Tóm tắt Thông tư số 205/2009/TT-BTC hướng dẫn thủ tục hoàn thuế giá trị gia tăng (GTGT) đối với thiết bị, máy móc, phương tiện vận tải chuyên dùng, vật tư xây dựng, nguyên liệu, vật tư và bán thành phẩm nằm trong dây chuyền công nghệ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được cần nhập khẩu để tạo tài sản cố định của doanh nghiệp.

Thông tư này do Bộ Tài chính ban hành ngày 26 tháng 10 năm 2009, quy định chi tiết về phạm vi, điều kiện, hồ sơ và quy trình hoàn thuế GTGT đối với các loại hàng hóa nhập khẩu tạo tài sản cố định mà trong nước chưa sản xuất được.

1. Phạm vi và điều kiện áp dụng hoàn thuế GTGT (Điều 1)

Thông tư áp dụng đối với các cơ sở kinh doanh mới thành lập từ dự án đầu tư đã đăng ký kinh doanh nhưng chưa đi vào hoạt động, hoặc cơ sở kinh doanh đang hoạt động có dự án đầu tư cơ sở sản xuất mới tại tỉnh, thành phố khác nơi đóng trụ sở chính (chưa đi vào hoạt động, chưa đăng ký kinh doanh, chưa đăng ký thuế). Để được lựa chọn áp dụng thủ tục hoàn thuế GTGT theo Thông tư này, doanh nghiệp phải đáp ứng đầy đủ các điều kiện sau:

• Cơ sở kinh doanh nộp thuế theo phương pháp khấu trừ, có giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy phép đầu tư/hành nghề; có con dấu, hệ thống sổ sách kế toán theo quy định và có tài khoản ngân hàng theo mã số thuế.
• Có số thuế GTGT phải nộp ở khâu nhập khẩu đối với các loại máy móc, thiết bị, vật tư, nguyên liệu, bán thành phẩm trong dây chuyền công nghệ thuộc loại trong nước chưa sản xuất được để tạo tài sản cố định từ 200 triệu đồng trở lên.
• Dự án đầu tư phải thuộc loại dự án quan trọng quốc gia do Quốc hội quyết định chủ trương đầu tư, hoặc dự án đầu tư thuộc nhóm A theo quy định tại Nghị định số 12/2009/NĐ-CP ngày 12/02/2009 của Chính phủ.
• Dự án đầu tư sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ chịu thuế GTGT hoặc dự án hỗn hợp (vừa chịu thuế vừa không chịu thuế GTGT).

Về việc xác định danh mục hàng hóa trong nước chưa sản xuất được:

• Căn cứ vào Danh mục do Bộ Kế hoạch và Đầu tư ban hành.
• Trường hợp doanh nghiệp nhập khẩu đồng bộ cả dây chuyền công nghệ, trong đó có cả loại trong nước sản xuất được và loại trong nước chưa sản xuất được, doanh nghiệp vẫn được lựa chọn áp dụng thủ tục hoàn thuế theo Thông tư này cho toàn bộ dây chuyền đồng bộ đó.

Các trường hợp loại trừ không được áp dụng bao gồm:

• Tài sản cố định chuyên dùng phục vụ sản xuất vũ khí, khí tài quốc phòng, an ninh.
• Tài sản cố định là nhà làm trụ sở văn phòng và thiết bị chuyên dùng của các tổ chức tín dụng, doanh nghiệp tái bảo hiểm, bảo hiểm nhân thọ, kinh doanh chứng khoán, bệnh viện, trường học.
• Tàu bay dân dụng, du thuyền không sử dụng cho mục đích kinh doanh vận chuyển hàng hóa, hành khách, du lịch, khách sạn.

2. Hồ sơ và trình tự hoàn thuế GTGT (Điều 2)

Thông tư quy định một cơ chế đặc biệt cho phép doanh nghiệp nộp hồ sơ hoàn thuế trước khi có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu nhằm giảm bớt gánh nặng vốn cho doanh nghiệp.

Về hồ sơ hoàn thuế GTGT bao gồm:

• Văn bản đề nghị hoàn thuế theo mẫu số 01/HTBT (ban hành kèm theo Thông tư 60/2007/TT-BTC), nêu rõ lý do hoàn thuế cho hàng nhập khẩu tạo tài sản cố định thuộc loại trong nước chưa sản xuất được và ghi rõ chưa có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.
• Bảng kê khai tổng hợp số thuế GTGT hàng nhập khẩu phát sinh (mẫu số 01-1/HTBT) có xác nhận của cơ quan hải quan. Trong đó, chỉ tiêu "Số thuế đầu vào được khấu trừ" và "Số thuế đầu vào lớn hơn số thuế đầu ra đề nghị được hoàn lại" ghi số thuế phát sinh; chỉ tiêu "Số thuế phát sinh đầu ra" để trống; chỉ tiêu "Số thuế đã nộp" ghi rõ "nợ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu".
• Bảng kê các tờ khai hải quan (mẫu số 01-2/GTGT) có xác nhận của cơ quan hải quan. Trong đó, thay thế các chỉ tiêu về hóa đơn bằng thông tin tờ khai hải quan tương ứng và tại cột ghi chú ghi rõ "nợ chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu".

Về trình tự, thủ tục giải quyết hoàn thuế:

• Bước 1: Doanh nghiệp lập và gửi hồ sơ hoàn thuế (chưa có chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu) đến cơ quan thuế. Doanh nghiệp tự chịu trách nhiệm trước pháp luật về tính chính xác, hợp pháp của hồ sơ.
• Bước 2: Cơ quan thuế tiếp nhận và kiểm tra hồ sơ. Trong thời hạn tối đa 15 ngày kể từ ngày nhận đủ hồ sơ (áp dụng cho cả diện kiểm tra trước hoàn sau và hoàn trước kiểm tra sau), cơ quan thuế thông báo kết quả xác định hồ sơ đủ điều kiện hoàn thuế và yêu cầu doanh nghiệp nộp chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu.
• Bước 3: Trong vòng 03 ngày làm việc kể từ khi nhận được chứng từ nộp thuế GTGT khâu nhập khẩu từ doanh nghiệp, cơ quan thuế đối chiếu số liệu và ra quyết định hoàn thuế.
• Nguyên tắc xử lý chênh lệch số liệu: Nếu số thuế thực nộp thấp hơn số đề nghị hoàn ban đầu thì hoàn theo số thực nộp; nếu số thuế thực nộp cao hơn số đề nghị hoàn ban đầu thì hoàn theo số đề nghị hoàn ban đầu.

3. Hiệu lực thi hành (Điều 3)

• Thông tư này có hiệu lực thi hành sau 45 ngày kể từ ngày ký (ngày ký là 26/10/2009).
• Các trường hợp hoàn thuế GTGT khác không được hướng dẫn tại Thông tư này sẽ thực hiện theo các quy định pháp luật hiện hành có liên quan.
• Mọi vướng mắc phát sinh trong quá trình thực hiện cần được các đơn vị, cơ sở kinh doanh phản ánh kịp thời về Bộ Tài chính để nghiên cứu và giải quyết.