Công văn 1086/TCT/PCCS do Tổng cục Thuế ban hành hướng dẫn về việc miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp đối với các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư, nhằm thống nhất cách hiểu và áp dụng quy định pháp luật thuế trên phạm vi cả nước.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Văn bản này áp dụng đối với các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư thuộc diện được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp, cùng các cục thuế tỉnh, thành phố trực thuộc trung ương chịu trách nhiệm quản lý và thực thi chính sách thuế.

Điều kiện hưởng ưu đãi miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp

• Cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện về ngành nghề, lĩnh vực ưu đãi đầu tư hoặc địa bàn ưu đãi đầu tư theo quy định của pháp luật thuế thu nhập doanh nghiệp hiện hành tại thời điểm cấp phép.
• Mức độ và thời gian ưu đãi thuế (miễn thuế, giảm thuế) được xác định cụ thể dựa trên tỷ lệ lao động, địa bàn kinh tế - xã hội khó khăn hoặc đặc biệt khó khăn, và danh mục lĩnh vực ưu đãi đầu tư được pháp luật thừa nhận.

Phương pháp xác định thời gian miễn, giảm thuế

• Thời gian miễn thuế, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp được tính liên tục kể từ năm tài chính đầu tiên cơ sở kinh doanh có thu nhập chịu thuế (trước khi thực hiện chuyển lỗ từ các năm trước sang).
• Đối với các trường hợp cơ sở kinh doanh hoạt động sản xuất, kinh doanh nhưng chưa có thu nhập chịu thuế trong thời gian ba năm đầu, kể từ năm đầu tiên có doanh thu, thì thời gian miễn thuế, giảm thuế sẽ được tính bắt đầu từ năm thứ tư.

Xử lý ưu đãi thuế khi thay đổi cơ cấu doanh nghiệp

• Trong trường hợp doanh nghiệp thực hiện chia, tách, sáp nhập, hợp nhất hoặc chuyển đổi hình thức sở hữu, nếu thực tế doanh nghiệp sau khi thay đổi vẫn tiếp tục đáp ứng các điều kiện ưu đãi đầu tư thì tiếp tục được hưởng ưu đãi thuế thu nhập doanh nghiệp cho thời gian còn lại của dự án.
• Việc thay đổi cơ cấu tổ chức hoặc hình thức sở hữu không được làm kéo dài thêm tổng thời gian miễn, giảm thuế thu nhập doanh nghiệp so với thời hạn ưu đãi đã được xác định ban đầu.

Trách nhiệm kê khai và kiểm tra thuế

• Doanh nghiệp có trách nhiệm tự xác định các điều kiện ưu đãi, mức thuế suất ưu đãi, thời gian miễn thuế, giảm thuế và số thuế được miễn, giảm để tự kê khai, quyết toán thuế với cơ quan thuế quản lý trực tiếp.
• Cơ quan thuế thực hiện công tác hậu kiểm, thanh tra, kiểm tra hồ sơ quyết toán thuế của doanh nghiệp. Nếu phát hiện doanh nghiệp kê khai không đúng điều kiện ưu đãi, cơ quan thuế sẽ thực hiện truy thu thuế và xử lý vi phạm theo quy định của pháp luật quản lý thuế.

Hiệu lực và hướng dẫn thi hành

Công văn 1086/TCT/PCCS đóng vai trò là văn bản hướng dẫn nghiệp vụ nội bộ ngành thuế, được áp dụng đồng bộ với các quy định tại Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp và các văn bản hướng dẫn thi hành liên quan tại thời điểm ban hành. Các cơ quan thuế địa phương có trách nhiệm phổ biến và hướng dẫn người nộp thuế thực hiện đúng tinh thần của công văn này.