Thông tư số 01/1999/TT-BTM ban hành ngày 05 tháng 01 năm 1999 bởi Bộ Thương mại (nay là Bộ Công Thương) là văn bản pháp lý quan trọng đặt nền móng cho việc hướng dẫn kiểm tra, nộp và chấp nhận Giấy chứng nhận xuất xứ hàng hóa (C/O) đối với hàng hóa nhập khẩu nhằm hưởng thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi. Dưới đây là phần tóm tắt chi tiết và chuyên sâu về Phần mở đầu và các điều khoản đầu tiên (từ Điều 1 đến Điều 4) của Thông tư này.

Điều khoản đầu tiên xác định rõ mục đích cốt lõi và phạm vi điều chỉnh của Thông tư trong hoạt động thương mại quốc tế tại Việt Nam:

• Mục đích áp dụng: Xác định xuất xứ của hàng hóa nhập khẩu để làm căn cứ pháp lý áp dụng mức thuế suất thuế nhập khẩu ưu đãi (thuế suất MFN hoặc các mức thuế suất ưu đãi đặc biệt khác theo hiệp định thương mại).
• Đối tượng bắt buộc: Áp dụng đối với mọi tổ chức, cá nhân thực hiện hoạt động nhập khẩu hàng hóa vào Việt Nam từ các quốc gia, vùng lãnh thổ có thỏa thuận đối xử tối huệ quốc (MFN) hoặc ưu đãi thương mại với Việt Nam.
• Yêu cầu chứng từ: Để được hưởng mức thuế suất ưu đãi, người khai hải quan bắt buộc phải xuất trình Giấy chứng nhận xuất xứ (C/O) hợp lệ cho cơ quan Hải quan khi làm thủ tục thông quan hàng hóa.

Thông tư quy định cụ thể các điều kiện tiên quyết mà hàng hóa nhập khẩu phải đáp ứng đầy đủ để được cơ quan thẩm quyền xem xét áp dụng mức thuế suất ưu đãi:

• Tiêu chí xuất xứ quốc gia: Hàng hóa phải được xác định là có xuất xứ từ nước hoặc nhóm nước, vùng lãnh thổ đã ký kết hiệp định thương mại có điều khoản ưu đãi thuế quan với Việt Nam.
• Yêu cầu về vận chuyển trực tiếp: Hàng hóa phải được vận chuyển trực tiếp từ nước xuất khẩu có thỏa thuận ưu đãi đến Việt Nam. Các trường hợp quá cảnh hoặc chuyển tải qua nước thứ ba chỉ được chấp nhận khi đáp ứng các điều kiện giám sát nghiêm ngặt của cơ quan Hải quan và không được tham gia vào quá trình gia công, chế biến thêm tại nước quá cảnh.
• Sự phù hợp của chứng từ: Thông tin trên Giấy chứng nhận xuất xứ phải hoàn toàn khớp với hồ sơ hải quan, hóa đơn thương mại và thực tế hàng hóa nhập khẩu.

Để ngăn chặn các hành vi gian lận thương mại và giả mạo xuất xứ, Điều 3 đưa ra các tiêu chuẩn kỹ thuật chặt chẽ để đánh giá một C/O hợp lệ:

• Hình thức và nội dung bắt buộc: C/O phải được cấp trên mẫu chuẩn (Form) theo quy định của từng hiệp định hoặc theo thông lệ quốc tế. Trên C/O phải thể hiện rõ ràng các thông tin bao gồm: tên người xuất khẩu, người nhập khẩu, phương thức vận tải, mô tả chi tiết hàng hóa, mã HS, số lượng, trọng lượng, tiêu chí xuất xứ và các cam kết của nhà sản xuất/xuất khẩu.
• Thẩm quyền cấp phát: C/O phải được cấp bởi cơ quan hoặc tổ chức có thẩm quyền được nước xuất khẩu chỉ định và đã được đăng ký mẫu chữ ký, con dấu với Bộ Thương mại hoặc Tổng cục Hải quan Việt Nam.
• Yêu cầu về chữ ký và con dấu: Chữ ký của người có thẩm quyền và con dấu của cơ quan cấp phát trên C/O phải là chữ ký sống và con dấu trực tiếp, không chấp nhận các bản sao chụp hoặc đóng dấu giả mạo.
• Thời hạn nộp C/O: C/O phải được nộp trong thời hạn hiệu lực quy định (thông thường là trong vòng một khoảng thời gian nhất định kể từ ngày cấp) và phải nộp tại thời điểm đăng ký tờ khai hải quan nhập khẩu, trừ các trường hợp đặc biệt được hoãn nộp theo quy định.

Nhằm tạo điều kiện thuận lợi cho hoạt động thông quan và giảm thiểu thủ tục hành chính đối với các giao dịch nhỏ lẻ, Điều 4 quy định các trường hợp đặc biệt:

• Miễn nộp Giấy chứng nhận xuất xứ: Đối với các lô hàng nhập khẩu có trị giá nhỏ (dưới mức giới hạn quy định), hàng hóa phi thương mại, quà biếu, quà tặng, hoặc hành lý cá nhân của người nhập cảnh, người khai hải quan có thể được miễn nộp C/O nhưng vẫn được áp dụng thuế suất ưu đãi nếu cơ quan Hải quan không phát hiện dấu hiệu gian lận về xuất xứ.
• Xử lý sai sót nhỏ trên C/O: Những lỗi chính tả, lỗi đánh máy hoặc sự khác biệt nhỏ không mang tính trọng yếu giữa thông tin trên C/O và các chứng từ khác (như vận đơn, hóa đơn) sẽ không làm mất đi tính hợp lệ của C/O, miễn là hàng hóa thực tế nhập khẩu hoàn toàn trùng khớp với mô tả trên C/O.
• Cơ chế xác minh xuất xứ: Trong trường hợp có nghi ngờ hợp lý về tính trung thực của C/O hoặc xuất xứ thực tế của hàng hóa, cơ quan Hải quan Việt Nam có quyền tạm thời chưa áp dụng thuế suất ưu đãi, yêu cầu người nhập khẩu nộp thuế theo mức thuế suất thông thường và tiến hành thủ tục xác minh với cơ quan cấp C/O của nước xuất khẩu. Sau khi có kết quả xác minh xác nhận C/O hợp lệ, người nhập khẩu sẽ được hoàn trả khoản thuế chênh lệch theo quy định.