Điều 6 Thông tư 65/2009/TT-BNNPTNT hướng dẫn tổ chức hoạt động và phân cấp quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành

1. Công ty Khai thác công trình thuỷ lợi liên tỉnh do Bộ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn quyết định thành lập để quản lý các công trình thuỷ lợi đầu mối, trục kênh chính và các công trình điều tiết nước quy mô lớn thuộc hệ thống công trình thuỷ lợi liên tỉnh, có yêu cầu kỹ thuật về quản lý, vận hành, điều tiết nước phức tạp nhằm bảo đảm hài hoà lợi ích giữa các địa phương trong phạm vi hệ thống và giữa các đối tượng sử dụng nước;

2. Công ty Khai thác công trình thuỷ lợi trực thuộc Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn xây dựng kế hoạch tưới tiêu, cấp nước cho toàn hệ thống, chủ trì phối hợp với các đơn vị quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thuỷ lợi trên địa bàn tỉnh trong phạm vi hệ thống để vận hành hệ thống công trình thuỷ lợi theo quy trình vận hành được cơ quan có thẩm quyền phê duyệt, bảo đảm hệ thống vận hành đồng bộ, thông suốt không bị chia cắt theo địa giới hành chính của các tỉnh.