Điều 11 Thông tư 65/2009/TT-BNNPTNT hướng dẫn tổ chức hoạt động và phân cấp quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi do Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn ban hành

a) Tuỳ theo loại hình doanh nghiệp, bộ máy quản lý, điều hành, Ban kiểm soát, người đại diện theo pháp luật của doanh nghiệp được thực hiện theo quy định của Luật Doanh nghiệp 2005 và các quy định khác của pháp luật và được chủ sở hữu phê duyệt trong Điều lệ của Công ty.

Bộ máy tổ chức các phòng, ban của doanh nghiệp khai thác công trình thuỷ lợi được bố trí phù hợp với quy mô, khối lượng công tác quản lý, nhiệm vụ được giao, các ngành nghề kinh doanh theo giấy đăng ký kinh doanh được cấp, điều kiện thực tế và được chủ sở hữu phê duyệt trong Điều lệ của Công ty.

b) Tổ chức sản xuất, dịch vụ công ích trực thuộc doanh nghiệp

Căn cứ quy mô, phạm vi hoạt động, các doanh nghiệp khai thác công trình thuỷ lợi thành lập mô hình Chi nhánh (hoặc Xí nghiệp trực thuộc), Trạm quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi trực thuộc hoặc Cụm quản lý, khai thác công trình thuỷ lợi trực thuộc, quản lý theo đầu mối công trình hoặc theo địa bàn.

c) Các doanh nghiệp được giao quản lý, khai thác và bảo vệ công trình thuỷ lợi được tổ chức sản xuất, kinh doanh, dịch vụ ngoài nhiệm vụ công ích tuỳ theo năng lực, quy mô của đơn vị, đảm bảo tuân theo các quy định của pháp luật và không ảnh hưởng đến nhiệm vụ phục vụ công ích được giao.