từ thanh toán tiền hàng xuất khẩu không đúng theo quy định pháp luật về thuế. Do đó, Cục Thuế tỉnh Long An đã ban hành quyết định số 2630/QĐ-CT ngày 18/11/2013 về việc xử lý về thuế, xử phạt vi phạm hành chính qua kiểm tra sau hoàn thuế. Tuy nhiên, Công ty Phương Quân không đồng ý với một phần nội dung của Quyết định trên nên đã khiếu nại với Cục thuế.

Ngày 29/11/2013, Cục Thuế đã có Quyết định số 2732/QĐ-CT về việc xác minh đơn khiếu nại của Công ty Phương Quân và đã tiến hành kiểm tra xác minh lại hồ sơ kê khai thuế, theo nội dung khiếu nại liên quan đến số thuế GTGT bị thu hồi. Kết quả xác minh của Cục thuế như sau:

- Theo hồ sơ khai thuế GTGT hàng tháng của Công ty Phương Quân, giá trị và thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra của các mặt hàng như gạo, hạt nhựa và các hàng hóa, dịch vụ khác đều tách riêng được.

- Số tiền liên quan đến chứng từ thanh toán không đúng quy định là của mặt hàng gạo, xuất khẩu tại cửa khẩu Lào Cai.

- Công ty Phương Quân đã cung cấp bổ sung chứng từ thanh toán và Cục Thuế đã đối chiếu số chứng từ bổ sung này phù hợp với số lượng hàng bán, giá trị tiền hàng ghi trên hợp đồng bán hàng xuất khẩu, tờ khai Hải quan và hóa đơn GTGT, đồng thời qua trao đổi với Ngân hàng Agribank, chi nhánh Long An thì số chứng từ giao dịch và chứng từ chuyên dùng thanh toán mậu dịch biên giới giữa NH Trung - Việt đều có giá trị pháp lý về thanh toán tiền hàng xuất khẩu.

Căn cứ quy định và theo trình bày của Cục Thuế tỉnh Long An nêu trên, Tổng cục Thuế thống nhất với ý kiến xử lý của Cục thuế tại công văn số 169/CT-KTNB ngày 27/01/2014 như sau:

- Đối với chứng từ thanh toán bổ sung Công ty Phương Quân cung cấp để xác minh trước ngày lập Biên bản kiểm tra sau hoàn thuế thì chấp nhận được hoàn thuế GTGT đầu vào tương ứng đối với hàng hóa xuất khẩu và Công ty Phương Quân không bị xử phạt hành chính đối với hành vi khai sai.

- Đối với số thuế GTGT không đủ điều kiện được hoàn, nếu giá trị và thuế GTGT của hàng hóa, dịch vụ mua vào, bán ra tách riêng được theo hồ sơ khai thuế GTGT hàng tháng thì thống nhất với đề xuất xử lý của Cục Thuế tỉnh tỷ lệ doanh thu theo cách tính 2 tại công văn số 169/CT-KTNB ngày 27/01/2014.

- Đối với các chứng từ thanh toán bổ sung Công ty Phương Quân cung cấp sau ngày lập Biên bản kiểm tra sau hoàn thuế, Công ty Phương Quân được kê khai bổ sung để được khấu trừ hoặc hoàn thuế GTGT đầu vào của mặt hàng gạo liên quan đến chứng từ thanh toán không đúng quy định, Công ty bị xử lý phạt vi phạm hành chính về hành vi kê khai sai, tính tiền phạt chậm nộp theo quy định.

Tổng cục Thuế trả lời để Cục Thuế tỉnh Long An được biết./.