Thông tư số 53/2025/TT-BYT do Bộ trưởng Bộ Y tế ban hành nhằm sửa đổi, bổ sung một số điều của Thông tư số 43/2025/TT-BYT hướng dẫn chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trạm Y tế xã, phường, đặc khu thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương. Văn bản này tập trung điều chỉnh cơ cấu tổ chức bộ máy bên trong của Trạm Y tế cấp xã và đưa ra các quy định chuyển tiếp chi tiết nhằm bảo đảm hoạt động khám bệnh, chữa bệnh, thanh toán bảo hiểm y tế không bị gián đoạn khi thực hiện sắp xếp tổ chức bộ máy theo mô hình chính quyền địa phương hai cấp.

Phạm vi và đối tượng áp dụng

Thông tư này áp dụng đối với các Trạm Y tế cấp xã (bao gồm xã, phường, thị trấn, đặc khu thuộc tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương), Ủy ban nhân dân các cấp, Sở Y tế các tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương, các cơ quan quản lý y tế địa phương và các tổ chức, cá nhân có liên quan đến hoạt động của y tế cơ sở.

Sửa đổi cơ cấu tổ chức trực thuộc Trạm Y tế cấp xã

Thông tư quy định cơ cấu tổ chức trực thuộc Trạm Y tế cấp xã gồm các tổ chức để thực hiện các chức năng cơ bản sau đây:

• Hành chính, tài chính, nhân sự;
• Dân số, trẻ em, bảo trợ xã hội;
• Phòng bệnh, an toàn thực phẩm;
• Khám bệnh, chữa bệnh;
• Dược, thiết bị y tế, cận lâm sàng.

Để bảo đảm tính linh hoạt và phù hợp với thực tiễn, Ủy ban nhân dân cấp xã được giao quyền căn cứ vào quy mô dân số, diện tích tự nhiên và điều kiện thực tế của địa phương để quyết định cụ thể về tên gọi, số lượng, hình thức tổ chức (như khoa, phòng, tổ, đơn nguyên) của các tổ chức thuộc Trạm Y tế cấp xã. Đồng thời, quyết định số lượng điểm y tế để triển khai thực hiện toàn bộ hoặc một phần chức năng, nhiệm vụ của Trạm Y tế cấp xã, bảo đảm nguyên tắc tinh gọn, hiệu lực, hiệu quả và tuân thủ các tiêu chí, điều kiện thành lập theo quy định của pháp luật.

Quy định chuyển tiếp khi sắp xếp tổ chức bộ máy theo mô hình chính quyền địa phương hai cấp

Khi triển khai sắp xếp tổ chức bộ máy theo mô hình chính quyền địa phương hai cấp, hoạt động của Trạm Y tế cấp xã được áp dụng các cơ chế chuyển tiếp đặc thù nhằm duy trì tính liên tục của dịch vụ y tế và quyền lợi của người tham gia bảo hiểm y tế (BHYT):

• Thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh BHYT: Trạm Y tế cấp xã được tiếp tục thanh toán chi phí khám bệnh, chữa bệnh BHYT theo giá dịch vụ đã được cấp có thẩm quyền quy định, phê duyệt trước ngày thực hiện sắp xếp, tổ chức lại, sáp nhập hoặc thay đổi tên gọi cho đến khi cấp có thẩm quyền phê duyệt giá mới cho các cơ sở mới.
• Sử dụng giấy phép hoạt động trong giai đoạn chuyển tiếp: Trong thời gian thực hiện thủ tục cấp mới, cấp lại hoặc điều chỉnh giấy phép hoạt động theo quy định của Luật Khám bệnh, chữa bệnh, các giấy phép hoạt động đã được cấp trước ngày sắp xếp, sáp nhập, đổi tên tiếp tục được sử dụng cho cả cơ sở cũ và mới. Quy định này nhằm duy trì hiệu lực của hợp đồng khám bệnh, chữa bệnh BHYT đã ký cho đến khi ký hợp đồng mới. Đối với Trạm Y tế cấp xã không thay đổi địa điểm hoạt động thì chỉ thực hiện thủ tục điều chỉnh giấy phép hoạt động do thay đổi tên, địa chỉ và phải chịu trách nhiệm bảo đảm chất lượng dịch vụ y tế.
• Đăng ký khám bệnh, chữa bệnh BHYT ban đầu: Việc đăng ký KCB BHYT ban đầu của người tham gia BHYT, số lượng thẻ BHYT đã phân bổ và việc chuyển tuyến người bệnh giữa Trạm Y tế cấp xã với các cơ sở y tế khác trên địa bàn trước ngày sắp xếp được tiếp tục sử dụng cho cơ sở mới theo hướng dẫn của Sở Y tế.
• Sử dụng mã cơ sở và con dấu: Mã cơ sở, con dấu của cơ sở đứng tên ký hợp đồng KCB BHYT trước ngày sắp xếp được tiếp tục sử dụng cho đến khi cơ sở mới được cấp mã và con dấu mới. Trường hợp cơ sở bị thu hồi con dấu cũ nhưng chưa được cấp con dấu mới thì được phép hoàn thiện các thủ tục liên quan sau khi có con dấu mới và chữ ký số.
• Thời hạn trích chuyển dữ liệu điện tử: Trạm Y tế cấp xã được phép gửi dữ liệu điện tử chậm tối đa không quá 07 ngày so với thời gian quy định tại Thông tư số 48/2017/TT-BYT về trích chuyển dữ liệu điện tử trong quản lý và thanh toán chi phí KCB BHYT cho đến khi hoạt động đi vào ổn định.
• Trách nhiệm của Ủy ban nhân dân cấp tỉnh: Ủy ban nhân dân tỉnh, thành phố trực thuộc Trung ương có trách nhiệm quyết định các giải pháp xử lý tình huống phát sinh nhằm bảo đảm duy trì hoạt động ổn định của Trạm Y tế cấp xã trong giai đoạn chuyển tiếp. Đồng thời, phân công đơn vị đầu mối chịu trách nhiệm đại diện xử lý các vấn đề phát sinh liên quan đến thực hiện hợp đồng, thanh toán, quyết toán chi phí KCB BHYT, chuyển tuyến người bệnh, mua sắm và bảo đảm cung ứng thuốc, thiết bị y tế cho đến khi Trạm Y tế cấp xã được cấp giấy phép hoạt động mới và ký hợp đồng KCB BHYT mới.

Hiệu lực thi hành

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 01 tháng 01 năm 2026.

Trong quá trình thực hiện, nếu có vấn đề phát sinh, khó khăn hoặc vướng mắc, các cơ quan, tổ chức, cá nhân có liên quan cần kịp thời phản ánh về Bộ Y tế (thông qua Vụ Tổ chức cán bộ) để xem xét, giải quyết.