Điều 9 Thông tư 65/2009/TT-BNNPTNT hướng dẫn tổ chức hoạt động và phân cấp quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành

a) Kinh phí do cơ quan Nhà nước có thẩm quyền cấp do chính sách miễn thu thuỷ lợi phí, để quản lý, vận hành và bảo vệ hệ thống công trình thuỷ lợi;

b) Thuỷ lợi phí, tiền nước, phí xả nước thải thu theo quy định của pháp luật;

c) Ngân sách nhà nước cấp cho sửa chữa, nâng cấp công trình thuỷ lợi, khôi phục công trình thuỷ lợi bị thiên tai phá hoại theo dự án đầu tư được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; hỗ trợ tiền điện, xăng, dầu cho bơm nước chống hạn, chống úng vượt định mức;

d) Cấp bù hoạt động công ích do nguồn thu không đủ bù đắp các khoản chi phí hợp lý;

đ) Các khoản thu từ khai thác tổng hợp công trình thuỷ lợi và thu khác.

a) Phí dịch vụ thuỷ nông nội đồng do người dùng nước thoả thuận đóng góp để vận hành, duy tu và bảo vệ công trình thuỷ lợi;

b) Thuỷ lợi phí, tiền nước được cấp và thu từ các đối tượng phải thu theo quy định của pháp luật;

c) Phần kinh phí do việc quản lý công trình vượt quy mô cống đầu kênh của Tổ chức hợp tác dùng nước;

d) Ngân sách nhà nước cấp cho sửa chữa, nâng cấp công trình thuỷ lợi, khôi phục công trình thuỷ lợi bị thiên tai phá hoại theo dự án đầu tư được cơ quan nhà nước có thẩm quyền phê duyệt; hỗ trợ tiền điện, xăng, dầu cho bơm nước chống hạn, chống úng vượt định mức;

đ) Các nguồn thu do khai thác tổng hợp công trình thuỷ lợi và thu khác.